Протопопа Неронова известили в его заточении, какая судьба постигла его ближайших друзей протопопов. И он написал к государю (от 6 ноября 1653 г.) ходатайственное письмо об этих "заточенных, и поруганных, и изгнанных", утверждая вопреки правде, что они осуждены мирским судом, а не по правилам Церкви, что много лет служили эти страдальцы и прежде и порока в них никакого не замечалось, да и сам Никон не делал тогда на них никакого извета, а ныне они оболганы и Никон поверил клевете на них. Затем Неронов уверял, что не собственные скорби и страдания понудили его вопить к государю, но страх, как бы благочестие не было в поругании и гнев Божий не излился на Россию, и умолял царя утишить бурю, смущающую Церковь, прекратить брань, погубляющую сынов Церкви. Царь сам не отвечал Неронову, но духовник его Стефан, конечно по его поручению, два раза писал к бывшему своему другу, казанскому протопопу, и убеждал его смириться, быть в послушании патриарху, примириться с ним и извещал, что Никон патриарх оправдывает себя в своих действиях против него, ожидает от него и друзей его истинного покаяния и готов простить их. Но неукротимый Неронов с укорами отвечал (от 27 февраля 1654 г.) Вонифатьеву: зачем ты оскорбил меня?.. Я не могу принять твоего совета: мы ни в чем не согрешили пред отцом твоим Никоном патриархом... твой же отец Никон патриарх напрасно оправдывается: он смиряет нас неправильно, не по Писанию, но страсть свою исполняет и мучит нас за правду... Он ждет, чтобы мы попросили у него прощения, - пусть и сам он попросит у нас прощения и покается пред Богом, что оскорбил меня туне... и пр. От того же 27 февраля Неронов отправил обширное послание и к царю Алексею Михайловичу. Здесь прежде всего умолял о тех же "заточенных, поруганных, изгнанных без всякой правды" друзьях своих, осужденных будто бы мирским судом, а не по правилам Церкви, и напоминал царю о временах антихриста, когда Христовы рабы гонимы будут, носящие на себе знамение Небесного Царя. Потом указывал на известную "Память", или указ, Никона, содержавший два его распоряжения относительно поклонов во святую Четыредесятницу и относительно троеперстия для крестного знамения. Первое распоряжение называл прямо "ересью непоклонническою", и совершенно несправедливо, потому что так называемая ересь неколенопоклонников состояла в том, чтобы на молитве никогда не класть земных поклонов и молиться всегда стоя, а Никон вовсе не запрещал употребления земных поклонов ни в церковных, ни в домашних молитвах; он предписывал только, чтобы во святую Четыредесятницу при чтении молитвы святого Ефрема Сирина не клались одни земные поклоны (числом 17), а клались лишь четыре земных, прочие же все поясные. Против второго распоряжения Никона защищал двуперстие для крестного знамения и ссылался на Мелетия Антиохийского, Феодорита, Максима Грека, каковы эти доказательства, мы уже видели прежде. Далее уверял, что ничем не согрешил "пред мнимым владыкою" (т. е. Никоном) и что говорил к нему одну истину, вступившись за честь царского величества, им поругаемую и ни во что поставляемую, да и за своих страждущих братьев, и молил царя созвать Собор, на котором бы присутствовали не одни архиереи, но и другие духовные лица и добродетельные миряне всякого чина. Под конец послания выражался: "От патриарха, государь, разрешения не ищу, потому что он осудил меня не по правилам св. апостолов и св. отцов (совершенная неправда!), но своей ради страсти; я сказал ему правду, а он за то возненавидел меня, и не меня только, но всю братию - рабов Христовых". Прочитав это послание, царь дал приказ, чтобы Неронов впредь к нему не писал. И Вонифатьев, передавая этот приказ Неронову, извещал его вместе, что царь удивляется его упрямству и ни царь, ни царица не одобряют его, что "царь государь положил свою душу и всю Русию на патриархову душу" и за патриархом ничего худого не видал, что относительно поклонов царь согласуется с государем патриархом и со властьми, а крестное знамение будет, как было издревле. Но Неронов и теперь остался непреклонен и от 2 мая отвечал Вонифатьеву: "Пусть вы не блазнитесь о патриархе - все он доброе творит, но я соблазнился и братия, потому что он принял на себя мучительский сан и братию мучительски мучит, одних остриг, других проклял... Не вменяй в упрямство, что я не прошу у патриарха прощения: я не признаю себя согрешившим пред ним... Если патриарх ищет от нас послушания, то послушай и он Христа Спаса, повелевающего не воздавать злом за зло и ударившему в ланиту подставлять и другую..." и пр.
