Управление греко-восточной церковью, как и в прежние века, сосредоточивалось в руках четырех православных патриархов — Константинопольского, Александрийского, Антиохийского и Иерусалимского. Константинопольский патриархат, занявший еще с 7-го века первенствующее положение в ряду прочих патриархатов, сохранил за собой это положение и теперь. Он стоит во главе важнейших событий церковно-исторической жизни, принимает деятельное участие в разрешении общецерковных вопросов и своим авторитетом дает силу тем или другим решениям. Остальные патриархи востока, находясь под игом мусульман и латинян и имея небольшие паствы, принимали меньшее участие в общецерковных делах и имели меньший авторитет (были случаи, когда им, теснимым, приходилось оставлять свои кафедры и проживать в Константинополе, имея только титул патриархов). Но при этом они не были в подчинении у патриарха Константинопольского. Взаимные отношения всех восточных патриархов представляли союз равных по достоинству и власти иерархов. Константинопольский патриарх по внешним причинам, был только первым среди равных, он не имел права повелевать другими или своей властью без их согласия решать общецерковные дела. История попыток к соединению с латинянами полностью это подтверждает. Император и патриархи Константинополя для переговоров всегда приглашали восточных патриархов. Так, в первой половине 13 века, когда шли переговоры латинян с Никейским императором Иоанном Дукою (1222-55 г.), и патриархом Германом, Герман сказал папским легатам, что без восточных патриархов ничего нельзя решать. Во время лионской унии имп. Михаил Палеолог прилагал все старания получить согласие на унию от патриарха Александрийского, Афанасия III, проживавшего в то время в Константинополе. На Флорентийском соборе восточные патриархи в лице своих уполномоченных принимали самое живое участие во всех совещаниях по вопросу о соединении церквей. Если случалось, что константинопольский патриарх превышал свою власть и хотел сам решать общецерковные дела, то другие патриархи давали ему твердый отпор. Так было после Флорентийского собора, когда восточные патриархи осудили константинопольского патриарха Митрофана Кизикского, а потом низложили другого — Григория Мамму. Еще менее возможно было подчинение во внутренних делах по управлению патриархатами. Каждый патриарх управлял своей епархией полностью самостоятельно и независимо один от другого.
      Как и в прежние века, патриархи не были единоличными правителями церкви. Существовала соборнаяформа управления, и патриархи разделяли свою власть с соборами. Теперь мы больше не видим вселенских соборов, так как вопросы веры, для которых они собирались, были определены все; теперь мы видим только соборы поместные.Они были двоякого рода: соборы частные,из одного патриарха и подчиненными ему митрополитами и епископами, и соборы общие,в которых принимали участие все или некоторые патриархи, лично или через уполномоченных. Соборы первого рода, или иначе синоды,действовали постоянно. Круг их полномочий был весьма обширен: вместе с патриархом они надзирали за всеми частями церковного управления, разбирали дела о ересях и еретиках (напр., богомильская ересь), вершили суд над епископами и митрополитами и даже иногда над патриархами, избирали кандидатов на епископские кафедры и тому подобное. Соборы же второго рода составлялись весьма редко из-за стесненных политических обстоятельств. Только особо важные дела, касавшиеся всей греко-восточной церкви, вынуждали их, несмотря на все препятствия, составлять общие поместные соборы. К такого рода делам относятся, напр., попытки олатинить восточную церковь при посредстве флорентийской унии. По этому поводу состоялось два собора в Иерусалиме (1443 г.), и Константинополе (1450 г.).

