Вынужденная всей обстановкой своего воцарения ускоренно провести секуляризацию церковных имуществ, Екатерина осмысливала ее идеологически в духе западной истории, как некий государственный переворот, преувеличивая ее идеологическое содержание и допуская перспективу тяжелой борьбы «двух властей». Одновременная борьба Екатерины с Арсением Мациевичем, как будто подтверждала страхи Екатерины, чем и объяснялась жестокость преследования уже осужденного митр. Ростовского.
      По окончании акта секуляризации и по «сочинении новых штатов» синодального управления в 1763 г., Синод обратился с предложением к государыне заполнить его состав старыми и новыми лицами, не могущими возбудить на верхах теперь уже никаких мнимых опасений. Подписали это представление наличные члены Синода: Димитрий, митр. Новгородский, Гавриил, архиеп. СПБ, Лаврентий, архим. Троице-Серг. Лавры и Симон, архим. Кирилловский. Числились еще членами Синода, жившие в своих епархиях: Афанасий еп. Ростовский, Палладий еп. Рязанский и Порфирий Коломенский. Утверждая этот состав, Екатерина приказала относительно присутствующих уже в Синоде членов: «оным быть в присутствии беспременно». А об остальных приписала: «через два года, сменяясь, присутствовать по одному».
      Секуляризация прошла при обер-прокуратуре А. С. Козловского, человека незаметного. А Екатерина все еще была во взвинченном настроении, воображая себя ведущей героическую борьбу с церковными «реакционерами». За кулисами правительства было решено, что в такой исторический момент «оком государевым» должен быть не безразличный чиновник, а носитель самоновейшей, антиклерикальной, просветительской идеологии, какового обрели в лице бывшего директора Московского Университета, Ивана Ивановича Мелиссино. Он и был назначен обер-прокурором 10.VI.1765 г. Екатерина при этом решила для закрепления государственного влияния над Синодом подумать о систематической подготовке кандидатов на этот по существу министерский пост. И в этих видах через два месяца назначила на обер-прокурорский стол особого чиновника, камер-юнкера Григория Александровича Потемкина, ставшего фаворитом императрицы, будущего светлейшего князя Таврического. Это назначение можно считать первым опытом создания будущей должности товарища обер-прокурора. Потемкину предписано постоянное присутствие за обер-прокурорским столом, изучение разбираемого дела и активное участие в составлении Синодом резолюций. Потемкину поручено, при отсутствии и болезни обер-прокурора, являться к государыне с очередными докладами по делам, записывать ее указания и докладывать их Синоду. Таким образом, Екатерина в этих назначениях Мелиссино и Потемкина мыслила себя не только продолжательницей, но и углубительницей Петровского взятия под контроль всего административного аппарата церкви. Как тогда Петр Великий взял под контроль восстановленного им Монастырского Приказа всю экономику церковных земель, так и теперь Екатерина II, окончательно отобрав эти земли, переводила контроль государственной власти с экономики целиком на самую церковную администрацию, уже в ее собственной церковной сфере. Екатерину занимала теперь преимущественно другая забота той же Петровской политики: обуздание мнимо-реакционной тенденции духовенства и направление школьно-просветительной энергии последнего на содействие общему просвещению, с оттенком государственного утилитаризма. Крайние секуляризаторы и обуздатели «религиозного мракобесия» типа Мелиссино, как раз теперь нужны были Екатерине, как углубительнице Петровских реформ.
      Мелиссино счел одной из задач своей деятельности: — провести временно отложенную секуляризацию церковных имуществ и в Малой России. Там церковные имущества выросли на несколько иных бытовых и юридических основаниях. В 1766 году Мелиссино вошел в Синод с предложением: «Ее Импер. Величество избавила духовенство от мирской суеты и от того «зазрения», в каком оно находилось, поставленное в необходимость заботиться о мирских делах… Святейший Синод уже на опыте убедился в блаженстве своем под державою православной монархини. Теперь Мелиссино предлагает Синоду: «за долг звания своего принять и просить Е. И. В., чтобы она ту же матернюю свою щедроту излила и на духовный, в Малороссии живущий чин». Дело началось, но проведение его закончилось в 1786 г., и тогда только была, наконец, закрыта устаревшая Коллегия Экономии. После центральной Малороссии та же реформа проведена была во вторую очередь в 1788 г. и в так называемой Слободской Украине: область Курской, Екатеринославской, Харьковской и Воронежской губерний. При Екатерине II и в течение всего ХIХ века та же реформа без всяких трудностей проводилась ради единства государственной системы и в присоединяемых к России от Польши краях на юго-западе и в Закавказье на юго-востоке. Но здесь и там, по политическим соображениям, государственное вознаграждение в различных формах за отобранные земли было более щедрым, чем в многострадальной центральной России.
