За пределами Москвы признание Василия Ив. Шуйского царем было слабо распространено. Пущенному слуху, что Димитрий не убит, а бежал из Москвы — верили. Велик был ореол Ивана Грозного, как друга простого народа. Хотели видеть в Самозванце сына «народного царя». Кн. Григорий Шаховский, любимец Лжедимитрия, посланный царем Шуйским на воеводство в пограничный Путивль, оказался предателем. Предусмотрительно похитив в Москве государственную печать, он поднял восстание. Чернигов, Стародуб, Новгород-Северский, Белгород и др. южные города отложились от Москвы. Царь и патриарх послали на юг для увещаний Крутицкого митрополита Пафнутия. Его миссия была безуспешна. Началось демагогическое движение под водительством Ивана Болотникова.
      Князь Гр. Шаховский рассылал указы от имени ц. Дмитрия, от которого он якобы при личном свидании в Польше и получил свое воеводство. Повстанцам легко сдавались один за другим города: Орел, Мценск, Тула, Калуга, Рязань, Дорогобуж. Тверь сопротивлялась, вдохновляемая своим архиепископом Феоктистом, позднее замученным бунтовщиками. Болотников скоро появился под самой Москвой в селе Коломенском.
      Патриарх Ермоген начал (30.ХI.1606 г.) рассылать по России свои миротворные грамоты, убеждая в них верить не сказкам, а действительным фактам: описаны обстоятельства гибели Лжедимитрия, открытие мощей подлинного царевича Димитрия и чудеса от них, воцарение В. Шуйского, «царя благочестивого, и поборателя о православной вере». А вот нашлись изменники, стоящие уже в Коломенском под Москвой. Предписывалось, чтобы духовенство многократно прочитывало темному народу эти грамоты и пело молебны о здравии и спасении Богом венчанного Государя, а не слушало воров и разбойников. Лишь постепенно служилые и торговые люди осознавали гибельность для них призваний Болотникова. И начали снова переходить в стан царя Василия. Посланному царем молодому воеводе, кн. Михаилу Скопин Шуйскому удалось разбить фронт Болотникова. Болотников бежал в Калугу. Казанский митрополит Ефрем наложил на взбунтовавшихся жителей Свияжска богослужебный интердикт. Подействовало. Смирились. Ефрем исхлопотал царское прощение. Патриарх от лица собора послал благословение Ефрему, как доблестному пастырю.
      Но положение царя Шуйского все равно было непрочно. Средние и низшие слои населения (т. е. в сущности весь народ, кроме боярского меньшинства) тянулись к имени Димитрия, сына Грозного, как к символу «народолюбца», выведшего через опричнину мелких «людишек» в служилый землевладельческий класс. Начавшееся социальное брожение еще не нашло своего удовлетворения. Надо было усиленно доказывать, что Димитрия на свете нет. Правительство распространяло литературу с доказательствами, что Самозванец подлинно убит и что он был именно Гришка Отрепьев, расстрига, а что истинный царевич убит по проискам жестокого царя Бориса. Но в свое время против последней версии высказывался патр. Иов — чтитель своего благодетеля, царя Бориса. Теперь решено для спасения государственного порядка убедить Иова «открыть правду» и признать, что смерть Димитрию приключилась не «Божиим изволением», а умыслом Бориса, что Димитрий истинный мученик, что и являют творимые им чудеса. Ради спасения от ужасов гражданской воины, жертвой которой уже раз стал патриарх Иов, он согласился теперь признать всенародно свой грех (по примеру инокини Марфы) и призвать к покаянию все классы населения в совершенных ими грехах клятвопреступлений. Вот почему царь, по совету с патр. Ермогеном, вызывает из монастырского затвора патр. Иова, чтобы тот дал народу прощение за все совершенные измены, после строгого всенародного поста.
