То, что земские отряды из городов Поволжья и Северной Руси отказались осаждать поляков в Москве, не означало, что они отказались от дела национального сопротивления. Скорее, они потеряли веру в возможность объединения с казаками и решили создать отдельную земскую армию, достаточно сильную, чтобы сохранить свою самостоятельность внутри национального движения.
      В августе 1611 г. жители Казани и Нижнего Новгорода пришли к важному соглашению: действовать совместно и защищать Московское и Казанское государства. Прекратить враждовать и разорять друг друга. Виновных в преступлениях наказывать только по решению суда. Не принимать воевод и чиновников, назначенных Трубецким и Заруцким после убийства Ляпунова. Не позволять казакам стоять в городах. И, наконец, они согласились, что царя должен избрать всеобщий Земский Собор, а не только казаки.
      Копии этого решения были разосланы из Нижнего Новгорода в города Северной Руси. Чтобы укрепить дух сопротивления среди посадских и земцев, нижегородцы постарались получить благословение патриарха Гермогена. Гонец хитростью проник в Кремль и тайно был принят патриархом.
      В своем послании Гермоген благословил «всю землю» на защиту православной веры и убеждал армию и народ не принимать царем сына Марины. В Нижнем Новгороде получили его послание 25 августа.
      В сентябре нижегородцы предприняли организацию земского движения сопротивления. Инициатива этого шага исходила от посадской общины, возглавляемой недавно избранным старостой Кузьмой Мининым.
      Минин, зажиточный, но не богатый мясник и купец – одна из самых замечательных личностей России того периода. Честный, надежный, деятельный, изобретательный, он был исполнен гражданственности в самом истинном смысле этого слова. В такой сложной исторической ситуации он проявил себя поистине гениальным организатором.
      В середине сентября Минин начал кампанию по сбору средств на содержание земской армии. Он побуждал всех добровольно жертвовать на дело, однако не полагался только на пожертвования. Он также убедил посадскую общину издать указ об обязательном сборе пятой деньги. Это, фактически, должно было стать сбором пятой части капитала каждого горожанина. Позже, с организацией нижегородского земского комитета, в котором будут участвовать священники, купцы и дворяне, сбор станут взимать и с монастырей, и с поместий.
      Кроме того, Минин и нижегородцы стали инициаторами организации новой армии освобождения. Чтобы укрепить отряды земского ополчения, нижегородцы пригласили присоединиться к ним изгнанное смоленское дворянство и стрельцов. Эти смоляне, насильно согнанные поляками с родных мест, хотели присоединиться к войску Ляпунова под Москвой, однако прибыли уже после его убийства. Трубецкой отправил их в Арзамас, откуда они с готовностью согласились идти в Нижний Новгород.
      Встал вопрос – кто будет командовать армией? В то время в России было мало выдающихся полководцев. Шеина поляки взяли в плен при падении Смоленска. Из принимавших участие в осаде Москвы наиболее известным был бывший воевода Зарайска, князь Д.М. Пожарский, получивший ранение в московской битве с поляками в марте 1611 г. и теперь восстанавливающий силы в поместье в Суздальском уезде, примерно в восьмидесяти милях от Нижнего Новгорода.
      Именно к нему обратились нижегородцы в поисках подходящего командующего.
      Пожарский согласился принять на себя военное руководство при условии, что нижегородцы сами позаботятся о материальном обеспечении армии. Те согласились и доверили Минину управление финансами армии. Комбинация оказалась продуктивной. Благодаря новой должности Минин занял важную позицию в совете армии, который с прибытием делегатов из городов, собравших отряды для Пожарского, был преобразован в Земский Собор.
      Пожарский прибыл в Нижний Новгород в конце октября. К этому времени было получено послание архимандрита Дионисия и келаря Авраамия Палицына из Троицкого монастыря с убедительным призывом к войскам северных городов поторопиться в Москву и положить конец польскому вторжению. Власти монастыря особенно встревожило известие о приближении войск Ходкевича.
