Смутное время показало почти чудо восстановления рассыпавшейся России. С другой стороны выявило и ее специфическую слабость: техническую отсталость и бесшкольность. Именно это сознание через полстолетия ярким тревожным взрывом вспыхнуло в Петре и породило его пожарно-спешную европеизацию России, особенно через создание системы школьного образования. Но и до Петра медленным, как бы вынужденным, но неудержимым ходом шло нелегкое для Москвы — создание у себя школы. Рядом возникло печатание не одних только богослужебных книг, как было до сих пор за целое столетие от начала усвоения типографского станка. К этому подгоняло и создание ранее почти не существовавшей богословской полемической и апологической литературы. Пришло время и неожиданно новых, не только обрядовых, богословских вопросов и споров.
      Еще с начала 1640-х годов, особенно после трудных прений доморощенных московских начетчиков с лютеранами по случаю сватовства датского принца Вальдемара за царевну Ирину Михайловну, родилась на Москве целая серия довольно объемистых книг. Явление новое, ранее этого момента небывалое. До сих пор печатались только книги богослужебные. В школьном и книжном деле обогнала Москву, под бичом унии, тоже долго спавшая православная Русь в Литве-Польше. Киев, после тайного восстановления в нем в 1619 г. православной иерархии, стал с его Братской Школой, со времени митр. Петра Могилы названной Академией, и центром книжного творчества. Москва, вынужденная встать с некоторым запозданием на тот же путь, естественно начала ускоренно черпать из этого родственного источника. Московские спорщики с «лютерами», Иван Наседка и протопопы Михаил Рогов и Никита, обильно черпали из южно-русских книг. Иван Наседка издал в 1642 г. сборник в 47-ми главах: «Изложение на лютеры». О. Михаил Рогов скомпилировал из южных книг сборник против латинян и против протестантов. Игумен Киевского Михайловского монастыря Нафанаил, главным образом по «Палинодии» Захарии Копыстенского, составил для московского издания так называемую «Книгу о вере». Москва в 1649 г. уже напечатала у себя так называемый «Малый Катехизис» митр. Петра Могилы под заглавием: «Собрание краткие науки об артикулах веры».
      Даже люди узкого московского кругозора, но религиозно-активные, сознали и так сказать программно вступили на путь усвоения всех книжных плодов церкви киевской. Разделяли эту программу и старый царский духовник, протопоп Стефан (Вонифатьев), и будущий вождь старообрядчества, протопоп Иван (Неронов). В 1649 г. сознана была Москвой нужда в перепечатке Острожской Библии (1581 г.) с некоторыми исправлениями ее церковно-славянского языка. Но надежных знатоков этого языка в Москве не находили. Поэтому от имени молодого царя Алексея в 1649 г. пишется обращение к Киевскому митрополиту Сильвестру (Коссову), чтобы тот командировал в Москву на некоторый срок учителей из состава Академии, сведущих в божественных писаниях и знающих греческий язык.