      Но нам пора расстаться на время с Нероновым и его друзьями и обратиться к делу, на которое обращено было тогда все внимание патриарха Никона. Распоряжение, сделанное им лично от себя пред наступлением Великого поста в 1653 г. и направленное только против двух обрядовых новшеств, послужило для него как бы пробным камнем, чтобы узнать, как отзовутся на задуманное им исправление церковных обрядов и богослужебных книг. И он понял и убедился из сопротивления, оказанного Нероновым и его братиею, что действовать тут одною своею патриаршескою властию недостаточно, а необходимо ему, патриарху, иметь для себя опору в более сильной церковной власти - соборной. Проникнутый этим убеждением, Никон просил царя Алексея Михайловича созвать Собор, о чем в то же время была просьба к царю и от Неронова. Собор был созван в марте или в апреле 1654 г. и происходил в царских палатах. На Соборе "председательствовали благоверный и христолюбивый государь царь и великий князь Алексей Михайлович, всея Великия и Малыя России самодержец, и премудрый великий государь святейший Никон, патриарх Московский и всея Великия и Малыя России" и присутствовали пять митрополитов: Новгородский Макарий, Казанский Корнилий, Ростовский Иона, Крутицкий Сильвестр, Сербский Михаил; четыре архиепископа: Вологодский Маркелл, Суздальский Софроний. Рязанский Мисаил, Псковский Макарий; один епископ - Коломенский Павел; одиннадцать архимандритов и игуменов и тринадцать протопопов - всего, кроме председательствовавших, 34 человека, "ту же и царскому сигклиту предстоящу". Никон открыл Собор речью. Высказав сначала общие мысли, что нет ничего богоугоднее, как поучаться в заповедях Божиих и крепко на них утверждаться, и что, по словам благочестивого царя Юстиниана два величайшие дара даровал Бог людям по своей благости: священничество и царство, из которых одно служит Божественным, а другое правит человеческими (делами), но оба, происходя от одного и того же начала, украшают человеческую жизнь и что они тогда только могут выполнять свое призвание, если будут заботиться о сохранении между людьми Божественных заповедей и церковных правил, Никон продолжал: "Посему должно и нам блюсти заповеди, преданные от Господа и Спасителя нашего, от св. апостолов и от св. отцов, собиравшихся на седми Вселенских и православных поместных Соборах. И так как (отселе говорил Никон словами, наиболее поразившими его в грамоте Восточных патриархов об утверждении Русского патриаршества), так как православная Церковь получила совершенство не только в догматах боговедения и благочестия, но и в священноцерковном уставе, то справедливость требует, чтобы и мы потребляли всякую новину в ограде Церкви, зная, что новины всегда бывают причиною церковного смятения и разделения, и чтобы следовали мы уставам св. отцов, и чему научились от них, то хранили неповрежденным, без всякого приложения или отъятия. И мы по первому правилу Седмого Вселенского Собора со услаждением приемлем Божественные правила св. апостолов, св. Соборов Вселенских и Поместных и св. отцов как просвещенных от одного и того же Св. Духа, и кого они прокляли, и мы проклинаем, кого они низвергли, и мы низвергаем, кого они отлучили, и мы отлучаем, кого они запретили, и мы запрещаем. Последуя этим апостольским и соборным правилам, и св. великий Собор, бывший во дни благочестивого царя и великого князя Федора Ивановича всея Руси, возгласил и утвердил следующее". Вслед за тем Никон приказал прочитать, если не сам прочитал, все сполна соборное деяние, или грамоту Восточных иерархов, собиравшихся в Константинополе в 1593 г. и утвердивших патриаршество в России. При чтении этой грамоты все присутствовавшие вновь слышали слова, приведенные уже Никоном, что должно потреблять всякие новины в Церкви и все преданное святыми отцами сохранять без всякого повреждения, приложения и отъятия, а вместе услышали и Символ веры, изложенный в грамоте Восточными святителями, и не могли не заметить тех, хотя и немногих, прибавлений и изменений, какие находились в употреблявшемся тогда у нас Символе. Когда чтение грамоты кончилось, Никон продолжал: "Посему я должен объявить вам нововводные чины церковные. В Служебниках московской печати