Страшное поражение московского войска под Конотопом крымскими татарами и казаками Выговского в конце июня 1659 г. произвело общую тревогу между русскими. Пронеслись слухи, будто татары двигаются на Москву. В августе по государеву указу люди всех чинов спешили на земляные работы для укрепления столицы. Царь, зная, что Воскресенский монастырь не укреплен, послал предложить Никону более безопасное убежище в Колязинском монастыре преподобного Макария. Никон будто бы сказал на это посланному: "Возвести благоч. царю, что я в Колязин монастырь не пойду; лучше мне быть в Зачатейском монастыре, в Китай-городе в углу, нежели в Колязине. А есть у меня по милости Божией и государевой свои крепкие монастыри, Иверский и Крестный, и я, доложась государю, пойду в свой монастырь. Возвести великому государю, что я иду к Москве доложиться ему о всяких своих нуждах". Посланный спросил, про какой Зачатейский монастырь изволит говорить патриарх. "Про тот, - отвечал Никон, - что на Варварском крестце, под горою, у Зачатия". "Да там только большая тюрьма, а не монастырь", заметил посол. "То и есть Зачатейский монастырь", - сказал Никон. Скоро затем Никон действительно приехал в Москву и, остановившись на своем Иверском подворье, в тот же день послал возвестить царю, что прибыл ради некоторых нужных потреб и желает видеть его царские очи. На другой день царь, посоветовавшись с боярами, послал думного дьяка Алмаза Иванова спросить Никона: ради каких нужных потреб пришел он? Никон отвечал Алмазу: "Я тебе о нужных моих потребах говорить не буду и чрез тебя посылать мое благословение не хочу". На третий день царь известил Никона, чтобы явился к нему наверх вечером, и, когда Никон прибыл, встретил его на переднем крыльце, и, введши в палату, посадил его, как бывало прежде, спрашивал его о здоровье и душевном спасении и только, потому что тут же находились и бояре. Посидев "мало", царь и патриарх пошли к царице и к царским детям, и потом царь отпустил Никона в его Воскресенскую обитель, дозволил ему посетить две другие его обители, Иверскую и Крестную, и просил его на следующий день к себе на обед, но Никон отказался, намереваясь рано утром в тот день выехать из Москвы. Царь прислал Никону на дорогу две тысячи рублей и для охраны его кроме прежних десяти назначил еще двадцать стрельцов, которые с того времени и состояли при Воскресенском монастыре. Возвратившись в эту обитель, Никон послал к государю письмо, в котором благодарил его за его великую милость и за присылку стрельцов из Савина монастыря, только просил пожаловать им пороху и продолжал: "Есть на патриаршем дворе моя лошадка, что прислал мне грузинский царь Александр, и у меня было замечено подарить ее государю моему свету царевичу Алексею Алексеевичу; изволь, государь, ту лошадку взять. Да есть на патриаршем дворе две мои худенькие каретки: одна куплена у Василья Волынского, другую подарил князь Иван Голицын старый; вели, государь, выдать мне хотя одну из них, чтобы сделать возчишко для дороги, а тележка, в которой я с Москвы съехал, изломалась".