      В отличие от патриарха Гермогена, Дионисий и Авраамий выступали за тесное сотрудничество нижегородской армии с силами Трубецкого и Заруцкого. Это, однако, не нравилось нижегородцам и их лидерам. Они не доверяли Заруцкому и его казакам. Заруцкий со своей стороны был обеспокоен формированием независимой земской армии и поэтому решил перекрыть дорогу из Нижнего Новгорода, города Северной Руси, послав атамана Просовецкого с отрядом казаков на Ярославль.
      Пожарский, проводивший зиму 1611-1612 гг. в Нижнем Новгороде, выступил в Ярославль, как только услышал о планах Заруцкого, и появился там в марте 1612 г., опередив Просовецкого. План Заруцкого, таким образом, провалился, и на весну и начало лета 1612 г. Ярославль превратился в штаб армии Пожарского, место заседаний Земского Собора и центр административных ведомств (приказов).
      Общие силы армии Пожарского насчитывали примерно двадцать тысяч человек, возможно больше. Помимо отрядов из городов Поволжья (от Твери до Астрахани) и Северной Руси армия включала по меньшей мере три тысячи казаков и тысячу стрельцов. Кроме того, было подразделение сибирских татар под командованием татарского царевича Арслана и отряды различных татарских групп из Касимова, Романова, Темникова, Кадома, Алатыря и Шапка.
      На политическом фронте перед ярославским правительством стояла сложная проблема взаимоотношений Руси со Швецией, непосредственно связанная со спекуляциями по поводу кандидатов на царский трон. Многие члены Земского Собора в Ярославле были готовы продолжить переговоры со шведами, начатые Ляпуновым. Но сначала Собор желал ближе познакомиться с июльским договором между Новгородом и Делагарди. Копию договора новгородцы выслали Ляпунову, однако его преемники, Трубецкой и Заруцкий, не ознакомили с ней Пожарского.
      Примерно 1 мая 1612 г. Пожарский от имени «всей земли» отправил в Новгород Степана Татищева с письмами к митрополиту Исидору и воеводе И.Н. Одоевскому, а также посланием к Делагарди, содержащим просьбу обеспечить безопасность послов, которых Ярославский Собор намеревается направить в Новгород. В письмах к Исидору и Одоевскому Пожарский просил предоставить ему точную информацию о договоре Новгорода с Делагарди от июля 1611 г. и сведения о том, где и когда шведский принц примет православие и в какое время прибудет в Новгород.
      Татищев возвратился в Ярославль 1 июня с письмами от новгородских властей и их обещанием безотлагательно направить представителей на собор. Ярославское правительство затем разослало циркуляр в города на южной границе, сообщая их жителям о своих переговорах с Новгородом и о кандидатуре принца Карла Филиппа (чей старший брат, Густав Адольф, стал к этому времени королем Швеции). Ярославские лидеры побуждали южные города прекратить поддержку сына Марины и отправить делегатов в Ярославль на выборы Карла Филиппа.
      Новгородские послы прибыли в Ярославль в конце июня, были встречены Пожарским и приняли участие в заседаниях Земского Собора. Члены Собора не высказали возражений против основных позиций договора Новгорода с Делагарди. Собор выразил принципиальную готовность избрать царем Карла Филиппа, однако только после того, как он прибудет в Новгород и примет православную веру.
      Новгородские послы утверждали, что шведы обещали выполнить эти условия, и что король Швеции сдержит свое слово. Ярославских лидеров не удовлетворили простые обещания. Пожарский выразил опасение, что король Швеции может обмануть русских так же, это сделал польский король.
      В этих обстоятельствах Собор отложил выборы. Однако было решено продолжить переговоры с новгородцами. Даже те члены Собора, которые сомневались в кандидатуре шведского принца, одобрили идею направить в Новгород нового представителя для заключения предварительного соглашения с новгородцами, а через них со шведами, чтобы предотвратить агрессивные действия шведов, особенно поход к берегам Белого моря.
      Посланник Собора отправился в Новгород с возвращающимися новгородскими послами 26 июля. Он был уполномочен предложить мир между Москвой и Новгородом до прибытия в Новгород Карла Филиппа, когда, как ожидалось, Московия и Новгород признают его царем.