положено, чтобы архиерейские молитвы, которыми архиереи разрешают многие грехи людские, священник пред совершением литургии читал от своего лица за самого себя, а в греческих Служебниках и в наших старых, писанных за сто, за двести, за триста лет и более, тех молитв не обретается; положено еще пред началом литургии говорить отпуст (после часов) на всю церковь, чего ни в греческих, ни в наших старых не положено, да есть разности и в действиях за литургиею и в ектениях. Посему прошу решения: новым ли нашим печатным Служебникам последовать или греческим и нашим старым, которые купно обои един чин и устав показуют?" Тогда царь и преосвященные митрополиты, архиепископы и епископ, и весь освященный Собор - все единогласно отвечали: "Достойно и праведно исправити противо старых - харатейных и греческих" Затем последовал целый ряд предложений и вопросов со стороны Никона и решений или ответов со стороны Собора. Никон: "В Уставах наших написано отверзать царские двери во время литургии только на малый выход и на великий, а у нас теперь они бывают постоянно отверсты от начала литургии до великого выхода. Скажите: по Уставу ли действовать или по нашему чину? А греки действуют согласно с нашим Уставом". Собор: "И мы утверждаем быть так же, как греческие и наши старые книги и уставы повелевают". Никон: "В наших Уставах написано в воскресный день начинать литургию в начале третьего (по-нынешнему, девятого) часа, а у нас ныне, когда случается соборный молебен, литургия начинается в начале седмого и осьмого (т. е. первого и второго) часа. Что скажете: по уставу ли св. отцов начинать литургию или по нашему обычаю в начале седмого и осьмого часа, о чем нигде не написано?" Собор: "Быть по уставу св. отцов". Никон: "По 7-му правилу Седмого Вселенского Собора, при освящении церквей должно полагать в них мощи св. мучеников, а у нас в России все церкви освящаются без мощей; только в антиминсе вшивают частицы мощей, под престолом же мощей не кладут, а в старых наших Потребниках есть указ о том, чтобы под престолом класть три части св. мощей. Что об этом скажете?" Собор: "Быть по правилам св. отцов и по уставу, как написано в древних Потребниках". Никон: "По 15-му правилу Лаодикийского Собора, без малых ризиц (стихаря) никто не должен восходить в церкви на амвон, чтобы читать и петь, а у нас простецы без благословения, и двоеженцы, и троеженцы читают и поют в церквах. Что скажете?" Собор: "Также быть по правилам св. отцов". Никон: "В Уставах греческих и в наших старых написано о поклонах в великую Четыредесятницу, а в новых наших Ставах положено несогласно с греческими и нашими старыми, и о сем должно истинно испытать". Собор: "Быть согласно с древними Уставами". Никон: "В наших старых Потребниках и Служебниках и в греческих указано служить на антиминсах, а ныне то не делается: антиминс полагают под покровом. И о сем рассудите". Собор: "Добро есть исправить согласно с старыми и греческими книгами". Затем благочестивый государь царь и великий князь Алексей Михайлович и великий государь святейший патриарх Никон повелели написать это соборное Уложение ради совершенного его укрепления, чтобы впредь быть исправлению церковных книг при печатании их по древним харатейным и греческим книгам, Ставам, Потребникам, Служебникам и Часословам. И Никон вместе с митрополитами, архиепископами и епископом, с архимандритами, игуменами, протопопами и весь освященный Собор утвердили соборное Уложение подписями своих рук, "яко да имать в предыдущия лета непременно сему быти".
      Таков был первый у нас Собор по делу исправления наших церковных книг и обрядов. Он не только признал необходимость исправления их, но утвердил самое начало, или правило, как вести это исправление. Патриарх Никон отнюдь не навязывал Собору своих мыслей; он только напомнил своим сопастырям, отцам Собора, их священный долг хранить неизменно все преданное святыми апостолами, святыми Соборами и святыми отцами и потреблять всякие новины в Церкви, а потом указал некоторые новины в наших тогдашних книгах и церковных обычаях и спрашивал, что делать. И сам Собор единогласно решил: достойно и праведно исправить новопечатные наши книги по старым харатейным и греческим. Против такого решения нельзя было ничего сказать, потому что лучшего способа для исправления наших церковных книг не представлялось. Можно было только не соглашаться, что те