      В сентябре Никон отправился в своей Иверский монастырь и прожил там до половины декабря, если не далее. А оттуда, взяв с собою несколько серебряных сосудов и других вещей, переехал в Крестный монастырь, где и оставался до половины сентября следующего 1660 г. В обоих монастырях занимался монастырскими делами и в Крестном окончил главную каменную церковь во имя Воздвижения Честного Креста, которую и освятил 2 сентября (1660), устроил большой колодезь, обложил его диким камнем и соорудил над ним каменную церковь во имя Происхождения Честных Древ и 8 сентября освятил деревянную церковь во имя всех святых, которую построил в монастырской роще. Известно несколько писем, какие писал Никон из Иверского и Крестного монастырей к преданному ему боярину Никите Зюзину, находившемуся тогда в Новгороде на государевой службе. Два письма из Крестного монастыря особенно ясно отражают в себе тогдашнее состояние духа их автора. От 3 февраля Никон писал Зюзину: "Из писания твоего, которое мы получили 30 генваря, мы узнали, что Вы печалитесь о нас, но мы милостию Божиею не скорбим, а радуемся о покое своем. Добро архиерейство во всезаконии и чести своей, и надобно поскорбеть о последнем всенародном событии. Когда вера евангельская начала сеяться и архиерейство чтилось в христианских царствах, тогда и самые эти царства были в чести, а когда злоба гордости распространилась и архиерейская честь изменилась, тогда, увы, и царства начали падать и пришли в бесчестие, как известно о греках. То же было и у нас... Довольно указать один случай: безвинного патриарха (Иова) отставили, и еще при жизни его как бы благозаконно возвели Гермогена - и сколько зла произошло от того!.. Твоему благородию небезызвестно, что все архиереи - нашего рукоположения, но не многие из них по благословению нашему служат государю, а кто не благословен, тот ничем не разнится от отлученного... Нам первообразных много, вот реестр их: Иоанн Златоуст, Афанасий Великий, Василий Великий и здешний Филипп митрополит". Т. е. Никон, самовольно оставивший свою кафедру и по оставлении ее имевший все средства к безбедной жизни, не стыдился приравнивать себя по страданиям Златоусту и другим великим страдальцам за истину и правду. В письме от 28 июня Никон говорил: "Вы снова пишете ко мне и по-прежнему скорбите о мне и о моих скорбях, но меня, плачущего, утешит Господь в будущем веке, как обещал любящим Его. А ныне о себе писать нечего, кроме болезней и скорбей многих: едва жив в болезнях своих. Крутицкий митрополит да чудовский архимандрит прислали дьякона Феодосия, жившего у Крутицкого, с многим чаровством меня отравить. И он было отравил, да едва Господь помиловал: бесцем камнем и индроговым песком отпился. Да и иных со мною четырех старцев испортил... Лежал немало без памяти, едва не умер, а старцы по три дня лежали и тем же, чем я, отпилися. И ныне животом скорбен, и впредь не знаю, что будет. О всем этом писано государю к Москве" . Этот черный дьякон Феодосий прибыл к Никону еще в Воскресенский монастырь, в то время как Никон возвратился из Москвы, порассказал ему много худого про Крутицкого митрополита Питирима, у которого прежде жил, и понравился Никону, так что последний взял его с собою в монастыри Иверский и Крестный, велел пребывать в его крестовой службе и иметь пищу с его келейными старцами. Находясь уже в Крестовом монастыре, Феодосий будто бы составил тайно в монастырской бане вместе с портным мастером Тимошкою Гавриловым какую-то отраву, которою и отравил было патриарха Никона. Их, однако ж, в бане видели, когда они приготовляли состав отравы, служилые люди и донесли о том Никону. Никон велел приказному своему дворянину Василию Поскочину расспросить обоих подозреваемых, и Феодосии во всем сознался, подписал вместе с Тимошкою расспросные речи и подал патриарху собственноручную повинную челобитную, в которой поведал, что его послали отравить Никона Крутицкий митрополит Питирим и чудовский архимандрит Павел и посулили ему за то Новгородскую митрополию. Никон отправил 7 июня отписку по этому делу к государю. Царь приказал 5 сентября боярину князю Алексею Трубецкому, думному дворянину Елизарову да думному дьяку Алмазу Иванову вновь расспросить дьякона Феодосия и портного Тимошку против расспросных речей их обоих и повинной челобитной дьяконовой, что присланы были от Никона. Тимошка сначала сказал было, что Феодосий учил его делать какой-то состав, показывал ему какой-то корень, сам повинился при расспросе и подал повинную челобитную. Но Феодосий на очной ставке с Тимошкою совершенно заперся во всем и говорил, что писал повинную челобитную по научению и поневоле за пристрастьем поляка Николая Ольшевского, который бил его плетьми девять раз, и также поневоле по тому же пристрастью подписал и расспросные речи, которые прочитали ему уже после того, как он к ним руку приложил. Затем государь приказал расспросить Тимошку и Феодосия под пыткою. И Тимошка, когда его подымали на дыбы, жгли огнем, били плетьми, повторял одно, что прежде клеветал на Феодосия, что последний не учил его делать никакого состава и не показывал ему никакого корня, что так говорить на Феодосия принудили его, Тимошку, пытками поляк Ольшевский по велению патриарха да находившийся при патриархе стрелецкий сотник Осип Михайлов. А дьякон Феодосий во время таких же страшных пыток утверждал по-прежнему, что Крутицкий митрополит и чудовский архимандрит вовсе не посылали его для отравления Никона, что повинную челобитную подал и к расспросным речам приложил руку поневоле, не стерпя побоев от поляка Ольшевского и сотника Михайлова, и повинную ту принудил его писать Ольшевский по патриархову велению с готового образца - челобитной, которую составил подьячий Васька Ларионов. Таким образом, показания обвиняемых, данные ими в Москве под пыткою, нимало не подтвердили показаний, данных ими в Крестном монастыре. Могло быть, что Никон с своими келейными старцами совершенно случайно принял в пище или питии что-либо ядовитое и, предполагая тут отраву, заподозрил в покушении на нее из числа своих приближенных диакона Феодосия лишь потому, что он пришел от Крутицкого митрополита, а побои при допросе заставили Феодосия наговорить на себя то, в чем он был невинен.
