Легализация православной церкви с польской точки зрения не могла не быть актом новым. Нужно было государственно демонстрировать, что прежнее революционно-захватное иерархическое возглавление православной церкви, ведущее свое начало от хиротоний патр. Феофана, есть акт nulеt nоn аvеnu. Поэтому православные депутаты, не обращаясь к нормальной православной соборности, т. е. не осведомляя епархии и приходы на местах, тут же в лоне светского собрания, в составе членов конвокационного сейма, сознательно и безотлагательно избрали на открытые кандидатуры епархиальных епископов новых лиц, вполне приемлемых для правительства. Для возглавления новой иерархии избирается человек вполне угодный польской власти. Это был игумен Киевского Богоявленского монастыря Петр Могила. Фамилия его имела и другую форму: Мовила. Но род его предпочел закрепить за собой именно данную форму: Могила. По южно-русски это значит: «курган, холм», а наша русская «могила» называется «домовына». Петр, родившийся в 1597 г., был сыном молдавского выборного воеводы или князя Симона Могилы, который, отбыв срок своей выборной службы (1606-1607 гг.), потерпел служебный крах и переселился в соседнюю Польшу, во Львов. Здесь юноша Петр прошел православную школу Львовского Братства и затем польскую Академию в Замостье. По связям его семьи с польской аристократией, Петр продолжал свое образование и заграницей, в Голландии и в Париже. Школьную латынь он усвоил в совершенстве. По своему опыту Петр убедился, что латынь открывает доступ к богатой эрудиции и стал ревностным насадителем латыни в русской православной школе вместе и со всей тогдашней педагогической системой.
      Сам Петр отбыл военную службу в польской армии и даже был участником в битве Польши с Турцией под крепостью Хотин. Но, исполнив воинский долг, Петр не увлекся военной карьерой. Он религиозно-патриотически повернул на путь иерархического служения своему родовому православию. Несомненно, однако, — в новом латино-европейском стиле. Вступление Петра М. на иерархическую дорогу происходило в атмосфере поисков православной русской аристократии путей к ослаблению напряженности религиозной войны и к достижению легализации все еще не признаваемой православной иерархии. Фигура лояльного для Польши аристократа, и даже нерусского по крови, Петра Могилы, облегчала возможность компромиссной сделки православной шляхты с правительством. Искомое соглашение понималось разно. Некоторые доходили до предположения какой-то новой унии. Молодой 30-летний П. Могила тотчас по пострижении продвигается на пост архимандрита Киево-Печерского монастыря (1627 г.). Какие-то русско-шляхетские круги хлопочут о максимальном выдвижении архим. Петра. От патриарха КП Кирилла Лукаря в 1629 г. получается пожалование П. Могилы титулом экзарха. А вокруг П. Могилы происходит брожение и поиски компромиссов. По мнению униатских историков (Амман, с. 339), лишь давление казаков помешало состояться некоему «просиноду» в Киеве. Он мыслился, как подготовительная стадия к намеченному во Львове собору для примирения русских православных с их униатствующими собратьями. Но это движение среди какого-то инициативного меньшинства так и скрылось, не выйдя из подполья. По униатскому преданию, П. Могила, идя в русле естественной для него польской лояльности, мечтал о возвышении Киевского митрополичьего трона до титула патриаршества в противовес Москве, только что этого достигшей. Униатские историки дополняют эту мечту своей собственной. Будто бы с титулом патриарха П. Могила помышлял признать возглавление и римского первосвященника. Римо-католические историки объясняют быстрое назначение королем Сигизмундом III молодого П. Могилы в 1627 г. архимандритом Киево-Печ. лавры, тотчас же по смерти знаменитого Захарии Копыстенского тем, что якобы он обещал принять унию: «quiа hiс рrоmisеrаt uniоnеm». Очевидно, это так сильно формулировано по поговорке: «желание есть отец мысли». Аристократически культурное полонофильство П. Могилы так топорно грубо понималось упрощенной серединкой польского общества. Эта же барская светская широта П. Могилы порождала, с другой стороны, и в русской православной среде тоже тревожные слухи, что новый митрополит-чужак потянет к польщине и латинству. Какие-то в этом роде пугающие слухи побудили, например, некоторых южно-русских монахов организоваться и перебежать в Московский патриархат, где им было предоставлено удобство устроиться в Дудине, в особом монастыре.