      Параллельно с этим государственно-церковным шагом и в согласии с ним явилось небывало новаторское просветительное предприятие. Царь и патриарх разрешили богатому боярину Ф. М. Ртищеву, как меценату, на свои средства учредить под Москвой как бы своего рода орденский ученый монастырь: Андреевский-Преображенский. Ртищев проектировал его состав в 30 человек. Монахи должны были переводить нужные книги и обучать желающих учиться грамматике, риторике, философии, греческому и латинскому языкам. Слетевшаяся на зов группа киевлян была, по-видимому, серой, заурядной. Но командированные одновременно по царскому зову киевские ученые явно были лицами отборными, незаурядными. Это были Епифаний Славинецкий, Арсений Сатановский и Дамаскин Птицкий. Эта группа соединилась с Андреевскими школьными монахами-земляками в некий академический кружок, импонировавший московскому обществу, но и возбуждавший по соревнованию вражду в среде старых грамотеев. Став патриархом, Никон поручил книжную справу киевским монахам. В Чудовом монастыре была открыта греко-латинская школа под началом Епифания Славинецкого. Он же был поставлен и начальником над справщиками Печатного Двора. Патриарх Никон в его собственные монастыри привлек тоже значительное число киевских иноков в расчете на их общежительную дисциплину. С уходом Никона протекция властей по отношению к южно руссам несколько ослабела. Чудовская школа закрылась. Рассеялось и Андреевское братство. Но православная репутация Епифания Славинецкого была лучшим свидетельством для отражения огульных подозрений всей киевской учености. Епифаний, оправдывая свое имя, был «явлением — феноменом» для москвичей кабинетного, затворнического ученого труда. При будущих русских канонизациях он, конечно, найдет себе место в числе подвижников науки. За четверть века работы в Москве (1649 — † 1676 г.) Епифаний для церковной власти был как бы живой академией православных наук. Захватившая внимание Москвы, с развитием типографской продуктивности, непрерывно идущая правка текста богослужебных книг, покорившаяся критерию печатного греческого оригинала, вся шла под надзором Епифания. Предрешенная перепечатка Острожской Библии подняла вопрос еще не под силу Москве: о новом сопоставлении его церковно-славянского текста с изданным на Западе Техtus rесерtus. И все-таки с упрощенными поправками церковно-славянского языка Библия впервые в Москве была напечатана (в 1663 г.). Епифаний к этому делу приспособил и обучил двух чудовских иноков, Евфимия и Моисея, игумена Сергия и московского иерея Никифора. Вырастала скромно целая школа научных работников по контрасту с не хотевшими ничего знать крикунами — обрядоверами. Самого Епифания церковная власть, можно сказать, «душила» грузными переводами частей Кормчей, Синтагмы Властаря и Арменопула. Епифаний оказался почти монополистом всех предисловий к книгам богослужебного обихода: к Служебнику, Часослову, Триоди, Псалтыри Следованной; а также — к полемической «Скрижали». Епифанию заказывали новые каноны, стихиры святым, похвальные слова на праздники. А для школ и для самообучения с домашними «мастерами» он писал учебники: географии, анатомии, словарь церковных слов. Евфимиев «Лексикон славяно-греко-латинский» по рукописному преданию, вероятно, закрепился в одном из печатных лексиконов ХVIII века для духовных школ. Да чтится достойно память сего подвижника кабинетного труда в церкви русской.

      Трудно было не вышколенной в богословии Москве, перенося прививку киевской школы, избежать заразы ее школьно-богословского разномыслия. До некоторой степени оправданной оказалась московская подозрительность в применении к новой волне переселенцев из пределов Белой и Малой России в связи с выходом всей левобережной Украины из федерации с Польшей и вхождением ее в федерацию с Москвой. Поток этих переселений из нового края привел в Москву тоже питомца Киевской Академии иеромонаха Симеона (Петровского-Ситиановича), бывшего учителя духовной школы у себя на родине, в Полоцке. Симеон, проходивший Академию в годы профессуры и префектуры там (1650-55 г.) Лазаря Барановича, архиепископа Черниговского (1657-92 г.), человека культурной чеканки польской, а не московской, усвоил естественно его богословское направление, пропитанное латинскими учебниками. Судьба Полоцка во время воссоединения Малой России с Москвой колебалась. Сначала Полоцк оккупировало московское войско и посетил сам царь Алексей. Тут молодой преподаватель церковной школы Симеон блеснул своим словом пред царем и подношением своих виршей. Затем Симеон в 1666 г. в составе Полоцкой депутации в Москве опять на