      Византийские императоры издавна принимали большое участие в церковных делах и имели сильное влияние на представителей церковной власти — патриархов. Однако патриархи, имевшие кафедры в странах, не входивших в состав империи, не находились под влиянием императоров, кроме тех случаев, когда они проживали в Константинополе. Патриархи же Константинопольские испытывали большие притеснения от императоров, главным образом от их участия в избрании и низложении патриархов. Избрание и низложение полностью за- висело от императоров, а духовенство при этом имело второстепенное значение. Порядок избрания патриархов был такой. Епископы, составлявшие поместный собор или синод, избирали трех кандидатов, писали их имена на бумажках и тянули жребий. Но так как в синоде председательствовал император, то дело избрания направлялось так, чтобы жребий пал именно на лицо, угодное императору. Избирая кандидата на патриаршую кафедру, императоры не обращали внимание на достоинства и способности избираемых; им было нужно иметь на кафедре полностью преданных им людей, не способных оказывать какое-либо противодействие. Один византийский историк (Георгий Акрополит), говоря об избрании преемника патриарху Мануилу в середине 13-го века, делает такое замечание: «цари вообще хотят, чтобы патриархами были люди смиренные, недалекие по уму, которые бы легко уступали их желаниям, как признанным постановлениям». Другой историк (Никифор Григора) 14-го века дает такое же точно свидетельство. Например, при Андронике II Палеологе (около 1320 г.) патриархом был избран Герасим, седой старик, потерявший слух, абсолютно необразованный, который был послушным орудием царя. Цари,— говорит историк, — на такие высокие места и выбирают таких людей, которые беспрекословно подчиняются их приказам, как рабы, и не оказывают никакого противодействия. А Иоанн Кантакузен, соправитель Андроника III младшего, употребил следующую хитрость при избрании в патриархи священника своей домашней церкви, Иоанна Калекаса. Члены синода не соглашались избрать его; Кантакузен уговорил их поставить его архиепископом; когда же те согласились, он потребовал, чтобы избрали его в патриархи, так как он, как и все епископы, имеет право на занятие патриаршей кафедры. Если патриарх был неугоден императору, то последний всегда имел возможность низвергнуть его. В таких случаях императоры прибегали к интригам, добавляя доносы и обвинения (обыкновенно несправедливые) и заставляли архиереев произносить осуждение на них и низлагать. Таким образом, низложение совершалось с соблюдением всех, установленных законами, формальностей, хотя бывали случаи, когда императоры обходились и без этого. Примеров низложения патриархов в описываемую эпоху множество. Вот некоторые из них. В конце 12-го века Исаак Ангел низложил и заточил, одного за другим, четырех патриархов — Василия Каматира, Никиту, Леонтия и Досифея. Также распоряжался патриаршей кафедрой и Михаил VIII Палеолог в 13 веке. Низложив благочестивого патриарха Арсения, он поставил на его место Германа; когда тот оставил кафедру, поставил Иосифа, низвергнув его потом за противодействие унии, затем поставил Иоанна Векка; даже и этого удалил, но возвратил только в угоду папским легатам. По поводу низложения патриарха Арсения и поставления Иосифа в церкви даже образовался раскол (арсенианский), который окончился только в 1312 году.
      Вследствие такого произвольного со стороны византийских императоров распоряжения патриаршей кафедрой, нередко случалось, что ее занимали люди недостойные и неспособные. Но все же было несколько замечательных патриархов, проходивших свое служение достойным образом. Таковы, напр., из константинопольских патриархов второй половины 11-го века: Николай Грамматик, известный своей любовью к просвещению и любимый народом; 12 в. — Михаил Каракуа, благочестивый и просвещенный патриарх, Козьма Аттик, отличавшийся святой жизнью и благотворительностью; Михаил Анхиалий, ревностный защитник православия против латинян; Феодосии, человек честный и праведный; 13 в. — Арсений, человек строгой и благочестивой жизни; Афанасий, строгий отшельник и ревностный исправитель нравов клира, его обличений боялись даже царские дети; 14 в. — Иоанн Гликис, просвещенный и трудолюбивый пастырь и другие. Других восточных патриархов известно немного, сохранились одни только имена. Из Александрийских патриархов замечательны: Николай I (около 1200 г.), переписывавшийся с папой Иннокентием III об освобождении от турок Египта при помощи крестоносцев; Николай II, бывший на соборе в Константинополе, низложившем Арсения, и державший его сторону; Афанасий III, принимавший живое участие в делах константинопольской церкви во время лионской унии; 15 в. — Филофей, осудивший вместе с другими патриархами флорентийскую унию. Из иерусалимских патриархов замечательны: Лазарь (14 в.), подвергавшийся страшным истязаниям за веру от турок в Египте; Иоаким (15 в.), осудивший флорентийскую унию, и другие.