      В атмосфере таких настроений и слухов происходит смерть политического творца унии, антирусского короля Сигизмунда ІII (1632 г.). На конвокационном сейме, выбирающем нового короля, для православной среды депутатов было делом самоочевидным — получить легализацию православной иерархии и церкви путем отказа от непризнаваемой вот уже 13 лет (с 1619 г.) иерархии Феофанова поставления. И для этого — начать с возведения на Киевскую митрополию «своего» для трона человека — архимандрита Петра Могилы. Быстро последовало утверждение кандидатуры и со стороны нового короля Владислава, и со стороны КПльского патр. Кирилла Лукариса. Предстояла чувствительная операция — заставить старого митрополита Исаию Копинского сдаться и уйти на покой. Исаия не хотел сдаваться добровольно и слагать с себя звание и должность митрополита. Но, как аскет и не политический борец, фактически покорился, удалившись в монастырский затвор до своей смерти в 1640 г. Ново назначенный митрополит П. Могила, избегая остроты конфликта, не мог поехать для торжества митрополичьей хиротонии в Киев. Для хиротонии был избран Львов, куда, по-видимому, приглашались для этого земляки П. Могилы, архиереи из Валахии. Спустя некоторое время новопоставленный митрополит прибыл в Киев, где и был торжественно встречен.
      Для ликвидации духа религиозной «войны» нужно было перевоспитать кадры православного духовенства. Петр М. уделил первостепенное внимание реформе создавшейся в Киеве православной богословской школы в Богоявленском Братском монастыре. В своих настроениях радикальной переделки школьной системы, поднятия ее до уровня школ латинских, Могила решил над средним этажом школы впервые построить верхние, т. е. высшие классы богословия. Для всего этого нужно было стянуть в Киев людей ученых. Таков был, напр., Иннокентий Гизель, работавший в Вильне, но по семье бывший кальвинист немецкого языка. Он еще в молодости убежал в Киев и здесь стал православным монахом. Собрались около П. Могилы и выдающиеся учителя разных братских школ. Таковы Исаия Трофимович Козловский и Сильвестр Коссов. Петр М. хотел построить новую школу на новом основании у себя в Киево-Печерском монастыре. Но традиционные киевские круги и духовенство во главе с митрополитом Исаией Копинским испугались латинизма П. Могилы и умоляли его перенести все улучшения в Братскую Школу и поднять ее. Но властный П. Могила все-таки школу в 1631 г. открыл в Печерском монастыре. Старые киевские священники, обыватели и часть казачества заволновались. Запахло в воздухе погромом. И вот, записал позднее Сильвестр Коссов: «От неученых попов и казаков велие было негодование: на што латинское и польское училище заводите, чего дотуду не было, и спасались. Было хотели самого П. Могилу и учителей до смерти побити, едва их уговорили. Было время, как мы исповедавшись только и ждали, что вот начнут нами начинять желудки днепровских осетров, или же огнем и мечем отправлять на тот свет». Говорят, что и иезуиты, боясь подъема школы, провокаторски поддерживали слухи об ее еретичестве. В 1634 г. вскрылось, что латиняне и униаты подозревали школу в протестантизме. Даже униатский митрополит Иосиф Рутский внушил это королю. Король писал Могиле, чтобы такая школа и в Киеве и в Виннице вместе с типографиями при них были закрыты. Но П. Могила доказал правительству, что все это злостная клевета. А Сильвестр Коссов, писавший эту защиту, издал ее в 1635 г. под заглавием: «Экзегисис». В том же 1635 г. митр. И. Рутский все-таки, боясь развития православной школы, вырвал у молодого короля Владислава IV незаслуженно обидный указ: ut humаniоrа nоn ultrа diаlесtiсаm еt lоgiсаm dосеаnt. И этот закон продолжал тяготеть над Киевской школой, приобретшей вскоре имя Академии, до конца ХVII века. Запрещено было ей открыто преподавать богословие. Проходилось оно замаскировано: по тексту Св. Писания Ветхого и Нового Заветов и по творениям св. отцов.
      Во избежание излишних препятствий к развитию школы, П. Могила отложил в сторону свою амбицию и согласился новую школу, открытую им в 1631 г., соединить со старой и поместить ее на традиционном месте в Братском Богоявленском монастыре. Так с этого 1632 г. и начала свое непрерывное историческое существование будущая Киевская Духовная Академия. Пока она была открыта с именем «Коллегии».