      Между тем как Никон проживал в своем Крестном монастыре, царь Алексей Михайлович решился наконец рассмотреть и решить дело об оставлении Никоном патриаршей кафедры и избрании ему преемника, столько уже времени тяготившее всех. С этою целию в феврале 1660 г. царь созвал в Москве Собор и в то же время отправил стольника своего Матвея Степановича Пушкина в Крестный монастырь к Никону спросить его мнения по этому предмету. В 16-й день февраля все собравшиеся на Собор митрополиты, архиепископы, епископы и прочие духовные лица по приказанию государя предстали пред лицо его в Золотой палате, где находились уже бояре, окольничие и думные люди. В своей речи к духовенству государь говорил: "Мать наша, св. соборная Церковь, вот уже год и семь месяцев не имеет жениха и пастыря, с тех пор как бывший ее пастырь самовольно оставил свой престол и отрекся от него. Это видели митрополиты Сарский и Подонский Питирим и Сербский Михаил, Тверской архиепископ Иоасаф, архимандриты, игумены и другие, которые были в тот день с Никоном в службе. От них взяты сказки за их руками, и те сказки мы пришлем к вам на Собор. И вам бы о Св. Духе рассудить о сем крепко, единодушно и праведно, без всякой ненависти и тщетной любви, по правилам св. апостолов и св. отцов, памятуя Страшный суд и воздаяние". На другой день, 17 февраля, Собор открылся в патриаршей крестовой палате. По указу государя боярин Петр Михайлович Салтыков принес на Собор сказки множества лиц, духовных и светских, которые были свидетелями отречения Никона от кафедры или которых посылал тогда царь для переговоров с Никоном, писанные 14 - 15 февраля, следовательно, еще пред открытием Собора. В последующие дни представлены были Собору еще другие сказки, писанные уже 20~22 февраля, следовательно, по открытии Собора. Все эти сказки Собор внимательно выслушивал, сличал, в чем они сходны и в чем несходны, требовал словесных объяснений от свидетелей, писавших сказки и находившихся тут же, которые то подтверждали свои показания, то исправляли или даже давали новые сказки, и пришел к заключению, что "святейший патриарх Никон оставил свой патриаршеский престол своею волею". Об этом послал Собор боярина Петра Михайловича Салтыкова доложить государю. Государь чрез того же Салтыкова указал Собору сделать выписку из правил святых апостолов и святых отцов и на основании ее рассудить "об отшествии бывшего патриарха Никона", а у выписки этой быть архиепископам: Маркеллу Вологодскому, Илариону Рязанскому, Макарию Псковскому, архимандриту чудовскому Павлу и игумену Александрова монастыря Симону. Выписка была сделана не только правил, но и толкований на них. И Собор 27 февраля, выслушав все эти правила и толкования, рассуждал: а) бывший патриарх Никон презрел прошение великого государя чрез князя Алексея Трубецкого не оставлять кафедры; презрел такое же моление архиереев и прочих людей, находившихся при отречении его; не поведал причины своего отречения ни государю, ни архиереям; не оставил о том писания даже всему священному Собору; б) со времени отречения его, Никона, от кафедры прошло уже год и 7 месяцев; в) все свидетели, которые допрашиваны были на Соборе, с евангельскою клятвою подтвердили истинность своих сказок и в этих сказках согласно показали, что Никон отрекся от своего патриаршества и обещался потом не быть на кафедре; г) да и сам Никон в своей отписке государю, которую государь прислал на Собор с боярином Петром Салтыковым, своею рукою написал: "Бывший патриарх Никон". Принимая во внимание все эти обстоятельства и прилагая к ним священные правила, прочитанные на Соборе, Собор выразил свое решение так: "Правила св. отцов все согласно и невозбранно повелевают на место епископа, отрекшегося своей епископии или оставившего ее без благословной причины более шести месяцев, поставить иного епископа".