      Обряд состоялся 20.II.1607 г. в Успенском соборе, при сослужении двух патриархов. После молебна, совершенного Ермогеном, представители мирян подали в руки патриарху Иову покаянную челобитную. Перечисляли в ней ряд своих измен и клятвопреступлений. Просили, чтобы патриархи простили измены и им и всем другим русским людям, не живущим в Москве и уже скончавшимся. Патриархи повелели архидиакону Олимпию прочитать громко и эту челобитную и разрешительную в ответ на нее грамоту патр. Иова, бывшего участником событий времени царя Бориса. В этой разрешительной грамоте патр. Иов утверждает, что подлинный царевич Димитрий убит в Угличе. Тогда он — патриарх заклинал народ быть верным царю Борису, а теперь он от этих своих клятв разрешает народ и сам просит у народа за них прощения. Москвичи плакали и целовали десницу Иова.
      Но… события Смуты развивались по своей внутренней диалектике. 15.000 царского войска перешло под Калугой к Болотникову. Патр. Ермоген тогда подверг Болотникова церковному проклятию вместе с его главными соучастниками. Пока действовал только миф имени Димитрия. Скоро отыскался в Литве живой претендент. 1-го августа 1607 г. новый Лжедимитрий объявился в Стародубе, окруженный польскими войсками под командой генералов Лисовского и Сапеги. Им подчинялись запорожские и донские казаки и много другого бродячего люда. Через год уже вся южная и средняя Россия была захвачена «Вором». 1-го июня 1608 г. Вор утвердил свою ставку в 12 верстах от самой Москвы, в Тушине. Польша и Ватикан из последовательности вновь поставили ставку на этого Тушинского Вора. Марина и его признала своим мужем. Ее духовник иезуит, для успокоения совести, повенчал ее тайно с новым Самозванцем. Гордая панна падала все ниже со ступеньки на ступеньку. Вместе с ней падали и латинские интриги. Сохранилась подлинная инструкция агентам этой интриги при дворе Вора. (См. Ист. Соловьева и Нist. Russ. Моnum. II, 81 и 85). Предписывалось: 1) протестантам и врагам унии закрыть доступ в государство; 2) греческих монахов изгнать; 3) осторожно начинать сговоры об унии, ничего не разглашая и ведя переписку с Римом тайно. Подбирать служилых людей и духовенство с расчетом на их способность к унии; 4) представлять связь с греками, как рабство, а унию, как свободу со всякими льготами; 5) устроить семинарии, взяв из заграницы преподавателей светских, а в Вильну, или лучше в Рим, отправлять наиболее способных учеников; и для общего образования приглашать молодых русских в Польшу в иезуитские учебные заведения; 6) зазывать москвичей присутствовать при польском богослужении; 7) хорошо бы в штате царицы содержать священников униатов для собеседований с русскими и для богослужений по русскому обряду. Таким образом, и второй Самозванец, как и первый, должен был изворачиваться под этим иезуитским прессом.
      Из Тушина посылались отряды и посольства по России с политическими зазываниями. Духовенство противилось новой измене, и многие страдали. Кирилло-Белозерский монастырь сам рассылал грамоты о лояльности царю Василию. Псковский епископ Геннадий, наблюдая измену, «умер от горести». Суздальский епископ Галактион изгнан тушинцами и умер в изгнании. Коломенского епископа Иосифа войска Лисовского захватили в плен, влачили за собой, мучили, пытали привязыванием его к жерлу пушки, грозя выстрелами. Но московскому войску удалось отбить его и вернуть Москве. Яркого противника измены, Тверского архиепископа Феоктиста тушинцы захватили и привезли в Тушино. Здесь его мучили и убили, якобы при попытке бегства. Тело его было найдено израненным и изъеденным зверями. 11 октября 1608 г. отряды Сапеги подступили к Ростову. Жители Ростова бежали в Ярославль, но митр. Филарет (Никитич, Романов-Захарьин-Юрьин), уже вынесший тяжесть лжи при первом Самозванце, почувствовал в себе моральную потребность героически противиться второй, более явной лжи. Он вместе с верными жителями Ростова заперся в соборной церкви. Люди исповедались, причастились и решили пострадать от бунтовщиков. Поляки взяли город, начали резню, захватили собор. Филарета, раздев, босого, в одной рубашке увезли в тушинский плен, где ему пришлось пережить второе искушение, чтобы ценой приспособления возвратиться к жизни и власти.