царском приеме блеснул подношением своих стихов, казавшихся, на фоне бесшкольности, чем-то не смешным, а эффектным. После занятия Полоцка поляками Симеон прибежал Москву, уже нащупав здесь почву для своей карьеры. Москва, неудержимо повлекшаяся школьно и культурно в сторону Запада, естественно, с наибольшей легкостью впитывала в себя этот воздух западничества в близкой ей, полу-русской — полу-польской форме и дозе. Московские верхи увлекались польской обстановкой и польскими модами. В этой атмосфере Симеон Полоцкий приобрел уверенность и расцвел. Он был нужен некоторым кругам и лицам правящего класса. Естественно, Симеона ввели в число преподавателей школы, нашедшей на долгое время приют в Заиконоспасском монастыре. Тут Симеон оказался учителем нашумевшего вскоре иеромонаха Сильвестра Медведева. К придворным сферам Симеон приблизился через назначение его учителем царских детей. Известная склонность к польским модам и вкусам царевны Софьи несомненно питалась Симеоном. Бойкое услужливое перо Симеона было нужно Москве. Приближался соборный суд над патр. Никоном. Паисий Лигарид был уже в Москве. А честный и доверчивый архиеп. Черниговский Лазарь (Баранович), при проезде Паисия в Москву, рекомендовал ему своего ученика — Симеона. В Москве Симеону было поручено составить для собора 1666 г. доклад с обличением старообрядческих привязанностей к неточным, по сравнению с греческим оригиналом и вообще неправильным грамматически, богослужебным текстам. Эта услужливая работа Симеона издана затем от лица собора отдельной книгой под титулом «Жезл Правления». Но этот труд, написанный чужим для старообрядца-великоросса схоластом, с неточностями и ругательствами, едва ли не был более вреден, чем полезен. Вероятно, в результате законоучительной деятельности Симеона в царской семье, родилось его схоластическое изложение православного учения под названием «Венец Веры». Проповеди свои Симеон напечатал в двух томиках под заглавием: «Обед душевный» и «Вечеря духовная». В проповедях, схоластических по форме, Симеон выступает живым обличителем нравов и языческих суеверий не только простонародья, но и самого духовенства. Симеон призывал власти до царя включительно — ускорить размножение школ, умножить учителей и «спудеев». Тут в Новоспасском монастыре Симеону поручено было подготовлять посольских переводчиков, учить их латыни. А в Чудовом монастыре в это время учил греческому языку инок Евфимий. Но Евфимий не исключал из преподавания и латинского языка.
      Параллельная деятельность в Москве двух ученых и литературно-активных иноков Киевской Академии, одного с греческими симпатиями, а другого с латинскими, обременила Москву неожиданно сложным вопросом: как в едином православии могут быть какие-то разные школы? Но вот характерное знамение времени. Москва, не «казенная» — иерархическая, а низовая — «общественная» подала в 1667 г. свой голос. Прихожане Иоанно-Богословской церкви адресовали царю (а не архиереям) просьбу — разрешить им открыть при их церкви школу и пригласить проповедника, который регулярно поучал бы с амвона. Оказывается, тоска по живому слову с амвона была назревшей и неутоленной. При традиционном молчании московского архиерейства как бы укором прозвучал голос добровольца-проповедника с северо-восточной окраины. На вольных просторах Строгановских соляных варниц Пермского края, в частности, в г. Орлове (Вятской губ.) загорелся желанием живой проповеди один священник. До него дошли сборники проповедей Симеона Полоцкого. И вот, орловский батюшка нашел, что как старые тексты свв.-отеческих поучений, так и эти модные витийства Симеона не годятся для его паствы. Он составил и даже напечатал в 1684 г. Сборник своих, очень простых, не витиеватых поучений, назвав его евангельским словечком «Статир». Такие новые голоса в московской церкви не были, однако, голосами большинства. Последнее оставалось враждебным «живому слову», обзывало церковную проповедь «ересью» и гнало пермского оратора. Противники всякой новизны одновременно и в житейском быте и в церковном укладе не терпели школы, как некоторого опасного множителя сознательности народных масс. Не надо школ, как аппарата размножения ненужных умников. Достаточно «мастеров», обучающих кучки добровольцев. В прописях ХVII-ХVIII вв. переписывалось наставление одного из таких мастеров: «Братие, не высокомудрствуйте. Аще кто вопросит тя, веси ли философию, ты отвещай: эллинских борзостей не текох, риторских астроном не читах, ни с мудрыми философами не бывах. Философию ниже очима видех. Учуся книгам благодатного закона аще бы моея, но грешная, душа очистити от грехов».