или другие обряды, на которые указал Никон, суть новины, и такого рода несогласие действительно заявил один из присутствовавших на Соборе, епископ Павел Коломенский. Вместе с другими он подписался под соборным Уложением, но подписался так: "Смиренный епископ Павел Коломенский и Каширский, а что говорил на святем Соборе о поклонех, и тот Устав харатейной во оправдание положил зде, а другой писмяной". Своею подписью под актом Собора Павел неоспоримо засвидетельствовал свое согласие с Уожением Собора, а прибавкою к своей подписи ясно выразил, в чем одном он не соглашался с прочими отцами Собора, против чего говорил на Соборе. Надобно заметить, что епископ Павел не в первый раз выражал теперь свое противоречие Никону по вопросу о поклонах. Еще в прошлом году, когда пред наступлением Великого поста издана была Никоном "Память" относительно земных поклонов, Павел находился в числе лиц, которые вместе с протопопом Нероновым восстали против этой "Памяти", написали на нее возражения и подали государю. Потому-то особенно возражения Павла на Соборе относительно поклонов и могли раздражить Никона: в них он мог увидеть как бы повторение прежних возражений всей враждебной ему партии. А может быть, Павел позволил еще себе в споре с патриархом какие-либо резкие выходки против него вроде тех, какие прежде на ином Соборе позволил себе протопоп Неронов, или, может быть, осмелился вообще упорно отвергать нужду в исправлении церковных книг. Как бы ни было, только Никон разразился над несчастным епископом страшною карою: низверг его с кафедры, снял с него мантию, предал его тяжкому телесному наказанию и сослал в заточение, вследствие чего Павел сошел с ума, и никто не видел, как погиб бедный, зверями ли похищен или в реку упал и утонул. Сам ли Никон единолично и без суда низверг епископа Павла, как говорили обвинители Никона на Соборе 1666 г., или низвержение Павла совершено было соборне, по правилам, как утверждал Никон на том же Соборе, указывая на то, что дело о низвержении Павла есть на патриаршем дворе, во всяком случае таким жестоким наказанием епископа Никон крайне повредил и себе и самому делу, за которое ратовал, потому что еще более ожесточил против себя своих противников и возбудил к ним сочувствие в народе. Казнь постигла Павла вскоре, если не тотчас, после Собора, на котором он осмелился возражать против Никона. Неронов в письме из своего заточения от 2 мая того же 1654 г. к царице Марье Ильинишне уже умолял ее ходатайствовать пред государем за "отца епископа Павла и братию: Даниила, протопопа костромского, и Аввакума, протопопа юрьевского, и Логгина, протопопа муромского, и прочих", как пострадавших совершенно будто бы невинно, а в письме от 13 июля к царскому духовнику Вонифатьеву выражался: "Епископа Павла, якоже слышу от боголюбцов, и бездушная тварь, видев страждуща за истину, разседеся, показуя сим церковныя красоты раэдрание". Кроме этих наших домашних свидетельств есть о том достоверное свидетельство и одного иноземца. В августе 1654 г., 17-го числа, прибыл в Коломну Антиохийский патриарх Макарий со свитою, в которой находился и сын его, архидиакон Павел Алеппский. "Здесь, - как пишет этот самый архидиакон, - по приказанию царя и его министров нам велели остановиться в покоях епископа, потому что епископ за какую-то вину был сослан государем и патриархом в Сибирь". В этих покоях прожил патриарх Макарий со свитою по случаю свирепствовавшего тогда в Москве поветрия более пяти месяцев сряду, пока не открылась возможность отправиться в Москву. И во все это время, свидетельствует тот же архидиакон Павел, епископскою частию в Коломне заведовал соборный протоиерей: "Ему все крестьяне (епископа) приносили подати, а духовенство епархии свои дела; он являлся везде правителем и начальником духовенства, получив над ним власть от царя и патриарха", и так продолжалось до самого назначения нового епископа в Коломну, Александра.
