В 1907 г. анонимным издательством в Петербурге было перепечатано «Изложение Евангелия с примечаниями», выпущенное издательством «Свободное слово» в 1901 г. Издание было конфисковано.

В том же 1907 г. московским издательством «Посредник» был перепечатан с издания «Свободного слова» первый том «Соединения, перевода и исследования четырех Евангелий». Книга вышла в количестве 6200 экземпляров и была отпечатана в сентябре, а уже 3 октября Московский комитет по делам печати наложил на нее арест. Однако ко времени получения постановления комитета значительное количество экземпляров издания было уже получено издательством из типографии и распределено по книжным магазинам. Оставшиеся экземпляры были арестованы и препровождены в канцелярию московского градоначальника. Вместе с тем комитет направил книгу судебному следователю Московского окружного суда для возбуждения уголовного преследования против издателя по статье 73-й.

Судебный следователь Московского окружного суда по важнейшим делам, ознакомившись с содержанием первого тома книги Толстого, изданного «Посредником», не нашел возможным согласиться с мнением Комитета по делам печати «по вопросу о квалификации преступления». Судебный следователь нашел, «что все евангельские повествования, а также все учение Иисуса Христа в книге графа Толстого получает совершенно иной характер, соответствующий основной идее автора и решительно противоречащий не только воззрениям православной церкви, а вообще всех христианских вероучений. По мысли автора, основным началом его истинного христианского вероучения служит совершение дел Христа, то есть дел добра, единение людей и всеобщая любовь между ними, а первым и главным догматом этого вероучения является разумение, которое заменило Бога и которое и есть Бог. Эти главные положения автора книги и легли в основу его нового вероучения, все же догматы православной церкви, начиная от признания существования Бога как творца всей вселенной и кончая внешним богопочитанием, признаны им вымыслом и совершенно опровергнуты. Таким образом, все положения и мысли автора, инкриминируемые Комитетом по делам печати, не соответствуют понятию того преступного деяния, которое характеризуется текстом 73 статьи Уголовного уложения. Здесь нет ни хулы, ни кощунства в их тесном смысле; хульные и кощунственные выражения автора составляют естественное последствие той основной идеи, которая проводится в книге и которая заключается в полном, бесповоротном отрицании всего христианского вероучения и всех догматов православной церкви, начиная с отрицания бытия Бога, Отсюда книга автора должна быть признана заключающею в себе пропаганду нового еретического вероучения и выпущенную для совращения из православия».

В июне 1908 г. в издательстве «Посредник» вышли в свет в одной книге второй и третий тома «Соединения, перевода и исследования четырех Евангелий».

25 июня 1908 г. типографией Кушнерева были представлены в Московский комитет по делам печати экземпляры отпечатанных второго и третьего томов «Соединения, перевода и исследования четырех Евангелий». Комитет сейчас же наложил арест на книгу, так что издательством была получена только некоторая часть из общего количества пяти тысяч экземпляров. 3 июля Комитет направил заявление — теперь уже прокурору Московской судебной палаты — о том, что он просит возбудить против автора названной книги графа Л.Н. Толстого, а также против представителя книгоиздательства «Посредник» судебное преследование по статьям 73 и 129 (возбуждение к ниспровержению существующего строя) Уголовного уложения. Путем приведения ряда цитат Комитет доказывал, что «книга является таким же, как и первый том, дерзостно-кощунственным произведением печати, направленным к разрушению в народе веры христианской и главным образом православной и к уничтожению в нашем отечестве и в других христианских государствах всякого общественного и государственного строя».

Толстой, "задавшись преступной мыслью поколебать все устои, на которых зиждется государственный и общественный строй, и главным образом веру христианскую , «искажает, под предлогом научного исследования, текст и смысл св. Евангелия четырех евангелистов, толкуя их так, чтобы толкование подтверждало его буйственные затеи».

В то время (летние месяцы 1908 г.) приближался 80-летний юбилей Толстого, о котором много писала прогрессивная печать. Это несомненно оказало влияние на позицию, занятую в данном деле Московской судебной палатой. Товарищ прокурора Московской судебной палаты в заключении своем от 11 августа 1908 г. находил, что содержание книги не дает оснований для привлечения автора и издателя по 129 статье; что же касается обвинения по статье 73, то привлечение к ответственности по этой статье должно исходить от прокурора Московского окружного суда, которому и должно направить переписку по этому делу. Московская судебная палата в заседании от 18 октября 1908 г. утвердила мнение прокурора.

Постановление судебной палаты не затрагивало, однако, судьбу книги, изданной «Посредником». Эта судьба была решена постановлением Московского окружного суда от 8 декабря 1910 г. Суд постановил: уголовное преследование против редактора «Посредника» И.И. Горбунова — Посадова по 73 и 90 статьям Уголовного уложения (статья 90 говорила о привлечении к ответственности за совращение православных в секту) прекратить, а изданную им книгу уничтожить. Тот ореол, которым в первые месяцы после смерти Толстого было окружено его имя в русском обществе, давал И.И. Горбунову — Посадову надежду добиться пересмотра приговора об уничтожении книги. Им была подана апелляция. Московский окружной суд, пересмотрев дело в двух заседаниях, 8 марта и 14 октября 1911 г., утвердил прежний приговор в части, касающейся прекращения преследования против Горбунова и отменил приговор об уничтожении книги.

