В основу системы независимой оценки АККОРК положен принцип социального партнерства, призванный поддержать высокое качество образования и объединить федеральные органы по управлению образованием, вузы и институты общественной экспертизы. Вузы должны гарантировать обществу, что ресурсы, доступные им, достаточны для поддержания учебного процесса и выполнения предлагаемых программ обучения. Они должны обеспечивать сбор, накопление, анализ и использование информации, которая важна для эффективного менеджмента программ обучения и других видов деятельности. При разработке методологии и оценочных процедур необходимо перенести акцент с затратных показателей образовательного процесса на критерии, характеризующие его итоговые результаты. Стандарты и руководства Агентства базируются на международных стандартах, зарубежных и российских документах, в том числе на Берлинском коммюнике («Realising the European Higher Education Area», Communique of the Conference of Ministers responsible for Higher Education in Berlin on 19 September 2003).