      Противоречие, какое услышал Никон от епископа Павла на самом Соборе, рассуждавшем о необходимости исправления наших церковных книг и обрядов, вразумило Никона, что в таком важном деле недостаточно опираться на одном только Соборе своих русских архиереев и духовенства, а нужно призвать на помощь и Собор восточных православных иерархов. Сохранилась в двух списках грамота Никона к Цареградскому патриарху Паисию от 12 июня 1654 г. Здесь Никон, сказав о священном долге каждого духовного пастыря и предстоятеля церковной области хранить "опасно, чисто и непорочно" все преданные догматы и благочиние православной Церкви, писал: "Ныне же мы, рассмотривше прилежно в книгах наших, разнство в них обретохом от преписующих ли или от переводников, не ведущих языка греческаго, не вемы". Потом просил патриарха Паисия рассудить вместе с прочими патриархами и архиереями соборне и со всяким вниманием о замеченных в наших книгах разностях и новинах, для чего и перечислял эти новины, те же самые и в том же порядке, какие прежде предлагал на обсуждение Московского Собора. В заключение, упомянув, что некоторые у нас, неученые и не знающие греческого языка, считают эти новины не за разности, а за истину, дышат непокорством, заводят прения с благочестивыми и возжигают огнь ненависти, Никон просил Паисия ускорить ответом и советом как относительно исчисленных новин, так и о том, "что сотворити соблазняющимся о сих и непокорно прящимся". Грамота послана была к Цареградскому патриарху с Мануилом греком, может быть, эта самая, но только в посланной Никон вместо перечня немногих новин, указанных им на недавно бывшем Московском Соборе, изложил до 27 вопросов, на которые и просил ответа, в том числе и относительно этих новин, и прямо назвал епископа Павла Коломенского и протопопа Ивана Неронова как людей непокорных, которые держатся иных книг, литургии и знамения. Грек Мануил Константинов с дядею своим Юрием Володимеровым и другими товарищами прибыл в Путивль 17, а в Москву 28 февраля 1654 г. и 8 марта представлялся государю. Мануил привез из Царьграда по поручению Алексея Михайловича множество узорочных товаров и драгоценных камней, за которые и получил из государевой казны несколько тысяч рублей. В мае он начал уже собираться в возвратный путь, и 11 мая последовал указ дать Мануилу греку подводу и проводников до Путивля и до границы, а 15 мая приготовлена царская грамота гетману Хмельницкому, чтобы Мануила нигде в Малороссии не задерживали и проводили до волошской границы. Отсюда можем заключить, что Мануил грек выехал из Москвы отнюдь не позже июня или июля и что грамота Никона к патриарху Паисию, подписанная 12 июня, отправлена в Царьград, вероятно, вскоре после ее подписания.
      Одновременно с тем, как отправлена была в Царьград грамота патриарха Никона, и даже прежде, чем она была отправлена из Москвы, здесь уже начали подготовлять все меры, необходимые для того, чтобы исполнить Уложение Московского Собора об исправлении наших церковных книг. Собор решил: исправлять эти книги по старым, харатейным славянским спискам. Царь и патриарх приказали собрать в Москву из всех древних русских книгохранилищ славянские книги, писанные на хартии, и такие книги были высланы из монастырей: Троице-Сергиева, Иосифо-Волоколамского, новгородских - Юрьева и Хутыня и из пр. Собор решил: исправлять наши церковные книги не по одним славянским харатейным спискам, но вместе и по древним греческим. Царь и патриарх, находя, что старых греческих книг в России мало, отправили за ними со многою своею милостынею на Афон и в другие старожитные места на Востоке известного уже нам старца Арсения Суханова. Мы видели, что из первой своей поездки на Восток он возвратился в июне 1653 г. и привез с собой свой "Проскинитарий", из которого русские действительно могли убедиться, что православные Востока во многом разнятся от них при отправлении церковных служб и в некоторых церковных обычаях. Теперь на Арсения возлагалась совсем другая задача: ему поручалось не то, чтобы описать, как отправляли церковные службы и соблюдали церковные обряды тогдашние греки, около уже двух столетий страдавшие под невыносимым игом мусульман, а то, чтобы собрать древние греческие книги, из которых можно было бы видеть, как совершали церковные службы древние православные греки и по примеру их должны совершать все православные. Мы видели также, что при первой своей поездке на Восток Арсений вел жаркие прения с греками о вере, резко отстаивал употреблявшееся в России двуперстие для крестного знамения, укорял греков в разных отступлениях, и тогда же заметили, что не один Арсений, а и другие современные ему русские книжники точно так смотрели и на двуперстие и на греков. Теперь Арсений, проживши по возвращении с Востока довольно долго в Москве в то самое время, как Никон, прежде также