Статья посвящена методологии макроэкономического моделирования российской экономики 1990—2000-х годов с учетом современных тенденций макроэкономической и эконометрической теории. Особенностью предложенной методологии эконометрического моделирования является двухэтапная процедура построения эконометрических зависимостей. На первом этапе строится дезагрегированная динамическая модель, предназначенная для теоретического описания эволюции важнейших структурных секторов российской экономики: экспортно-ориентированного, внутренне-ориентированного, газового и сектора естественных монополий, а также денежно-кредитного, бюджетно-налогового сектора и сектора доходов и расходов населения. На втором этапе строится эконометрическая модель, содержащая как коинтеграционные и регрессионные эконометрические зависимости, так и балансовые соотношения между важнейшими макроэкономическими показателями. Система полученных уравнений решается совместно, что позволяет, с одной стороны, исследовать полученные решения на устойчивость и соответствие реальным макроэкономическим показателям, а с другой стороны, анализировать краткосрочные и среднесрочные эффекты макроэкономических «шоков» так называемые макроэкономические проекции.