      Во время переговоров Пожарского с новгородцами по поводу кандидатуры шведского принца, в Ярославле остановился посол императора Рудольфа в Персии, Ёзеф Грегорович, возвращающийся в Прагу. Пожарский принял Грегоровича и расспросил его о возможности получить помощь императора против Польши. Грегорович выразил уверенность, что если Москва изберет царем брата Рудольфа Максимилиана, то император позаботиться о мире с Польшей. Пожарский сказал, что Собор с радостью примет Максимилиана. С Грегоровичем он отправил к императору своего посланника, переводчика Германа Вестермана. Выбрав путь через Архангельск, они добрались до Праги (где в это время находилась резиденция преемника Рудольфа, императора Матвея) только в середине октября 1613 г. 29 октября император дал Вестерману аудиенцию. В письменном ответе на послание Пожарского император выразил готовность выступить посредником между Польшей и Московским государством. О кандидатуре Максимилиана не упоминалось. Доверенный советник императора кардинал Клесл полагал, что любое вмешательство в сложные дела Москвы может быть небезопасным. Император, однако, передал Максимилиану предложение Пожарского, но Максимилиан отклонил его, сославшись на свой возраст (ему было около 54 лет). Матвей тогда обратился с этим предложением к младшему брату Максимилиана, Леопольду. Последний, молодой человек авантюрного склада, был весьма польщен. Ни Матвей, ни Клесл, однако, не торопились с этим делом, и только в марте 1613 г. Грегорович привез в Москву согласие Матвея прислать на Русь Леопольда, но было уже слишком поздно. К этому моменту царя уже избрали.

      К концу июля 1612 г. и ярославское правительство, и его армия уже полностью определились, и Пожарский был готов вести своих воинов на Москву.
      Но до встречи с поляками Пожарский и Минин должны были решить сложную проблему своих взаимоотношений с правительством Трубецкого-Заруцкого и его армией, продолжающей осаждать поляков в Москве.
      И ярославское правительство, и правительство Трубецкого-Заруцкого действовали от имени «всей земли». Безусловно, чтобы добиться успеха, им нужно было сотрудничать и в конце концов соединиться. Достичь этого было трудно, как из-за различий в составе двух армий, так и из-за различий в политических взглядах и психологических установках, не говоря уже о личном соперничестве между лидерами.
      Ярославское правительство и армия были созданы посадскими и дворянством Поволжья и Северной Руси в результате разрыва с казаками, последовавшего за убийством Ляпунова. Ярославичи стремились к тому, чтобы действовать независимо от армии, стоящей в пригородах Москвы, и в конце концов заместить ее. Эту программу, которую можно истолковывать как антиказацкую, проповедовал патриарх Гермоген. Реализация этих планов делала столкновение между двумя русскими армиями неизбежным.
      Тогда как многие непримиримые деятели в ярославском правительстве и армии выступали против любого компромисса с московским лагерем, другие, беспокоившиеся о роковых последствиях столкновения между двумя группами русских, искали пути избежать такого конфликта. Идейными лидерами примирительной политики являлись монахи Троицкого монастыря Дионисий и Авраамий. В своих посланиях они призывали всех православных Московского царства объединиться и прислать своих делегатов в Москву еще в октябре 1611 г.
      Позже, когда земское движение создало свой отдельный центр в Ярославле, Дионисий и Авраамий старались действовать, как связующее звено между этими двумя сторонами. Они больше не противоречили непоколебимому патриарху Гермогену. В конце 1611 г. в Кремле поляки заключили его под стражу, и он умер от голода 17 февраля 1612 г.
      6 мая 1612 г. Трубецкой и Заруцкий от имени «всех людей» своего лагеря направили Пожарскому письмо с выражением готовности сотрудничать с ярославскими людьми.