      Борьба двух школ, эллинствующей и латинствующей, не могла не возобновиться. В Киеве, по примеру и авторитетному водительству митрополита Петра Могилы, укоренилось определенно латинствующее влияние. Углублению и усилению его автоматически содействовало пугало протестантского вольномыслия, облеченное в те же одежды единого школьного латинского языка. Учеба в православно-греческом духе уступала за отсутствием достаточного количества и качества греческих учебников. Латынь побеждала своим изобилием. Эту школьную латинизацию воплотил в себе для Москвы Симеон Полоцкий, не без ученой конкуренции и открытой полемики с ним Епифания Славинецкого. В своих Свободных устных и печатных выступлениях Симеон опирался на защиту своих царственных учеников, ограничивавших шум критики против их увлекательного учителя. Сам патр. Иоаким тактически сначала молчал и лишь с приближением конца Симеона († l680 г.) начал открыто грозить ему запрещением проповеди с амвона, называя его «Венец Веры» венком, сплетенным из западного терния, а сборник «Обед Душевный» полным душевных бед. Епифаний осуждал многое в книгах Симеона и по форме и по существу, как элементы латинизма. Он считал неправославной самую схему вероизложения у Симеона не по Никео-Цареградскому символу веры, а по символу неподлинному, лишь так называемому апостольскому. Еще более ударно Епифаний Славинецкий выступил против Симеона по вопросу, чувствительному для Москвы. Это вопрос о моменте преложения Св. Даров на литургии. Еще до Симеона в Москве поднялся этот спор, со времени воссоединения Украины (1654-55 г.). Оказалось, что хлынувшие в Москву переселенцы из западной и южной Руси судят о вопросе иначе, чем москвичи. Новоявленный в Москве в 60-тые годы Симеон, с некоторой даже ученой заносчивостью говорил и писал об этом, как об истине самоочевидной, утверждая латинское мнение о значении слов Спасителя «приимите ядите», как о моменте преложения Св. Даров. Епифаний Славинецкий защищал московский взгляд и объяснял киевское иномыслие тем, что там в последнее время читают только латинские книги. Москвичи, опираясь на Епифания, смело обвиняли «Венец Веры» С. Полоцкого, как венок, сплетенный из терновника с еретическими колючками, из «бодливого терния, на Западе прозябшего». Епифаний в 1676 г. уже умер, а Симеон, под высокой протекцией царя Федора Алексеевича (1676-1682 гг.), несмотря на «ворчание» патр. Иоакима и без его разрешения, дерзнул напечатать свои проповеди в сборниках: «Обед» и «Вечеря».
      Симеон Полоцкий, имея опору на троне, мирно умер на своем посту в 1680 г., оставив по себе ученика и продолжателя своего богословия в лице игумена Сильвестра Медведева. Сильвестр в 1665 г. был еще чиновник Тайного Приказа, т. е. просто личной канцелярии царя Алексея Михайловича. Затем встречаем Сильвестра на службе подьячего в приграничных Курске и Путивле. Уже тогда он подпал под влияние латинской школьной атмосферы. В 1672 г. мы находим его уже в Мочанской Пустыни и вскоре, в 1675 г. в полном постриге. Его монашеское имя было Симеон, но в истории он остался с своим мирским именем Сильвестра. Зная его приверженность к его учителю Симеону Полоцкому, царь Федор по смерти Симеона П. (1680 г.) назначил инока Симеона-Сильвестра «строителем», т. е. настоятелем Заиконоспасского монастыря, надолго ставшего (с ХVII по ХIХ в.) местом богословских школ в Москве.
      В Москве, как прямой ученик С. Полоцкого, он примкнул к придворным кругам царя Федора, его сестры Софьи и ее любимцев — Федора Шакловитого и кн. В. В. Голицына. Последний был увлеченным западником. И этим воспользовались иезуиты, прибывшие в Москву в составе австрийского посольства. Под покровом торгового предприятия иезуиты приобрели себе дом в Немецкой Слободе и, конечно, тайно разжигали спор о Св. Дарах.