      Но этим решением Собор не мог ограничиться. Недостаточно было сказать только, что вместо отрекшегося от кафедры Никона следует избрать иного патриарха; необходимо было сказать вместе, как же поступить с самим Никоном, считать ли его и впредь патриархом и какие права за ним оставить. На решение этих вопросов как бы вызывал Собор и сам Никон. Посланный к нему в Крестный монастырь стольник Пушкин возвратился и 6 марта дал письменную сказку, что он прибыл к Никону 24 февраля и по указу государя говорил ему: "Когда ты изволил оставить патриаршеский престол и государь посылал к тебе не раз боярина князя Алексея Никитича Трубецкого, чтобы ты возвратился на престол, ты отказал боярину, на престол не возвратился и подал великому государю благословение выбрать другого патриарха, кого пожелает. После посланы были к тебе думный дворянин Елизаров и думный дьяк Алмаз Иванов, ты и им сказал те же речи, что на патриаршеском престоле впредь быть не хочешь, и об избрании на свое место патриарха благословение государю подал". Никон отвечал: "Как приезжал ко мне от государя боярин князь Трубецкой, он на патриаршество меня не звал, а говорил мне о том в Москве в соборной церкви, чтобы я на престол возвратился. И думный дворянин Елизаров также меня не звал, только выговаривал. А великому государю от меня благословение всегда: невозможно рабу не благословить своего государя. Но на такое дело (тут Никон изменил прежнему своему слову, не раз данному), чтобы поставить патриарха без меня, я не благословляю: кому без меня ставить патриарха и митру на него возложить? Мне дали митру патриархи Вселенские, и митрополиту возложить на патриарха митру невозможно (неправда: на самого Никона возложили митру не патриархи, а митрополит Казанский, который и поставил его в патриарха согласно с церковными правилами). Я оставил престол, но архиерейства не оставлял, и все власти моего рукоположения и при поставлении своем дали в своем исповедании клятвенное обещание пред всею Церковию не хотеть им иного патриарха, кроме меня, - как же им без меня ставить новоизбранного патриарха?" При этом Никон вручил Пушкину свое письмо к государю и примолвил: "Если государь изволит мне быть в Москве, то я по указу его новоизбранного патриарха поставлю и, приняв от государя милостивое прощение, простясь с архиереями и подав всем благословение, пойду в монастырь. Только бы государь не велел отнимать у меня монастырей моего строения да указал давать мне часть от соборной церкви, чтобы мне быть сыту". В письме к государю, которое привез Пушкин, Никон также говорил, что для благозаконного и праведного избрания нового патриарха должен быть призван он, Никон, и что он, когда избрание соборне и благочестиво совершится, преподаст новоизбранному чрез рукоположение ту же благодать, которую прежде сам приял, и разрешит всех архиереев от данного ими при поставлении на архиерейство клятвенного обещания не хотеть иного патриарха, кроме его, Никона. Оба эти документа, письмо Никона и сказка Пушкина, прочитанные 14 марта по воле государя в его Золотой палате в присутствии его самого, бояр, окольничих и царского духовника, благовещенского протопопа Лукиана, показали, что Никон не только продолжает считать себя патриархом, но одному себе усвояет право рукоположить нового патриарха для Москвы и по рукоположении его желает еще пользоваться частию из его патриарших доходов от соборной церкви, - тем необходимее было Собору заняться решением вопроса о самом Никоне, как отрекшемся от своей кафедры.
