Проблема создания информационных систем поддержки принятия решений в управлении межбюджетным регулированием весьма актуальна в России. В решении этой проблемы особое место занимает задача создания моделей для принятия рациональных решений при бюджетном регулировании распределения средств: в структуре, состоящей из региона и муниципальных образований, исходя из условий достижения компромисса интересов соответствующих бюджетов, как региона, так и муниципального образования. В статье предложены модели, формально описывающие принятие решений в стратегической задаче межбюджетного регулирования: определении нормативов отчислений в местные бюджеты от федеральных и региональных налогов и сборов, подлежащих зачислению в региональный бюджет. В результате компьютерной реализации разработанные модели включены в состав информационной системы поддержки принятия решений при управлении процессами бюджетного регулирования. Приведена структурная схема взаимодействия моделей в составе информационной системы.