Фуко начал с трудов по проблемам психиатрии, рассматривая критерии определения понятия «психическая болезнь» и его социальной обусловленности («Безумие и неразумие: История безумия в классический век», 1961). Затем он изучал в совершенно непривычном ракурсе чисто медицинскую проблему лечения болезни, установив ее связи с совокупностью различных социальных факторов и отношений («Рождение клиники: археология взгляда медика», 1963). Большой резонанс имела работа Фуко по истории и теории гуманитарных наук («Слова и вещи: археология гуманитарных наук», 1966), в которой предпринята попытка вычленения единого мыслительного пространства не только отдельных наук, но и их совокупности в разные периоды культурного развития Европы. Это единственная работа М. Фуко до настоящего времени переведенная на русский язык. Другие крупные работы Фуко – «Археология знания», 1970, «Запад и истина секса», 1976 и др. В современной западной науке труды Фуко пользуются большим авторитетом. Его идеи, методология исследования оказали огромное воздействие на развитие всей гуманитарной мысли, их влияние, в частности, несомненно, сказывается в деятельности нынешнего поколения школы «Анналов».