      И Собор действительно занялся. Снова обратились к церковным правилам, а вместе и к церковной истории. Собрано было множество примеров, из которых одни показывали, что патриархи и вообще архиереи, самовольно оставившие свой престол, вновь на престол свой не возвращались; другие показывали, напротив, что такие архиереи снова возвращаемы были на свои кафедры; третьи, что архиереи, самовольно отрекшиеся даже от своего архиерейства, снова сподоблялись архиерействовать; четвертые, что еще при жизни патриархов и епископов, самовольно оставивших свой престол, на их места поставлялись иные патриархи и епископы. В 20-й день марта по приказанию государя собрались в его Золотой палате знатнейшие бояре, окольничие и думные люди, потом пришли туда же и предстали государю митрополиты, архиепископы и епископы и прочие власти и сказали, что принесли составленные по его государеву указу выписки из священных правил. Когда после краткого молебствия все духовные и светские сели, царь приказал читать выписки рязанскому архимандриту Стефану, а по окончании чтения пригласил всех духовных высказывать свои мнения, кто что ведает. Первый высказал свою мысль ученый епископ Полоцкий Каллист, за ним говорили Крутицкий. Рязанский и другие архиереи и архимандриты. Мнения оказались различны, и эта разность обнаружилась еще более в последующих заседаниях Собора. Одни, и преимущественно греческие, архиереи: Парфений Фивский, Кирилл Андросский, Нектарий Поголианский, которые по повелению государя также приглашены были для участия в Соборе, утверждали, что Никон, самовольно отрекшийся от своего престола, должен быть лишен архиерейства и даже священства; другие, к числу которых принадлежал и пользовавшийся большим уважением за свою ученость иеромонах Епифаний Славинецкий, говорили, что Никон, хотя и самовольно отрекся от кафедры, не должен быть лишаем архиерейства и священства. Третье мнение выразил ученый архимандрит полоцкого Богоявленского монастыря Игнатий Иевлевич, обративший на себя внимание царя своими речами к нему в Полоцке. В речи своей пред царем и Собором 10 мая этот архимандрит высказал: детям отца и словесным овцам верховного пастыря судить не подобает, и Собору русского духовенства не иначе возможно рассудить и разрешить правильно дело своего патриарха Никона, как только по согласию с большим Собором великой Церкви Константинопольской и со Вселенским патриархом. Славинецкий подал государю особую записку с изложением своего мнения, сущность которого состояла в следующем: по правилам, Никона, хотя и отрекшегося от своей кафедры, можно вновь возвести на нее, если он достоин, а если недостоин, то нужно прежде судить его и низложить, и только тогда на место его можно будет возвести другого, а судить Никона нельзя без Цареградского патриарха. Впрочем, на основании прежних примеров можно и теперь, без суда над Никоном, возвести на оставленную им кафедру другого патриарха; только и Никона не следует отчуждать архиерейского служения и чести. Если же он, находясь в этой чести, начнет творить смятение, то тем самым повинен будет лишению архиерейского сана. Равным образом и в присутствии Собора, когда Епифания спросили его мнение, он в 26-й день мая отвечал: "О том, чтобы Никон был чужд архиерейства и священства, я не только писать, но и говорить не дерзаю; я не нашел таких правил, чтобы архиерея, самовольно оставившего свой престол, но не отрекшегося от архиерейства, отчуждали от архиерейства и священства". А в 15-й день июня сказал, между прочим, что вновь поставленный на место Никона патриарх как престольный будет иметь полную власть запретить бывшему патриарху, т. е. Никону, если последний ему не покорится и без его благословления дерзнет совершать архиерейские действия. С своей стороны и греческие архиереи подали свою записку на имя царя и Собора и говорили, что несправедливо некоторые, по дружбе к Никону и неверно толкуя правила, не соглашаются с мнением всего Собора, который определил низложить Никона и лишить священства до тех пор, пока он не смирится и не станет молить о возвращении ему священства пред новым патриархом и Собором. Напрасно указывают на пример Цареградских патриархов, которые хотя и оставляют свою кафедру один за другим, но не лишаются чрез то своего архиерейства и продолжают священнодействовать: эти патриархи оставляют свою кафедру не самовольно, а поневоле, по насилию и пребеззаконно прогоняются от своего престола нечестивыми турками. Совсем другого рода пример известен из деяний Третьего Вселенского Собора. Когда Евстафий, епископ Памфилийский, отрекся от своей кафедры, это отречение вменено было ему в вину, и он лишен был архиерейства и священства. Когда же он со смирением и слезами притек к Вселенскому Собору и просил возвратить ему имя и честь