      Имущества церквей, движимые и недвижимые, в описываемую эпоху подвергались значительному сокращению. С одной стороны, сами императоры для увеличения государственных доходов или из корыстолюбия, захватывали церковные имущества, с другой, — завоеватели — турки и крестоносцы отнимали у церквей их достояние. Так еще в 10-м веке император Никифор Фока, из корыстолюбия, присвоил себе некоторые церковные земли и запретил законом делать духовные завещания в пользу церквей. Того же домогался во второй половине 11-го века Исаак Комнин (1057-59 г.), для поправления расстроенных финансов государства, но встретил сильное противодействие со стороны тогдашнего патриарха Михаила Керуллария. В 12-м веке Мануил Комнин (1143-80 г.), вновь поднял вопрос о недвижимых церковных имуществах и повторил закон Никифора Фоки против их увеличения. Еще смелее и бесцеремоннее обращались императоры с движимой церковной собственностью, а именно с церковными драгоценностями, так как их было быстрее и удобнее обратить в ценные знаки. Император Алексей Комнин (1081-1118 г.), готовясь к войне с Робертом Гюискаром, взял из константинопольских церквей золотые и серебряные оклады с икон и обратил их в деньги, несмотря на недовольство духовенства и ропот народа. А император Исаак Ангел (1185-1204 г.), в первое свое правление допустил настоящее святотатство. Он, по свидетельству историка (Никиты Хониата), брал из церквей священные сосуды и употреблял их за собственным столом, снимал оклады с крестов и Евангелий и делал из них для себя ожерелья и цепи и прочие украшения. В оправдание своего святотатства он утверждал, что царям позволительно делать все, и что между Богом и императором в управлении земными делами отнюдь нет несоединимого и неощутимого расстояния. Тот же Исаак со своим сыном, царевичем Алексеем, окончательно ограбил все церковные драгоценности, для уплаты крестоносцам 4-го похода (за возвращение ему престола). С завоеванием же Константинополя крестоносцами в 13-м веке все движимые и недвижимые имущества были присвоены латинянами. То же было и в других восточных патриархатах, где имущество было отнято сначала турками, а потом латинянами при крестоносцах. После отнятия у латинян Константинополя, недвижимые имущества церкви были возвращены, по крайней мере, некоторые. Император Михаил Палеолог тогда даровал церкви доходы, приписал к ней некоторые сёла, а другие жаловал в пользу священнослужителей. В других же патриархатах, после падения на востоке государств, основанных крестоносцами, церковные имущества перешли опять к туркам. У церквей остались одни здания, которые тоже иногда подвергались разрушению и грабежу со стороны турок.
      При сокращении и отнятии недвижимых церковных имуществ, духовенство лишалось основного источника своих доходов. Даже в константинопольской церкви имений осталось так мало, и они были так разорены, что доходов от них не хватало на содержание патриарха и его клира. В 14-м веке, при патриархе Гликисе, в синоде два раза обсуждался вопрос об оказании материальной помощи константинопольской церкви со стороны подчиненных патриарху епархий. В 1324 году синод, действительно, обложил епархии ежегодными податями в пользу патриарха. Вообще же в то время единственным источником содержания духовенства были сборы за совершение церковных треб и пожертвования в пользу клириков. Количество этих сборов зависело от расположения и усердия православных христиан. В константинопольской церкви эти доходы собирал и хранил великий скевофилакс. Затем, ежемесячные доходы распределялись между клириками, сообразно должности каждого. Так, лица, принадлежавшие к первой пятерице, а также протопопа (из шестой пятерицы) получали двойную часть; принадлежащие ко второй пятерице — полторы части, к третьей — одну часть с четвертью; остальные же клирики получали по одной части.

      Оживление духовного просвещения, начавшееся в греко-восточной Церкви в середине 9-го века, в последующие века, особенно при императорах из рода Комнинов и Палеологов (первые 1050-1250, вторые 1250-1453 гг.), усилилось еще более. Многие из императоров обладали богословским образованием, любили сами заниматься вопросами богословия и покровительствовали в этом другим. Центром просвещения как светского, так и духовного были Константинополь и Фесалоники или Солунь. Характер ученой и литературной деятельности был тот же, как и в 9-м веке. Это было собирание творений древнегреческих отцов Церкви и учителей ее, тщательное их изучение, и на их основании составление новых сочинений. Изучение древнеотеческих творений вызывалось, между прочим, попытками к соединению церквей. Одни хотели найти в писаниях отцов оправдание особенностям в учении Римской церкви, другие, большинство — напротив, искали и находили в них опровержение. К этому богословы присоединяли еще изучение творений языческих писателей и философов древне-классического мира, вследствие чего многие из них обладали обширными познаниями и в светских науках. Следствием этого в ту эпоху было замечательное обилие богословской литературы. Излагалось догматическое учение, велась полемика с латинянами и еретиками, опровергалось мусульманство, иудейство, язычество, составлялись толкования на св. Писание, изъяснялись каноны Церкви, писались нравоучительные сочинения и т. п. Но в произведениях писателей этого времени, незаметно для самостоятельной деятельности, почти они все были только хорошими компиляторами.