      Хотя Мелиссино и был поставлен для проведения своего рода радикальных реформ, но Екатерина не ограничила прав Синода на непосредственные сношения его с верховной властью. Еще в начале 1763 г., до назначения Мелиссино, Екатерина дала такой указ о порядке сношений Синода с нею: «Указы наши словесные принимать повелеваем: 1) от членов Св. Синода, 2) от ген. прокурора и 3) об. прокурора синодского; 4) от дежурных ген. адъютантов и 5) от правящего нашим Кабинетом». Так и было в действительности. Синод нередко делал свои доклады императрице непосредственно. Это открывало возможность Синоду бороться с предложениями обер-прокурора в случае, когда они не были просто передачей прямых приказов Верховной власти. Так обстояло дело и со внесенными Мелиссино в Св. Синод его знаменитыми «пунктами». Мелиссино предложил Синоду свои пункты, как проект наказа, который Синод должен был дать своему депутату в знаменитой Комиссии 1767 г. для проекта Нового Уложения. В состав Комиссии приглашались представители и сословий и профессий. Однако, ни духовенство, ни крестьянство, как сословия, не удостоились от либеральной Екатерины приглашения в это представительное собрание. Допущен был в него и от церкви и от духовенства только единственный депутат от правящего Синода наряду с депутатами других государственных учреждений. Это очень характерно для взглядов Екатерины в духе Петра на церковь, как на один из винтиков государственной машины. И для гарантии от всяких неожиданностей, таким депутатом от высшего управления церковью и был назначен строго проверенный митр. Димитрий Сеченов. Мелиссино вошел в Синод с предложением поспешить с составлением Наказа синодскому депутату. Для ускорения дела Мелиссино представил свой проект, но с оговоркой, что члены Синода обязаны (!), в случае отвержения того или другого пункта, представить ему надлежащее объяснение, по каким уважительным причинам они не принимают того или иного пункта. Пункты сформулированы в форме вопросов, но с мотивами и с ясной подсказкой желательных ответов. Вот эти, сами за себя говорящие пункты.
      1) Не следует ли предоставить совершенную свободу вероисповедания иностранцам, приглашаемым в Россию самим же правительством?
      2) — позволить раскольникам публично совершать свои богослужения и иметь свое духовенство.
      3) — «в рассуждении Св. Писания» ослабить и сократить посты.
      4) Кормчая Книга считается «непросвещенным народом» сборником обязательных правил. Между тем в ней много погрешностей, противоречий, прибавок. Может быть следует исправить ее?
      5) Очистить церковь от суеверий и «притворных» чудес и суеверий касательно мощей и икон. А для разбора этого дела составить особую комиссию «из разных не ослепленных предрассудками особ».
      6) В видах ослабления суеверий отменить обычай ношения образов по домам.
      7) Нечто убавить из «продолжительных церковных обрядов», «для избежания в молитве языческого многоглаголания», «отменить множества в поздние времена сочиненных стихир, канонов, тропарей и пр.», «отменить многие излишние праздничные дни; вместо вечерен и всенощных назначить краткие моления с полезными (!) поучениями народу».
      8) Прекратить содержание монахам, которые «великого кошта стоят», не принося пользы и обратить их содержание в пользу искусных священников и проповедников, из таковых же ставить и на архиерейские кафедры. Монашества не было в древней церкви.
      9) Епископам по предписанию апостола «с законными женами сожитие иметь».
      10) Разрешить духовенству ношение «более приличного платья»(!).
      11) Не благоразумнее ли совершенно отменить обычай поминовения усопших? Подобный обычай только доставляет духовенству лишний повод к различным вымогательствам.
      12) Не следует ли ослабить строгие правила о родстве и свойстве, как препятствии к заключению браков? Установить законные причины для развода «кроме прелюбодейного случая»; свободу браков с иноверцами; не воспрещать овдовевшим и четвертого брака.
      13) Воспрещать причащение младенцев до 10-тилетнего возраста.
      Характерно, что в делах Синода не осталось ни строки о каком-либо официальном рассмотрении этого сенсационного предложения обер-прокурора. Очевидно, члены Синода отложили официальное рассмотрение всего проекта, как они поступили бы в том случае, если бы «стряпчий по делам государственным» внезапно сошел с ума при исполнении своих обязанностей. Не борясь в лоб, члены Синода, конечно заготовили свой наказ депутату, совершенно свободный от правительственного влияния. В том был и замысел депутатского представительства, чтобы верховная власть могла узнать через него действительные нужды управляемых низов. А обер-прокурор был представителем не низов, а самой верховной власти. Да и фактическое право Синода в то время обходить обер-прокуроров в сношениях с верховной властью, видимо, сделало свое дело. Вскоре (24.Х.1768 г.) Мелиссино было уволен.