      Филарет был по складу своему чисто светский государственный человек, гонимый со всем своим родом Борисом Годуновым. Вполне понятно, что он свое освобождение из Соловецкого заключения Лжедимитрием I принял с радостью. Видимость политического переворота была феерической. Лжедимитрий I признан был всей боярской Москвой, иерархией и народом. Назначение Филарета митрополитом в Ростов было по форме соборным, каноничным и регулярным иерархическим актом. Теперь, при втором Самозванце положение резко изменилось. Ни у одного государственного человека не было сомнения в подложности Лжедимитрия II. Его именем все только вели политическую игру. Взятый в плен Филарет на этот грубый компромисс сдался наряду с другими и — можно думать — не без сознательного сговора и умысла. И в конце концов он вышел из этих тисков на доблестную патриотическую дорогу. Но в Тушине его заставили именоваться «нареченным патриархом», что было совсем неканонично при живом патриархе Ермогене. Известна грамота митр. Филарета, как «нареченного патриарха» в область Суздальскую, которая была неподвластна ему, как Ростовскому митрополиту. Разумный благонамеренный компромисс и внутреннее патриотическое настроение в то время в силу необходимости переплетались. Не избежали этих компромиссов и Троице-Сергиева Лавра и ее деятельный келарь Авраамий (в мире служилый человек Аверкий Иванович Палицын). Им приходилось иметь дело с властями, зависевшими не от легального московского правительства, а от Тушинского Вора, или от авантюривших с ним казаков. Казаки господствовали в подмосковной области, где само Тушино экономически принадлежало к имениям Лавры. Но в решающую минуту Лавра явила себя мучеником и героем православного русского царства. 23-го сентября 1608 г. навалились на нее поляки, а 12-го января 1610 г. отвалились. 16 месяцев держали ее в осаде, но взять не смогли. У поляков было около 15.000 войска (сообщение Авраамия Палицына о 30.000 преувеличено), а у осажденных менее 2.400 человек. Из них к последнему штурму 31-го июля 1609 г. осталось в живых менее 200 человек. И все-таки штурм был отбит. Дух осажденных, поддерживаемый многократными видениями во сне и наяву преподобных Сергия и Никона, был неизмеримо выше развратного и грабительского духа банд Сапеги и Лисовского. В конце концов банды бежали от наступавшей с севера армии кн. Михаила Васильевича Скопин-Шуйского.
      Идейный смысл героического противостояния Лавры врагу был с самого начала выражен в соборном ответе соборных властей Лавры на предложение врагов о сдаче. Собор Лавры писал: «Да весть ваше темное державство, гордии начальницы, Сапега и Лисовский и прочая ваша дружина, — вскую нас прельщаете, Христово стадо православных христиан… — како вечную оставити нам святую истинную свою православную христианскую веру греческаго закона и покоритися новым отпадшим христианския веры, иже прокляты быша от четырех вселенских патриарх? Или кое приобретение и почесть еже оставити нам своего православнаго государя царя, покоритися ложному врагу и вам — латыне иноверным и быти нам яко жидом или горше сих. Они бо — жидове, не познавше Господа своего, распяша; нам же, знающим своего православнаго государя, под их же царскою христианскою властию от прародителей наших родихомся в винограде истиннаго пастыря Христа, како оставити нам повелеваете христианскаго царя и ложною ласкою и тщетною лестию и суетным богатством прельстити нас хощете? Но ни всего мира не хощем богатства противу своего крестнаго целования». Тут в наивных и не вполне грамотных формах выразился высокий, духовно-аристократический тон православно-национального самосознания, до которого часто далеко было грубым народным низам, увлекаемым ворами приманками грабежа. Троицкая Лавра своим доблестным стоянием стала светочем и примером для народа, начавшего опоминаться от хмеля самозванчества и стекаться в земские ополчения для освобождения своей земли от иноземцев.
      Легальная царская власть в лице царя В. Шуйского не могла приобрести авторитета, собирающего вокруг себя народ. Боярские партии в большинстве были против Шуйского. Вскоре они повернули расчеты на иностранные династии: польскую и даже шведскую. Средние сословия и низы соблазнялись от близости к Москве Тушина. Тушинцы свободно приходили на окраины Москвы. Там смута разлагала существующий порядок. Начались открытые восстания против царя В. Шуйского. 17.11.1609 г. произошла первая попытка свержения Шуйского. Царя и патриарха Ермогена толпа вытребовала выйти на Лобное место Красной площади. Своей речью патриарх смог рассеять разные клеветы, внушенные тушинцами, и призвать народ к верности его крестному целованию.