      В ряду церковных писателей первое место занимает Михаил Пселл (ум. в 1106 г.). Он был богослов, философ, историк, математик, оратор и даже врач. В одном своем сочинении, вроде энциклопедии, он пишет о догматическом и нравственном учении, кратко излагает содержание всех наук и даже трактует о поваренном искусстве. Он воспитывался в Афинах и был в Константинополе учителем философии и сенатором, а потом воспитателем детей имп. Константина Дуки (1059-67), имел большое влияние на дела управления. В правление своего воспитанника, Михаила VII, он впал в немилость при дворе и около 1076 года удалился в обитель. Из богословских сочинений Пселла наиболее замечательны: толкование на Песнь Песней, главы о Св. Троице и о Лице Иисуса Христа. Феофилакт, архиепископ Охридский в Болгарии (ум. В 1108 г.). До своего посвящения в сан архиепископа он был воспитателем сына имп. Михаила VII, Константина Порфирородного, почему, будучи уже архипастырем, переписывался с лицами из царской семьи. Он, будучи образцовым пастырем, много заботился об исправлении нравов своей паствы. Замечателен, как толкователь св. Писания. Ему принадлежит толкование на весь Новый Завет, кроме Апокалипсиса, и из Ветхого Завета, на некоторых малых пророков. Он держится преимущественно толкований св. Иоанна Златоуста, часто только сокращая его беседы. Его толкования всегда пользовались большим уважением в Русской Церкви. Он писал в духе христианского миролюбия, по поводу различия в учении и обрядах латинской церкви с греческой. Имеется еще много его писем к разным лицам.
      Евфимий Зигабен (ум. около 1118 г.), монах одного константинопольского монастыря. Замечательный богослов и экзегет своего времени. Своей ученостью он приобрел благодарность имп. Алексея I Комнина и находился в близких отношениях с ним. Последний, сильно заботившийся об обращении появившихся богомилов, а также других еретиков, приказал ученым богословам собрать все написанное отцами в опровержение всех еретиков христианской Церкви. Из собранного материала он поручил Зигабену составить полемическое сочинение. Им написан труд в 4 главах, который Алексей Комнин назвал: «Догматическое всеоружие православной веры, или оружейная палата догматов». В сочинении опровергаются все ереси, начиная с Симона волхва, включая иудеев, мусульман и латинян, и кончая богомильством. Кроме самостоятельного разбора богомильства, все остальное — компиляция. Замечательно также толкование Зигабена на все Евангелия и на псалмы. Он приводит такие места из толкования древних отцов, которые без него остались бы неизвестными.
      Евстафий, архиепископ Солунский, живший и действовавший почти в течение всего 12-го века. Родом из Константинополя, он воспитывался в монастыре, где принял постриг. Потом стал архидиаконом Софийской церкви. В 1175 году был поставлен архиеп. Солунским и проходил свое служение с величайшей ревностью, особенно выделяясь как проповедник. Во время несчастий он утешал и поддерживал жителей Солуни, заботился о чистоте их нравов, особенно трудясь над исправлением монашеского образа жизни. После него осталось много слов, посланий и писем. Все они дышат ревностью св. Иоанна Златоуста. Архиеп. Евстафий вооружался, главным образом, против внешнего и лицемерного богопочтения мирян и монахов, и внушал, что только внутреннее расположение души имеет цену перед Богом и облагораживает человека. По своему благочестию, ревности и высоким нравственным качествам, он занимает первое место в ряду образцовых пастырей Церкви того времени. Славен он особенно, по отзыву епископа Арсения, трудами: «Догматическое и грамматическое истолкование канона св. Дамаскина, поемого во св. Пятидесятницу», «Рассуждение о необходимых исправлениях в монашестве». Он писал комментарии на Гомера, которые обнаруживают в нем большую ученость. Скончался он в 1194 году.