смотревший на греков и крестившийся двумя перстами, сознал появившиеся в нашей Церкви новины, начал обличать их и старался восстановить древнее наше троеперстное крестное знамение, теперь Арсений изменился в своих мыслях, стал вместе с другими на сторону патриарха Никона, а не его противников и сделался ему совершенно единомысленным. Потому-то Никон и возложил на Арсения новое свое поручение, а по исполнении этого поручения Арсением определил его одним из справщиков церковных книг и вскоре сделал келарем Сергиевой лавры. Арсений отправлен был за греческими книгами со многою казною в самом начале 1654 г., и следовательно, еще до Московского Собора, бывшего в этом году, потому что 4 февраля он уже находился в Яссах, откуда и прислал царю отписку, сохранившуюся доселе, а в июле уже находился в Константинополе, как извещал (от 29 июля 1654 г.) нашего государя патриарх Паисий чрез грека Юрия Константинова. Арсений не ограничился одною Афонскою горою, а посетил и в этот раз кроме Царьграда Иерусалим и другие места Востока. Более всего книжных сокровищ нашел Арсений на Афоне в монастырях Ватопедском, Хиландарском, Иверском, Пантократоровом, Русском, Павловском и других, и оттуда доставлено было в Москву до 500 древних греческих книг. В числе их находились книги библейские, творения святых отцов и книги собственно богослужебные: Служебники, Требники, Уставы, Часословы, Триоди, Минеи и другие. Некоторые из этих книг писаны были за 400 лет, другие за 500, или 600, или 700 лет и более, а одно Евангелие даже за 1050 лет. Кроме того, не менее 200 древних книг прислали иерархи Александрийский, Антиохийский, Халкидонский, Никейский, Пекский, Охридский, Сербский и другие, которым посланы были просьбы из Москвы, а из Иерусалима прислал патриарх Евангелие, писанное за 600 лет прежде. В ноябре 1654 г. Арсений прислал к государю отписку из Волошской земли, и следовательно, находился уже на возвратном пути, а в январе 1655 г., вероятно, возвратился уже в Москву, по крайней мере в это время прибыл в Москву архимандрит Эсфигменского монастыря Анфим и привез с Афона книги и грамоту, в которой игумены, священники и старцы всех монастырей Святой горы писали, что "они от государя посланного старца Арсения приняли и отпустили честно, и его государское повеление исполнили, и книжные сокровища показали, и дали 498 книг, и с теми книгами послали к государю эсфигменского архимандрита Анфима". Впрочем, не все книги с Афона привезены теперь: настоятели некоторых монастырей, например Павловского, Хиландарского, сами доставили из своих монастырей книги уже в июле того года.
      Для того чтобы исправлять наши церковные книги с древних греческих или вновь переводить книги с греческого языка на славянский, нужны были люди, хорошо знакомые с тем и другим языком. И таких людей нашел Никон. Это были: иеромонах Епифаний Славинецкий, вызванный еще в 1649 г. из киево-братского училища; строитель и потом келарь Сергиевой лавры Арсений Суханов; архимандрит Иверского афонского монастыря Дионисий, приехавший, впрочем, к нам с Святой горы уже в 1655 г., июня 26-го, для управления греческим Никольским монастырем в Москве и известный под именем Святогорца, и старец Арсений Грек. Последний, едва ли не более всех их пользовавшийся доверием патриарха Никона, Прибыл к нам в 1649 г. в свите Иерусалимского патриарха Паисия под именем уставщика. В Москве Арсений обратил на себя внимание тем, что знал многие языки, и государь пожелал оставить его у себя, на что Паисий и согласился. Но Паисий лично почти не знал Арсения и не мог за него поручиться, приняв его в свою свиту лишь в Киеве во время своего странствования в Москву. Потому когда отправился в обратный путь и, остановившись в Путивле, услышал здесь от приходивших малоросских старцев и людей волошского воеводы разные неблагоприятные толки об Арсении, то счел нужным при благодарственном письме своем к царю от 1 июля 1649 г. за все его милости написать еще следующие слова: "Еще да будет ведомо тебе, благочестивый царь, про Арсения, который остался в твоем царстве: испытайте его добре, утвержден ли он в своей благочестивой христианской вере. Прежде был он иноком и священником и сделался бусурманом, потом бежал к ляхам и у них обратился в униата, способен на всякое злое безделие - испытайте его добре и все это найдете. Мне все подробно рассказали старцы, пришедшие от