Виктор Дмитриевич Колупаев родился 19 сентября 1936 года в поселке Незаметный (ныне - город Алдан) в Якутской АССР (ныне - Республика Саха-Якутия). Детские и юношеские годы он провел в Красноярске, с 1954 года жил в Томске. В 1961 году Виктор Колупаев окончил радиотехнический факультет Томского политехнического института, затем работал инженером в Специальном конструкторском бюро, на заводе математических машин "Контур", в НИИ, в лаборатории бионики Сибирского физико-технического института. Занимался вопросами боевого применения дельфинов. Дебютный рассказ Виктора Колупаева "Билет в детство" был опубликован в 1969 году в журнале Вокруг света". Первая книга - сборник научно-фантастических рассказов "Случится же с человеком такое!.." увидела свет в 1972 году, в издательстве "Молодая гвардия".

Известно высказывание Аркадия Стругацкого: „Колупаев интереснее, чем Брэдбери“. В его биографии был интересный момент, о котором сам Виктор Дмитриевич вспоминать не любил, а может быть, и не помнил. На одном из съездов КПСС сам Л. И. Брежнев перечислял наиболее ярких и интересных советских фантастов. Среди лучших оказался и Колупаев. После этого отношение местной партийной элиты к Колупаеву резко изменилось. Он получил наконец возможность заниматься любимым делом — творить, получив после долгих мытарств нормальную квартиру.

В 1982 году он неожиданно для всех уходит из института. Десять лет (после того, как он ушел с работы и почти перестал писать) Колупаев помногу часов в день изучал самые различные науки; за это время было проанализировано и законспектировано более 3 000 книг и статей. И все это время у него не было стабильного заработка (благо, что родные понимали его и не докучали), вплоть до 1993 года, когда он, наконец, закончил свой научный труд в две тысячи страниц о проблемах пространства и времени (до сих пор не опубликованный).

В 1988 году за сборник "Весна света" Виктор Колупаев стал лауреатом премии "Аэлита". В начале перестройки участвовал в движении "зеленых".

Умер от сердечной недостаточности в возрасте 64 лет.