      Твердость и рост школы П. Могила считал нужным обеспечить и с материальной стороны. Он обратил на ее содержание некоторые лаврские земельные имущества. Собирал и специальные пожертвования. Положил начало библиотеке. Первым ректором коллегии он назначил Исаию Трофимовича Козловского и префектом Сильвестра Коссова. По иезуитскому образцу разделена была школа на три яруса: низший, средний и высший, с принятыми у иезуитов наименованиями учебных предметов: фара, инфима, грамматика, синтаксема, пиитика, риторика, философия и богословие. Нормальный курс рассчитан был на 4 года низшего отделения, на 3 года среднего (риторика и философия) и на 4 года высшего богословского, всего на 11 лет. Учебные руководства и авторитеты были западные: Аристотель, богословы — Петр Ломбард и Фома Аквинат. Греческий язык преподавался слабо. Все силы уходили на полное усвоение латинского. Еще за младшее отделение школы ученики должны были усвоить латынь, как свой разговорный язык не только на уроках, но и вне классов, в своей ежедневной жизни. Кто проговаривался и произносил не латинское, а русское слово, тому на шею на ночь вешался листок с этим словом в ящичке. На другой день записывалось, что этот ящичек реrnосtаvitарud dоminum NN. А dоminus на другой день расплачивался разными наказаниями. В моде были философские и богословские диспуты на латинском языке, домашние и публичные. В дисциплине помогали школьному начальству и ученики, большей частью старшие над младшими, со специальными поручениями и латинскими титулами: визитаторы, посещавшие учеников, живших за стенами школы в семьях и в городе; сеньоры и директоры в бурсе; цензоры в церкви; авдиторы, репетировавшие слабейших. Этот внешний стиль латинских школ крепко въелся во все перенесенные затем в московскую и петербургскую Россию уставы сословных духовных школ и, постепенно ослабевая, продержался до половины ХIХ века.

      Сам Петр Могила, по духу своего воспитания западник чистой воды, считавший латинскую богословскую науку последним достижением, без которого православие обречено на безнадежную отсталость, не мог не желать, путем хорошей школы, дойти до безболезненного, свободного примирения, а, может быть, и соединения церквей. Но, как лицо ответственное и официальное, он был очень осторожен и не желал повторять коренной ошибки — введения унии насилием. Та же школьная отсталость огорчала П. Могилу и на греческом Востоке. В глазах митрополита-западника нужно было не заглядываться на греков, а обогнать их на поприще школы и богословской науки. Самим же русским остается — спешить школьно копировать и догонять Запад. Характерна дружба Мелетия (Смотрицкого) с П. Могилой в бытность последнего Печерским архимандритом. Чувствительный Мелетий уже тогда болел сомнениями: — да правы ли греки и не оправдана ли уния? И решил единолично за свой страх успокоить свою совесть в унии. Соборное осуждение Мелетия не замедлило состояться (в 1628 г.) еще до избрания П. Могилы на митрополию (1632 г.). А. П. Могила явно был обеспокоен той атмосферой соблазна, которая повисла над греческим Востоком из-за вскрывшегося (в 1633 г.) факта искреннего приятия выдающимся по учености греческим богословом, пять раз занимавшим кафедру вселенского патриарха, Кириллом (Лукарисом) кальвинистической формулы «оправдания человека одной верой». А П. Могила как раз по поставлении своем в 1632 г. был и утвержден в своем звании митрополита Кириллом Л. и еще украшен званием его экзарха. Да и сотрудники П. Могилы по созданию Киевской Коллегии, и Исаия Трофимович Козловский и Сильвестр Коссов, были питомцами римо-католической школы и толковали всю догматику, почти ничем не разнясь от латинства. В виду и греческой отсталости в науке, вся эта кипа новых киевских богословов с Петром М. во главе, решила создать катехизическое изложение православных догматов с тенденцией отмежевания от всякого протестантизма и с искренней, по их школьному закалу, римо-католической окраской во многих подробностях. Так родилась на свет вероисповедная книга «Православное Исповедание», которое в ХVIII в., по подражанию Западу, стало называться впервые «символической книгой» (libеr sуmbоliсus). Главным составителем ее был первый ректор Киевской Коллегии — Исаия Т. Козловский в постоянном контакте с митрополитом П. Могилой. Последний и собрал в 1640 г. в Киеве собор для рассмотрения и приятия этого вероизложения.