      Согласно обширному замыслу Екатерины II, съехалось в Москву 565 депутатов. Открылись их предварительные работы в форме многих комиссий. Через некоторое время все многолюдное собрание перенесено было из Москвы в Петербург, а после полутора годовой работы в конце 1768 года было распущено по случаю начавшейся войны с Турцией. Никаких вопросов, касавшихся церковного управления, так и не подымалось. Между прочим, Мелиссино еще в 1766 г. убедил членов Синода подписать проект разделения Синода на две части: Петербургскую и Московскую, но сама Екатерина отложила свою подпись под проектом. И это было, конечно, на пользу дела. Сдается, что у Мелиссино был умысел ослабить церковную власть по методу: «разделяй и властвуй».
      На место Мелиссино был назначен бригадир П. П. Чебышев, который резкостью своего вольномыслия даже превосходил Мелиссино. Про него известно, что он не стеснялся открыто, при толпе народа, разговаривая с кем-то, афишировать свой атеизм: «да никакого Бога нет!» — выкрикивал Чебышев. По воспоминаниям архиерейской среды он был столь злобен и груб, что когда члены Синода не соглашались с его мнением и особенно когда они уже подписывали свое решение, расходившееся с его мнением, то он, разумеется «про себя», но все-таки, чтобы было слышно, провожал каждую подпись члена Синода «гнилым словом». Сам великий Филарет повторяет это, говоря: «Чебышев при несогласии с ним членов Синода бранился гнилыми словами», — отвратительная черта русского офицерства. Чебышев вообще старался при всяком случае «во исполнение законности» нажимать на Синод. Тогда Синод энергично отбивался от наседавшего на него обер-прокурора. Вот одна из иллюстраций. В 1771 г. дьячок донес на епископа Севского (будущая Орловская епархия) Кирилла (Флоринского), ученого питомца Киевской Академии. Дьячок обличал его во взяточничестве и в позволении брать взятки и своим служащим. Для собирания этих налогов вывешено было целое расписание за подписью архиерея и консистории. Синод запросил Кирилла, и тот откровенно и утвердительно отрапортовал Синоду, что после секуляризации и введения в действие ничтожных штатов, архиереи вынуждены были сами изыскивать средства на содержание епархиального управления. Этим и объяснялось открытое расписание налогов на духовенство, при чем превышение их каралось епископской властью. И Кирилл многократно карал своих «консистористов», запрещая им: «никаких лишних и сверх пропорций труда своего, взятков, особливо с вымогательством, не брать». Еп. Кирилл, наблюдая безрезультатность своих запретов консистории, решил произвести реформу: — изъять из консистории ставленнические дела. Он учредил особую «Ставленную Контору» и ей точно определил размеры сборов: 7 руб. за священническое место, 5 руб. за дьяконское и 3 руб. 50 коп. — за посвящение в стихарь. Указано было при этом и назначение сбора этих сумм на определенные части епархиального управления. Кирилл писал в своем объяснении Синоду, что ему «казалось безгрешным» такое установление, т. к. оно «малой ценой освобождало просителей от тяжких, издревле введенных взятков, а наиболее обыкновенных по консистории». Синод, признавая действия еп. Кирилла формально противозаконными, «но уважая откровенное добровольное признание и являющее извинительные мотивы», представил на благовоззрение императрицы снисходительное отношение к Севскому архиерею, что его мера не имела в себе не только никакого корыстного интереса, а наоборот стремилась ограничить консисторское лихоимание. Обер-прокурор Чебышев признал такое решение «незаконным и нимало неприличным» и требовал иного определения «по закону». Не лишено характерности, что в данном случае член Синода, протоиерей гвардии о. Андрей Преображенский отдал свой голос Чебышеву. Синод в составе Гавриила СПБ, Иннокентия Псковского и Платона Тверского постановил, что и после нового внимательного изучения дела он не нашел ничего незаконного в своем определении и потому не изменяет его. На этот раз и протоиерей Преображенский отказался от солидарности с обер-прокурором. Чебышев с своей стороны также сделал представление императрице. Отклика на этот спор не было целый год. Лишь после вторичного доклада Синода Екатерина написала резолюцию, включив данное дело в общий вопрос о ревизии Севского воеводства: «об епископе и о воеводе Севских и прочих — произвести следствие».