      Николай, епископ Мефонский, в Морее жил во второй половине 12-го века. Один из ученейших богословов своего времени. В его время страсть к изучению древней философии, особенно платонической, и увлечение ею доходили до унижения и забвения христианского вероучения. Многие отдавали преимущество языческой философии перед христианством и даже насмехались над простотой и безыскусственностью христианского вероучения. Такое направление просвещения вызвало еп. Николая на полемику с языческой философией. Он написал: «Опровержение Богословского наставления платонического философа Прокла, чтобы читающие не соблазнились в истинной вере». При составлении этого сочинения он руководствовался творениями св. Григория Богослова. Кроме того, он писал сочинения о заблуждениях Римской церкви, главным образом, по вопросу об исхождении Св. Духа и от Сына.
      В числе замечательных писателей 12 века значатся Феодор Вальсамон, хартофилакс константинопольской Церкви, а впоследствии патриарх Антиохийский, и Иоанн Зонара, монах одного из восточных монастырей. Оба они, и особенно первый, были замечательными законоведами своего времени и оставили объяснения на апостольские и соборные правила.

      В это время литературный интерес сосредоточивался на полемике с латинянами. Кроме того, константинопольскую Церковь занимали споры варлаамитов и паламитов, по этому поводу было написано несколько сочинений. Выдающимися писателями века Палеологов были:
      Никифор Влеммид, живший в середине 13-го века, благочестивый и ученый монах. При Никейском императоре Феодоре Ласкарисе II (1255-59 г.), ему предлагали патриарший престол, но смиренный инок отказался от него ради уединенной и подвижнической жизни. Он был замечательный богослов и философ. Очень многие греки того времени обязаны ему своим образованием. Тогда как правительство хлопотало об унии по политическим соображениям, а народ не хотел ее, Никифор Влеммид подавал голос за соединение церквей по чисто религиозным побуждениям. Бесстрастный и холодный ко всем мирским расчетам, он желал соединения церквей для блага Церкви. С этой целью он писал сочинения в пользу унии, стараясь найти согласительное учение об исхождении Св. Духа.
      Во время Лионской унии писали против латинян: Георгий Машампар, библиотекарь константинопольской церкви. Его сочинения не дошли до нас. Константин Акрополит, великий логофет. Его сочинения впоследствии, с его согласия, были сожжены, так как они вызывали религиозным споры. Много было и других писателей, большей частью безыменных.
      В 14 веке замечательны: Нил Кавасила, архиепископ Солунский (ок. 1340 г.). Он был горячим противником латинян и поборником Православия. Оставил следующие полемические сочинения: «О причинах разделения Церквей» и «О первенстве папы».
      Св. Григорий Палама, также архиепископ Солунский. Он происходил от знатных и богатых родителей. Несмотря на это, он захотел проводить нищенскую и подвижническую жизнь на Афоне, где был игуменом есфигменского монастыря. Около 1347 года Иоанн Кантакузен поставил его архиепископом Солунским. Долгое время он проходил свое пастырское служение с большой ревностью. Когда известный Варлаам выступил против афонских монахов, обвиняя их в ереси (о чем речь пойдет в другом разделе), Палама горячо защищал их и написал по этому случаю несколько сочинений. Против латинян Палама написал сочинение об исхождении Св. Духа от одного Отца.От него осталось несколько проповедей. Скончался в 1360 году митрополитом Солунским.
      Николай Кавасила, племянник Нила и после Паламы архиепископ Солунский (ум. ок. 1390 г.). Он был человек ученейший, с мистически-благочестивым образом мыслей. Подобно своим предшественникам, он был противником латинян и защитником афонских монахов. От него остались следующие сочинения: «Толкование на божественную литургию», семь книг «О жизни во Христе», слово на ростовщиков и Опровержение на Фому Аквината.
      Иоанн VI Кантакузен, в середине 14 в. — правитель империи. Он замечателен своими апологетическими сочинениями против мусульман и иудеев. В 1355 году он постригся в Манганском столичном монастыре, потом был иноком на Афоне. Скончался после 1375 г. В середине 14 века писал против иудеев свои апологетические сочинения Феофан, архиепископ Никейский.