      Сильвестр Медведев по отзывам современников был человеком более умным и даровитым, чем его учитель Симеон Полоцкий. Ревнители греческой школы боялись его влияния больше, чем С. Полоцкого. Свидетельством его эрудиции остается серьезный и, строго говоря, первый русский библиографический труд: «Оглавления книг и кто их сложил». Цитаты Сильвестра из отеческой письменности очень разнообразны. После падения его, в его библиотеке нашли 603 книги на латинском, польском, немецком языках. И только 18 книг на славянском языке. Так как замышлялся план устройства в Москве высшей школы — Академии, то все подразумевали, что во главе ее останется Сильвестр, как настоятель Заиконоспасского монастыря. Слухи о предполагаемом открытии в Москве высшей школы распространились и за польско-литовским кордоном. В Москву начали являться соискатели ученого положения. В 1681 г. явился некий белорус Ян Белободский. Сумбурность его богословских убеждений, по поручению патр. Иоакима, обследовал С. Медведев и этим укрепил свою репутацию, как авторитетный богослов. На соборном заседании, в присутствии патр. Иоакима, Сильвестр изобличил Яна Белободского в наличии у него смеси доктрин лютеранских, кальвинских, а вместе и латинских. Молва потом говорила, что Белободский, как цыган, исповедует веру той страны, где проживает. Патр. Иоаким, однако, не обольщался этой демонстрацией православности самого Сильвестра. И патриарх, конечно, не заблуждался, что Сильвестр убежденно разделял весь латинствующий стиль школы Симеона Полоцкого. Может быть, потому патр. Иоаким и не торопился с открытием Академии, что боялся отдачи ее в руки талантливого Сильвестра Медведева.
      За несколько месяцев до своей смерти, в 1682 г. царь Федор уже подписал указ об открытии Академии. С воцарением после его смерти в том же 1682 г. двух его братьев, Ивана V и Петра I, хотя бы и при соучастии их старшей сестры Софьи, протекторат польско-латинским веяниям заметно ослабел. Антилатинская Москва, под водительством патр. Иоакима заботливо сносилась с православным греческим Востоком, чтобы добыть оттуда ученых ревнителей эллинства для одоления польско-латинского засилья в Москве. Горячо на эти просьбы откликнулся очень эмоциональный борец против латинства на Востоке, Досифей, патр. Иерусалимский. Досифея уже ранее тревожило латинское засилье в Киевской Академии. Теперь Досифей вдвойне тревожился из-за латинского влияния в Москве. Он писал в Москву письма, восхваляя достоинства греческого образования пред латинским и присылал греческие книги, обличающие латинские заблуждения.
      Теперь, по смерти Епифания Славинецкого, помощником в сношениях с греками и в переводах книг, посылаемых Досифеем, верно служил Иоакиму добродетельный Чудовский инок Евфимий. Характерен отзыв умного его противника Сильвестра Медведева. Он назвал Евфимия «поборником истины, воином церковным, защитником веры». Наконец-то, в начале 1685 г., по инициативе патр. Досифея, прибыли на укрепление православного фронта в Москве ученые греки: братья Иоанникий и Софроний Лихуды. Они были родом с острова Кефалонии. То, что они были, подобно многим грекам, с Адриатического берега и западных островов, роднит их биографию в значительной степени с судьбой великого грека — Максима. Они также прошли через университеты Венеции и Падуи. Тем более был испытанным антилатинский закал Лихудов и уверенность в нем патриарха Досифея. Досадно было латинствующей стороне это ученое подкрепление православного московского фронта. Еще при проезде Лихудов через Венгрию и Польшу латиняне устроили с Лихудами несколько диспутов в напрасной надежде поколебать их авторитет. Патр. Иоаким назначил жилище ученым грекам, к великой досаде Сильвестра Медведева, в Заиконоспасском монастыре. Патриарх безотлагательно поставил Лихудов на боевую позицию, и они должны были открыть огонь против латинства. В частности — против хлебопоклонничества, т. е. прямо против Сильвестра Медведева, который тотчас после изобличения Яна Белободского открыто изложил свое хлебопоклонническое убеждение в своем трактате «Манна Хлеба Животного». Еще раньше Лихудов, инок Евфимий издал против «Манны» С. Медведева свое «Послание на подверг (т. е. в опровержение) латинского мудрования». Сильвестр М. вновь возбужденно написал в свою защиту и уже нападая на Лихудов «Книгу о манне Хлеба Животного». Позднее на суде Сильвестр заявлял, что «Манну» он писал «по указу царевны Софьи Алексеевны». Лихуды теперь уже по долгу службы написали большой трактат в защиту православного греческого понимания момента преложения Св. Даров. Тон их полемики бранчивый. Уже одно заглавие характерно: «Акос, или врачевание, противополагаемое ядовитым угрызениям змиевым». В предисловии тоже говорится, что издается Акос по указу царей и царевны Софьи и благословению патр. Иоакима. Со стороны С. Медведева пущено по рукам яростное нападение «На нововыезжих иноземцев», т. е. Лихудов. Обзываются они «новопотаенными волками» против «овец стада Христова», «бешеными собаками», «слепыми совами» и т. п. Вступился за Лихудов и кабинетный Евфимий. Его памфлет озаглавлен: «Истины Показание на псонеистовое брехание». На стороне С. Медведева собирались тоже свои приверженцы: священник Савва Долгий и диакон Афанасий. Они делали выписки из Медведевской «Манны Хлеба Животного» и распространяли по Москве. Позднее (1689 г.) на судебном допросе запротоколено, что зимой 1687—88 гг. Медведева посещало много знатных людей и купцов; вели с ним разговоры о значении установительных слов Христа. Интеллигентная Москва была взбудоражена. Сильвестр Медведев сам отписывался. Осенью 1688 г. он уже напечатал: «Известие Истинное о новом правлении книг древних и нововыезжих иноземцех и о неправом их о пресуществлении писании». Первая часть работы посвящена истории исправления русских богослужебных книг, с критическими замечаниями. 2-я часть посвящена наукообразному обоснованию понимания всего литургического комплекса слов и обрядовых жестов священнослужащего в момент освящения Св. Даров.
      Ярко пылающий местный московский пожар придал смелости патр. Иоакиму вызвать на общий «соборный» ответ всех иерархов Южной России. Тяжела была морально эта анкета для выучеников Киевской школы. Хотя и не вдруг, но все ответили в духе греческого толкования. Вероятно, навели спешные справки о мнениях афонского монашества. И пред настроением агиоритов, своих же южно руссов, мудро смирились.
      Сильвестр Медведев проиграл свою церковную карьеру. В конце 1688 г. он отчислен был от должности старшего справщика Печатного Двора. И временно держался только по инерции. В 1689 г., тотчас после семейного, династического переворота, свергнувшего царевну Софью с положения соправительницы, все активные споспешники ее власти подверглись жестокой судьбе. Кн. В. В. Голицын, хотя и явился с повинной головой к Петру, но был сослан в Каргополь (Олон. губ.), и затем в Пинегу (Архан. губ.). Глава стрелецких войск Шакловитый, после допросов и пыток, казнен. Всецело связавший судьбу с положением правительницы Софьи. Сильвестр Медведев пытался бежать, был схвачен и прежде всего выдан на церковный суд патриарху. В январе 1690 г. собор четырех епископов при патриархе, в угоду политическому обвинению лишил Сильвестра, как еретика, священного сана и присудил к пожизненному заключению в монастыре. Но через месяц, по суду государственному, Сильвестр был обезглавлен. Проф. А. А. Шляпкин думает, не без одобрения патр. Иоакима. Софья покорилась, переехала на жительство в Новодевичий монастырь, где и скончалась († l704 г.), не постригаясь в монашество, к чему ее и не понуждали. Патр. Иоаким в момент переворота, в ночь на 8-е августа 1689 г., остававшийся в Москве был командирован Софьей в Троицкую Лавру. Туда убежал Петр, за ним и мать его Наталья Кирилловна, все Нарышкины и вся приверженная к Петру группа правительственных лиц. Отправленный туда же Софьей патр. Иоаким попал в положение рыбы, утопленной в воде. Он остался с Петром и правительством. Пред ним открылась дорога смело завершить чистку Москвы от польско-латинской заразы, еще длившейся при Софье.
      1690 г. был годом оформления победы над латинским засорением Москвы. Инок Евфимий теперь подвел итог завершенных споров и ошибок школы Полоцкого и Медведева, и дал вообще опровержение латинской доктрины, проникшей в киевские издания.