епископа, Собор разрешил ему именоваться епископом, равно священнодействовать и рукополагать, но только по приглашению и с дозволения местного епархиального епископа. Вот по этому образцу следует поступить и с Никоном. Вследствие этой записки греческих архиереев Епифаний подал государю новую свою записку, в которой говорил, что из двух решений Собора первое - об избрании и поставлении нового патриарха на место Никона признает правильным и благополезным, а второе - о низложении Никона и лишении его священства - понять не может. Изложив причины, почему не может согласиться с этим решением, Епифаний присовокупил: "Я не имею в виду прекословить священному Собору и не осуждаю писания, написанного от греческих архиереев и богомудрого Дионисия архимандрита (святогорца), но заявляю мнение моего худого ума, чтобы оно, если покажется свящ. Собору благословным, было принято, а если не благословным, было отвергнуто". Начались опять прения на Соборе. Греки отстаивали свое мнение и ссылались особенно на 16-е правило Двукратного Собора, которое гласит: "Аще кто из епископов, пребывая в своем достоинстве, и не хощет отрещися, и не желает пасти народ свой, но, удаляяся из своей епископии, более шести месяцев остается в другом месте, таковый да будет совершенно чужд епископския чести и достоинства". Греки уверяли, что вслед за сим в греческом тексте того же правила сказано еще: "Безумно убо есть епископства отрицатися, держати же священство". Эти последние слова подействовали на самого Епифания, он не дерзнул прекословить им и дал свое согласие на низвержение Никона. После того государь дал приказ Епифанию составить соборное определение. Но Епифаний, когда, возвратившись домой, вздумал проверить уверения греков, не нашел подействовавших на него слов в греческом тексте правил и поспешил представить государю новую записку, в которой говорил: "Я прочел истинное правило греческое (16-е Двукратного Собора) и не нашел в нем слов "безумно бо есть епископства отрещися, держати же священство". Почему отрекаюсь от моего согласия на низвержение Никона, каюсь и смиренно прошу прощения. Новопоставленный патриарх вправе будет или благословить бывшего патриарха Никона, да архиерействует в том монастыре, где будет жить, или запретить ему архиерействовать, если не поклонится новопоставленному патриарху и без его благословения дерзнет архиерействовать, а если запрещения не послушает, то да низвержется. Я готов исполнить повеление Вашего величества и составить соборное определение об избрании и поставлении нового патриарха это согласно с правилами, но о низвержении Никона писать не дерзаю, потому что не нашел такого правила". Государь поколебался и, вероятно, потребовал отзыва от некоторых других членов Собора, если не от всего Собора, потому что сохранилось "Слово отвещательное" к царю не одного, а нескольких лиц по этому предмету. Они писали, что хотя Никон, самовольно оставивший свою паству и не шесть только, но более уже восемнадцати месяцев живущий вдали от нее, по правилам и даже по царским законам заслуживает низложения, но по древним примерам и ему, "аще повелит святое и превеликое твое царство, и св. Собор, и синклит", можно оказать "снисхождение человеколюбие", какое оказал Третий Вселенский Собор епископу Памфилийскому Евстафию, и не лишать его архиерейства и священства: "Зане аще и господин Никон в прочих внешних вещех и во отречении своем погреши, яко человек, но в догматах благочестивыя и православныя веры бе благочестивейший и прав и во апостольских и отеческих преданиях Восточныя Церкве бе зело ревнитель... И да не явимся тяжки, молим о том великое твое царство и с дерзновением пишем к тебе, яко к царю христианнейшему, кротчайшему и благоутробнейшему". Царь охотно согласился на снисхождение Никону, и тогда Епианий, обрадованный таким исходом дела, написал до крайности витиеватое и напыщенное деяние соборное, в котором изобразил общими чертами весь ход Собора от начала до конца, но изложил только те рассуждения Собора, которые касались вопроса об избрании нового патриарха на место Никона, а совершенно умолчал о тех, которые касались вопроса о низложении Никона, и окончательное решение Собора выразил так: "Да вместо благоговейнаго Никона, бывшаго патриарха Московскаго, самовольно престол свой патриаршеский оставльшаго, ин святейший патриарх Московский правильно изберется, благодатию Духа Святаго восхиротонисуется и в душевную всего благочестиваго рода российскаго пользу на престол патриаршеский возведется". Это соборное деяние в 14-й день августа 1660 г. подписали все присутствовавшие на Соборе: шестнадцать архиереев, многие архимандриты, игумены и протопопы, в том числе и греческие три архиерея с архимандритом Дионисием святогорцем, и полоцкий архимандрит Игнатий Иевлевич.