гетмана, - велите расспросить, что мне рассказывали те старцы и люди Матвея, воеводы волошского, будет ли так или нет, как я писал к брату и сослужителю моему патриарху Иосифу. Лучше прекратите эту молву, пока он сам (Арсений) здесь, чтобы не произошло соблазна церковного. А если я еще что проведаю подлинно, то напишу к Вашему величеству, ибо я должен, что ни услышу, о том извещать. Не подобает на ниве оставлять терние, чтобы она вся не заросла им: нужно удалять и тех, которые держатся ереси и двуличны в вере. Я нашел его в Киеве и взял с собою, а он не мой старец... Я того про него не ведал, а ныне, узнав о том, пишу к Вашему величеству, да блюдете себя от таковых, чтобы не оскверняли Церкви Христовой такие поганые и злые люди". Вскоре за тем, именно 23 июля, такие же вести об Арсении Греке прислал Алексею Михайловичу и Арсений Суханов. Вследствие этого царь приказал боярину князю Никите Ивановичу Одоевскому да думному дьяку Михаилу Волошенинову расспросить старца Арсения, и 25 июля они расспрашивали его, где он родился и воспитывался, где и когда постригся и был ли священником, бывал ли в Риме и Польше и пр. И Арсений показал: родом он грек турецкой области; отец его Антоний был попом и строителем в великом новом селе города Трикала и имел пять сынов, которые все живы. Двое из них, Андрей и Иван, живут в мире, третий - Димитрий протопопом, четвертый - Афанасий архимандритом, а пятый - он, Арсений. Знающие его, Арсения, есть здесь на Москве приезжие греки одного с ним города: одного зовут Памфилом, другого Иваном; прозвищ их не помнит. Крещен в младенчестве, и, сказывают, восприемником ему был того же города архиепископ. Грамоте и церковному кругу учился у отца своего, а потом брал его с собою четырнадцати лет в Венецианскую землю брат его архимандрит Афанасий для учения, и в Венеции он выучился грамматике. А из Венеции тот же брат свез его для учения в Рим, где и был он пять лет и учился в школе Омирову и Аристотелеву учению и седми Соборам. Когда же дошло до Осьмого и Девятого Собора, то от него, Арсения, потребовали присяги с клятвою, что он примет римскую веру, ибо иначе того учения никому не открывают и учить не велят. Видя то, он прикинулся больным и уехал из Рима, чтобы не отпасть от греческой веры. Тут Арсения спросили, у кого он жил в Риме и от кого приобщался святых Христовых Тайн или он принимал сакрамент. И Арсений сказал: жил он в Риме у греческой церкви св. Афанасия Великого, где живет православный митрополит греческой веры с пятью или шестью греческими старцами. С ними-то и жил он, Арсений, и принимал причастие Христовых Тайн от того митрополита, а сакрамента в Риме не принимал. Да и митрополит тот держит только семь Соборов, а Осьмого и Девятого не держит и к папе не приобщается. Только когда папа велит ему быть на Соборе, он на Соборы к папе ходит и за папу Бога молит. Арсению заметили, что он говорит ложь, будто жил в Риме у греческой церкви и митрополит тот не униат, когда всему свету известно, что папа приводит всех иноверцев в Риме к своей вере посредством унии и другими мерами, не только учащихся в школах, но и приводимых туда пленных, и когда митрополит тот ходит к папе на Соборы и молится за него, и что ему, Арсению, как бывшему сообщнику того митрополита и униату, следовало бы принести чистое покаяние Богу и повиниться пред государем и сказать правду. Арсений отвечал: он говорит правду, что, находясь в Риме, в униатстве не был и сакрамента не принимал. Не хотя приобщиться к римской вере, он из Рима переехал в венецианский город Бадов и там три года учился философским наукам и лекарскому учению. А из Бадова он пришел в Царьгород к брату своему, архимандриту Афанасию, и желал постричься. Но постричь его не хотели, думая, что он в римской вере, и он сказал, что ни в Риме, ни в Венеции не бывал в римской вере, и пред всеми ту римскую веру проклял трижды. Братья хотели его женить, но он не согласился и постригся 23 лет. На другой год поставлен в диаконы, а вскоре за тем в попы от Ларийского епископа Каллиста. После того вскоре тот же епископ поставил его на Кяфе острове в Богородицкий монастырь игуменом, и был он там игуменом шесть месяцев. Из монастыря ездил он, Арсений, в город Хию купить книг о седми Соборах, но книг не добыл, и отправился в Царьгород, и, находясь у одного великого человека, грека Антония Вабы, учил сына его грамматике.