      Но вскоре после этого между Трубецким и Заруцким разразилась ссора. После убийства Ляпунова Заруцкий стал главной фигурой в московской армии. Он знал, что с приходом Пожарского его власть резко ограничится. А Марина понимала, что группа Пожарского никогда не признает притязаний ее сына на трон. Это заставило Заруцкого начать тайные переговоры с гетманом Ходкевичем о переходе на польскую сторону. Переговоры ни к чему не привели, но когда о заговоре узнал Трубецкой, Заруцкому пришлось покинуть московский лагерь. Больше двадцати пяти сотен казаков последовали за ним сначала в Коломну, где к ним присоединилась Марина с сыном, а затем в Михайлов в Тульской области, откуда была открыта дорога на Дон.
      Уход Заруцкого значительно упростил взаимоотношения Трубецкого и Пожарского. Известия о походе Ходкевича на Москву заставили Пожарского выступить немедленно.
      Авангард земской армии достиг предместий Москвы 3 августа. К 20 августа вся армия Пожарского подошла к столице, и как раз вовремя, поскольку Ходасевич тоже приближался к городу.
      Трубецкой и казаки, большая часть которых осталась даже после ухода Заруцкого, сразу предложили Пожарскому полное сотрудничество и соединение двух армий. Пожарский, однако, разместил свои войска отдельно от казацкого табора, опасаясь дурных намерений по отношению к казакам со стороны многих дворян своей армии, которые не могли забыть убийства Ляпунова. Казаки, естественно, сочли решение Пожарского не только неверным со стратегической точки зрения, но и оскорбительным для себя.
      22 августа у Новодевичьего монастыря в излучине Москвы-реки Ходкевич вступил в сражение с силами Пожарского. Одновременно польский гарнизон предпринял вылазку из Кремля. Бой, с новой силой разгораясь то в одном месте, то в другом, продолжался три дня. Казаки сначала держались в стороне, и только малая часть атаманов пришла Пожарскому на помощь. На третий день сражения Авраамий Палицын убедил казаков в необходимости спасать ситуацию, и они включились в сражение. Последнюю и решающую контратаку русских в последующей битве осуществил Минин во главе нескольких сотен земских конников и казаков. Поляки были вынуждены отступить. 25 августа 1612 г. Ходасевич повел свои потрепанные войска по Смоленской дороге на запад к Вязьме.
      Высчитано, что в этом сражении силы русских насчитывали примерно десять тысяч человек, а объединенные польские войска (отряды Ходасевича и Кремлевский гарнизон) – около пятнадцати тысяч.
      Победа, достигнутая объединением сил армий Пожарского и Трубецкого, не привела к немедленному единению победителей. Трубецкой требовал, чтобы Пожарский и Минин пришли на совещание в его штаб, поскольку он, как боярин, выше их по чину (Пожарский был стольник, Минин – купец). Казаки жаловались, что у них нет средств к существованию, и грозили разойтись.
      Постепенно все разногласия были урегулированы. Архимандрит Троицкого монастыря Дионисий предложил заложить некоторые монастырские пожертвования в пользу казаков. Они не приняли предложения, однако оно их успокоило. Трубецкой согласился слить ведомства своей администрации с учреждениями Минина и Пожарского, в города пошли циркуляры, что Трубецкой, Пожарский и Минин будут вместе руководить национальными делами.
      Непосредственной задачей триумвирата было очистить от захватчиков Москву. 22 октября русские штурмом взяли Китай-город. Пять дней спустя польский гарнизон в Кремле сдался. Наиболее критическая стадия борьбы завершилась.
      После освобождения Москвы следующей важной задачей лидеров освободительных армий было организовать стабильное правительство и, прежде всего, выбрать нового царя.
      Тогда как многие члены земской армии вернулись домой, большая часть казаков осталась охранять Москву. Они превратились в самое сильное военное подразделение столицы. Триумвирату, естественно, приходилось считаться с мнением казаков. В совете трех их представителем был Трубецкой.
      В ноябре триумвират созвал совещание, чтобы провести необходимую подготовку к созыву выборного Земского Собора. Это совещание стало ядром будущего Собора. В нем участвовали все группы и сословия: бояре, окольничие, дворцовые чиновники, московские уездные и провинциальные дворяне, гости (оптовые торговцы) и купцы, атаманы и казаки, стрельцы и «люди разных чинов».