      Никон, когда узнал об этом Соборе (самые акты соборные кем-то сообщены были Никону), отнесся к нему с крайнею неприязнию и называл его не иначе как синагогою иудейскою, а действия его антиканоническими, во-первых, потому, что он, Никон, не был приглашен на Собор для оправдания и осужден заочно; во-вторых, потому, что был судим теми, которые от него же получили рукоположение, словно отец детьми; в-третьих, потому, что Собор созван был одним царем без участия патриарха . Впоследствии Никон выражался даже, что Собор этот должно назвать не только сонмищем иудейским, но и бесовским, потому будто бы, что он созван был не по правилам и все соборование на нем происходило по царскому указу: что хотел царь, то и делали. Неудивительно, если так отнесся к Собору Никон, - удивительно, что и царь не оказал к соборному решению надлежащего внимания. Поколебался ли он в доверии к Собору ввиду происходивших на нем разногласий и побоялся, как бы не погрешить против церковных правил, или опасался новых смятений со стороны Никона, только к избранию нового патриарха, как определено было Собором, царь вовсе не приступал и не делал никаких распоряжений. Все труды Собора, продолжавшиеся около полугода, не привели теперь ни к чему, хотя впоследствии, как увидим, они послужили важнейшим пособием для Восточных патриархов, вместе с новым Собором судивших Никона.
      Между царем и бывшим патриархом вскоре после Собора возобновились было добрые отношения. В Воскресенский монастырь прибыл окольничий Иван Михайлович Милославский и от имени царя говорил Никону, что боярин Борис Иванович Морозов (свояк и бывший воспитатель царя) изнемогает и что если была от него патриарху какая-либо досада, то простил бы его. Никон письменно отвечал царю: "Досады от него нам мы не ведаем, кроме любви и милости, а хотя бы и было что, мы, как подражатели Христовы, прощаем ему все, в чем яко человек согрешил пред нами, а когда Господь пошлет по душу его, мы напишем ему, если угодно Вашему благородию, и разрешительную грамоту. Много работал он тебе, великому государю, - поболезнуй же и ты о нем ныне, а отходящим от мира сего ничто столько не пользует, как милостыня и приношение жертв. Мы же, богомольцы твои, оскудели ныне всем в созидании церкви Воскресения Христова и св" Голгофы и св. Живоносного Гроба Христова, и потому молим твою кротость о милостыне на создание храма и на пропитание нам, бедным, и мы, пока жив боярин Борис Иванович, будем молиться о спасении его, а по кончине его не перестанем поминать его... Не грех будет, если и вотчинку пожалуешь на вечное пропитание служащим в церкви и пенязи... А всего полезнее было бы для души боярина, если бы он по смерти и положен был в дому Живоносного Воскресения при св. Голгофе, против великих врат: тогда память великого боярина не престала бы вовек, и Бог упокоил бы душу его по нашим смиренным молитвам со святыми". Не знаем, пожаловал ли что-либо государь Никону по этой просьбе, но другую его просьбу уважил. В генваре 1661 г. последовал царский указ взять с монастырей Никонова строения (как и с других монастырей) даточных людей не только за этот, но и за два предшествовавшие года. Никон написал челобитную, в которой, перечисляя, сколько прежде доставлял он с своих монастырей даточных людей на службу государя, умолял его не брать ныне даточных людей с тех монастырей, по крайней мере за два предшествовавшие года. К Никону прислан был Родион Стрешнев известить, что царь его пожаловал и брать даточных людей с его монастырей за прошлые два года не указал. Из той же челобитной Никона видно, что со всех вотчин Воскресенского монастыря по милости государя не брались даточные люди и за все прежние годы "ради монастырского строения". В ноябре того же 1661 г., 1-го числа, государь прислал Никону с Григорием Никифоровичем Собакиным три тысячи рублей и просил, чтобы Никон написал разрешительную молитву для скончавшегося боярина Ильи Ивановича. Никон благодарил письмом государя за присланную милостыню, выражаясь, что "вложит" ее в церковь Живоносного Воскресения Господня, тогда строившуюся, и послал разрешительную грамоту, с тем чтобы она прочитана была духовником умершего боярина над его телом и вложена в его руки.
      Но вскоре же, после бывшего Собора на Никона и после возвращения его из Крестной в Воскресенскую обитель, начались у него столкновения с соседями по земельным владениям, снова нарушившие мир между ним и государем. Какой-то Иван Сытин подал царю челобитную, что крестьяне Воскресенского монастыря скосили сено на его земле более трехсот копен, стреляли в него самого и покушались разорить его жилище. Царь прислал эту челобитную 15 декабря 1660 г. самому Никону, чтобы он послал произвести по ней расследование.