      После этого патриарх Ермоген решил воздействовать на тушинцев прямыми, к ним обращенными посланиями. В этих посланиях мысль патриарха-патриота опять возвышается над всякими классовыми шкурными интересами и подымает народную совесть на высоту идеала православной нации — хранительницы высшей святыни и правды. В первом своем послании патриарх пишет: «обращаюсь к вам, бывшим православным христианам всякого чина, возраста и сана, а ныне не ведая, как и назвать вас, ибо вы отступили от Бога, возненавидели правду, отпали от соборной апостольской Церкви, отступили от Богом венчанного и св. елеем помазанного царя Василия Ивановича. Вы забыли обеты православной веры нашей, в которой мы родились, крестились, воспитались и возросли; преступили крестное целование и клятву — стоять до смерти за дом Пр. Богородицы, и за московское государство, и пристали к ложно-мнимому вашему царику…
      Болит моя душа, болезнует сердце и все внутренности терзаются, все составы мои содрогаются. Я плачу и с рыданием вопию: помилуйте, братие и чада, свои души и своих родителей, отошедших и живых… Посмотрите, как отечество наше расхищается и раззоряется чужими; какому поруганию предаются св. иконы и церкви, как проливается кровь неповинных, вопиюшая к Богу! Вспомните, на кого Вы поднимаете оружие: не на Бога ли, сотворившего вас? Не на своих ли братьев? Не свое ли отечество раззоряете?..
      Заклинаю вас именем Господа Бога, отстаньте от своего начинания, пока есть время, чтобы не погибнуть вам до конца. А мы, по данной нам власти, примем вас, обращающихся и кающихся, и всем собором будем молить о вас Бога и упросим государя простить вас. Он милостив и знает, что не все вы по своей воле то творите. Он простил и тех, которые в сырную субботу восстали на него. И ныне невредимыми пребывают между нами их жены и дети».
      Это писано от большого пастырского сердца, горевшего любовью к своей церкви и своему народу. Таким языком говорят подлинные вожди народа. Он не холодно бичует, но зовет и умоляет. В другом послании патр. Ермоген входит в положение заблудившихся, попавших в духовную неволю и обещает им полное братское прощение, лишь бы они покаялись. Он допускает и трагические компромиссы (случай с м. Филаретом), лишь бы люди обратились потом на путь истины. Так он пишет: «Мы чаяли, что вы содрогнетесь, воспрянете, убоитесь Праведного Судии, прибегнете к покаянию. А вы упорствуете и разоряете свою веру, ругаетесь святым церквам и образам, проливаете кровь своих родных и хотите окончательно опустошить свою землю…
      Не ко всем пишем это слово, но к тем, которые, забыв смертный час и страшный суд и преступив крестное целование, отъехали, изменили царю государю Василию Ивановичу, и всей земле, и своим родителям, и своим женам и детям, и всем своим ближним и особенно — Богу. А которые взяты в плен, как Филарет митрополит и прочие, не своею волею, но чуждою, и на христианский закон не посягают и крови православных своих братий не проливают, таковых мы не порицаем, но молим о них Бога, чтобы Он отвратил от них и от нас праведный гнев свой… То мученики Господни, и ради нынешнего временного страдания они удостоятся небесного царствия».
      Рассказав о бывшей попытке свержения царя В. Шуйского, патриарх заключает: «Бога ради познайте себя и обратитесь. Обрадуйте своих родителей, своих жен и чад и всех нас. И мы станем молить за вас Бога и бить челом государю, а вы знаете, что он милостив и отпустит вам ваши вины… Мы с радостью и любовью воспримем вас и не будем вас порицать за бывшую измену, ибо один Бог без греха».