Постановлением суда остался недоволен товарищ прокурора, который и подал в Московскую судебную палату апелляционный протест. Московская судебная палата рассмотрела дело 10 декабря 1912 г. и нашла, что «рассматриваемое сочинение графа Толстого заключает в себе возбуждение к переходу православных в секту, то есть признаки преступления, предусмотренного 90 ст. Угол, улож., так как Толстой во вступлении к исследованию Евангелия говорит, что та вера, которую исповедует наша иерархия и которой она учит народ, есть не только ложь, но и безнравственный обман; что свободно мыслящие люди доказали ясно, что вся эта христианская вера со всеми ее разветвлениями давно отжила, что пришла пора новой веры; что теперь, когда толкование церкви о сыне Божием и Боге, о Боге в трех лицах, о деве, родившей без повреждения девства, о теле и крови Бога, съедаемом в виде хлеба и т.п. не может вместиться в здоровую голову, довод церкви о том, что нельзя допустить толкование писания для каждого, не имеет никакого смысла. Отрицая как ветхозаветную Библию как богооткровенный закон, так и новозаветные книги, Толстой говорит, что книги еврейские могут быть занятны для нас как объяснение тех форм, в которых выразилось христианство; чуждая нам вера евреев занимательна для нас, как вера, например, браминов. Церковь погрешила тем, что желая сильнее отринуть не признанное ею и придать больше веса тому, что она признала, она положила огулом на все признанное печать непогрешимости. Все свято: и чудеса, и деяния апостольские, и советы Павла о вине, и бред Апокалипсиса. Приняв все на словах, церковь должна была на деле отказаться от некоторых книг. Таковы вполне Апокалипсис и отчасти Деяния апостолов, часто не только не имеющие ничего поучительного, но прямо соблазнительное. Очевидно, что чудеса писались Лукою для утверждения в вере, но теперь нельзя найти более кощунственной книги, более подрывающей веру. Послание апостола Павла Толстой называет безобразным. Крест Толстой называет виселицей, говоря: „поразительно недоразумение об учении Христа, начавшееся при его жизни, приведшее его на виселицу и продолжающееся до сих пор“. Воскресение Христово, равно как и его чудеса, Толстой называет басней и бессмыслицей. Ложь о воскресении Христа была во времена апостолов и мучеников первых веков главным доказательством истинности учения Христа; правда, эта же басня о воскресении и была главным поводом к неверию в учение. Язычники во всех житиях первых мучеников христианских называют их людьми, верующими в то, что их распятый воскрес, и совершенно законно смеются над этим. Но христиане не видали этого, также как не видят теперь попы в Киеве, что их набитые соломой мощи суть, с одной стороны, поощрение веры, с другой — главные преграды для веры. О рождестве Иисуса Христа Толстой говорит: „Была девица Мария; девица эта забеременела неизвестно от кого. Обрученный с нею муж пожалел ее и, скрывая ее срам, принял ее. От нее-то и неизвестного отца родился мальчик. Мальчика назвали Иисус. Значение этого места то, что оправдывается позорное рождение Иисуса Христа от девы“. Изгнание Иисусом Христом из храма продавцов и менял Толстой называет двукратным исполнением Христом полицейских обязанностей насчет чистоты храма, толкуя соответствующие тексты Евангелия в том смысле, что Иисус Христос пришел в храм и выбросил все то, что нужно для молитвы, точно так же как теперь бы сделал тот, кто, придя в нашу церковь, выкидал бы все просвиры, вино, мощи, кресты, антиминсы и все те штуки, которые считаются нужными для обедни. Действия и слова Иисуса в храме выражают: „Ваше богослужение есть мерзкая ложь, вы не знаете настоящего Бога. И обман вашего богослужения вреден, и его надо уничтожить“. Отрицая таинства, Толстой именует Иоанна Крестителя „Иоанн Купало“, а относительно таинства причащения говорит: „зачем нужно пить вино и есть хлеб, называя это телом и кровию; как ни толкуй, это останется не только непонятным, но, очевидно, чем-то безобразным“. По поводу толкования слов Спасителя: „что вы свяжете на земле“ — Толстой говорит: „и вдруг оказывается, что Иисус этими словами попам велел исповедывать и собирать яйца. Это было бы смешно, если бы не было так грустно...“-...что, таким образом, изданное фирмою „Посредник“ сочинение гр. Толстого под заглавием „Соединение, перевод и исследование четырех Евангелий“, как заключающее в себе признаки преступления, предусмотренного 90 ст. Угол, улож., подлежит, согласно 36 и 38 ст. Угол. улож. уничтожению полностью, так как, кроме вышеприведенных выписок из этого сочинения, все три тома его наполнены не только толкованиями, возбуждающими к переходу православных в секту, но и в высшей степени кощунственными выражениями».

На основании этих соображений Московская судебная палата вынесла постановление: «все три тома книги Толстого „Соединение, перевод и исследование четырех Евангелий“, изданные фирмой „Посредник“, уничтожить полностью».

Некоторое количество тиража изданного «Посредником» труда Толстого все-таки удалось спасти и распределить по книжным магазинам.

В 1918г. московскими издательствами «Свобода» и «Единение», под редакцией В.Г. и А.К. Чертковых, было переиздано «Изложение Евангелия с примечаниями».

В 1923 г. «Соединение и перевод четырех Евангелий» было издано в Берлине И.П. Ладыжниковым.

Таким образом, за время с 1892 по 1923 год произведение Толстого было переиздано полностью четыре раза: один раз в Женеве, один раз в Петербурге, один раз в Москве и один раз в Берлине. Первый том, кроме того, был переиздан в Англии и в Петербурге.

В то время как Толстой определял название своего произведения, у него была мысль «назвать свою работу исследованием», но он отказался от этой мысли, равно как и от присоединения к заглавию слова «Объяснение».

К первому изданию Толстой сделал следующее предисловие:

Примечания