      Из писателей 15-го века замечательны: Симеон, архиеп. Солунский (ум. 1429 г.). Ревностный и образованный пастырь того времени, известен благочестием. Он был противником унии и вооружался против нее в своих сочинениях. Симон оставил после себя замечательное сочинение: «О вере, обрядах и таинствах церковных». В нем он излагает православное учение с присоединением опровержения на еретиков, в том числе и латинян, а кроме того, дает превосходное изъяснение о храме, церковных обрядах и таинствах. Написал он песнопения в честь святых. Был архипастырем 25 лет.
      Св. Марк Евгеник, епископ Ефесский (ум. 1447 г.). Известен своей ревностью в отстаивании Православия на Флорентийском соборе. На смертном одре он умолял константинопольского патриарха Геннадия II продолжать борьбу с латинянами, что тот и выполнил. Из его сочинений известны: окружное послание ко всем православным, обширное исповедание веры и разговор между латинянами и греком о прибавке к Символу. В «Страннике» (1872 г.), был напечатан его ответ царю Иоанну Палеологу на его недоумения касательно нравственной немощи человека. В 1859 г. Норовым были изданы на греческом языке с русским переводом его Окружное послание, Назидательные мысли, письмо Схоларию и Исповедание при кончине.

      Ересь богомильская стоит в тесной связи с ересями павликианской и особенно евхитской, распространившимся в 10 и 11 веках во Фракии. Павликиане и евхиты возобновили древние гностико-манихейские воззрения. Из Фракии они перешли в соседнюю Болгарию и в 12 веке образовали особую еретическую систему, под названием богомильства (от слов Бог и милуй). Оно отличается от павликианства тем, что начала — доброе и злое — признает несамостоятельными, а подчиняет их еще высшему доброму существу и в этом случае напоминает тот древний персидский дуализм, по которому доброе (Ормузд) и злое (Ариман) начала объединились в одном вечном Верховном Существе (Церуане Акерене). От евхитства же богомильство отличается только полнотой и законченностью системы и представляет как бы дальнейшее развитие евхитства.
      Учение богомилов состоит в следующем. Высочайший Бог имел первородного сына, Сатанаила, который занимал после Него первое место и начальствовал над всеми ангелами. Гордый сознанием своего могущества и славы, Сатанаил захотел сделаться независимым от Отца, и с частью подчиненных ему духов, восстал против Него. За это он вместе с отпавшими духами был низвержен с неба. Но Сатанаил не смущается этим и задумывает основать свое независимое царство. Так как божественное достоинство и творческая сила не были еще отняты у него, то он сотворил из хаоса новое небо и новую землю. Вместе с тем он образовал и тело первого человека, Адама, но попытки его сообщить этому телу живую душу оказались неудачными. В такой крайности Сатанаил обратился к Высочайшему Отцу с просьбой послать свое божественное дыхание для оживления человека. При этом Сатанаил предполагал, что он будет властвовать над телесной природой человека, а Отец — над духовной, и что человек своей духовной природой заменит Отцу отпавших ангелов. Высочайший Отец сжалился над неудачей сына и послал свое божественное дыхание. Явился первый человек Адам. Таким же образом была сотворена и Ева. Но скоро Сатанаил стал сожалеть об обещании, данном Отцу, относительно владычества над духовной природой человека, так как он завидовал людям, которые должны были занять место отпавших ангелов. Для этого, войдя в змия, он соблазнил Еву, и произвел от нее Каина и сестру его Каломену. Он рассчитывал, что его собственное потомство возьмет перевес над потомством Адама и внесет в человеческий род испорченность и растление. Действительно, Каин убил сына Адамова, Авеля; представитель злого начала поразил представителя добра.
      После этого Сатанаил успел подчинить себе весь род человеческий, так что немногие на земле из людей имели понятие о своем первоначальном назначении — заменить падших ангелов, и немногие достигали этого назначения. Доведенные до забвения своего предназначения, люди почитали самого Сатанаила за верховного бога. Моисей, бывший его орудием через закон, данный иудеям, особенно распространил такое представление о Сатанаиле. Долгое время он держал, таким образом, в порабощении весь род человеческий. Наконец, Высочайший Бог решился освободить человечество от власти Сатанаила.