      Но чисто идеальные усилия патр. Ермогена отстоять принцип легальности царя В. Шуйского подрывались слабостью всей политической почвы под Шуйским. Интригуя против царя Бориса, он сам поддержал Лжедимитрия I. Правда, он же его и сверг. И прошел в цари волей своих единомышленников — бояр, против другой части бояр, приверженных к Самозванцу (М. Салтыков, Шаховской, Бельский, Масальский). Народ московский Василия не избирал и остался в недоумении: что же такое тот Димитрий, которого воцарили, а потом убили? Именно со времени воцарения Шуйского смута из олигархической боярской среды спустилась в московские народные массы. И эту раскачку всей земли Василий Шуйский не в силах был сдержать. Его морально-политический облик был слишком лукав, переменчив, неавторитетен. Недаром не только польские, литовские, южно-русские казачьи и холопские низы под демагогические лозунги Болотникова шли на московских бояр, гостей, торговых людей, но и дворянские ополчения из Тулы и Рязани (братья Ляпуновы) двинулись на Москву против Шуйского. Правда, Ляпуновы вскоре отшатнулись в ужасе от «большевизма» Болотникова и временно поддержали Шуйского.
      В. Шуйский против коалиции врагов внутренних, поддерживаемых извне Польшей, решил прибегнуть тоже к силам интервентов внешних. В 1608 г. он подписал союз со шведами, уступив им город Карелу с округом. Это Кексгольм на Ладожском озере. По договору, шведская пехота и конница под командой Де Лагарди двинулась с начала 1609 г. через Новгород к Москве. Этим союзом с Карлом IХ шведским В. Шуйский вызвал прямую войну против себя со стороны Сигизмунда III. Последний, будучи поляком только по матери, по отцу был наследным шведским королевичем, свергнутым его дядей Карлом IХ. С последним Сигизмунд уже вел войну. Теперь он логически повел войну и с союзником Карла, царем Василием Шуйским.
      В сентябре 1609 г. Сигизмунд осадил Смоленск. Пограничный с Литвой Смоленск, по выражению наших историков, был издревле «стратегическим ключом Днепровской Руси». За него всегда была борьба, как за ворота или в Русь, или в Литву. Сигизмунд решил, что Русь уже достаточно разложена Смутой, чтобы самому захватить над ней власть, а церковь московскую под унию, как он это сделал у себя недавно, в 1596 г. в Брест-Литовске. Но Смоленск, искусно защищаемый воеводой Шеиным, обманул надежды короля. Сигизмунд взять его не мог. И занялся агитацией, в первую очередь разложением нелегального Тушинского центра. В декабре 1609 г. в Тушино пришли от Сигизмунда послы с предложением: а) к полякам — перейти под знамя короля; б) к русским — избавиться от Самозванца и казацкой вольницы под протекторатом королевской власти. Особое письмо было адресовано митр. Филарету, как «нареченному патриарху», с обещаниями сохранить русским их веру, обряды, права церковного самоуправления и суда. Тушино раскололось. Вор потерял опору и бежал с группой «верных» ему казаков и кн. Гр. Шаховским в Калугу. Часть русских ушла в Москву, к царю Василию. Остальные русские боярского звания (князья Масальский и Хворостинин, Салтыковы, Плещеев), служилого (дьяк Грамотин) и простого звания (Федор Андронов, Молчанов), постановили ехать посольством к Сигизмунду и просить в цари его сына Владислава, под условием принятия последним православия. Тут участвовало и духовенство с Филаретом во главе. Филарет писал об этом к королю, именуя себя «нареченным патриархом». Тушинскому посольству удалось под Смоленском 4-го февраля 1610 г. заключить с королем договор из 18 статей. Это договор не «воровского», а серьезного национально-государственного характера. Приняв православие, Владислав венчается на царство русским патриархом и дает клятвенное обещание «веры греческого закона не нарушать ни в чем». Имущества и права духовного сословия и бояр ненарушимы. Суд совершается по старине. Изменения в законах не могут делаться Владиславом единолично: «то вольно будет боярам и всей земле». Дело сводилось только к заимствованию династии, без всякого умаления полной независимости и самостоятельности Московского Государства. Сигизмунд лукаво соглашался на все это, мечтая о захвате власти прямо в свои собственные руки.