Видя, что все церковные дела идут не по его воле, Иосиф к концу жизни очень скучал и говорил: «переменить меня, скинуть меня хотят; а будет де и оставят, я де и сам за сором об отставке стану бить челом». Но это была ложная мнительность. Царь Алексей М. в письме к Никону, описывая смерть п. Иосифа, возражает на эти жалобы: «а у меня и отца моего духовного (т. е. Стефана Вонифатьева) ей, на уме того не бывало. И помыслить страшно на такое дело. Прости, владыко святый, хотя бы и еретичества держался (патриарх), и тут мне как одному отставить его без вашего собору? Чаю, аще в дальнем ты расстоянии с нами грешными, едино тоже речеши, что отнюдь того не бывало, чтобы его — света отставить или ссадить с бесчестием. Ты сему помышлению нашему свидетель». У патр. Иосифа была горькая обида просто на то, что сантиментальный по природе ц. Алексей свои симпатии перенес на других духовных лиц, более ярких, в частности — на Никона. Царь и не помышлял о самоуправстве в делах церковных. Это доказывает его излишняя скрупулезность в суде над Никоном: он не дерзнул судить его без прямого участия восточных патриархов.
      Патр. Иосиф простудился 5-го апреля. В Вербное воскресенье (11.IV) ему немного полегчало. Иосиф «на злую силу ездил на осляти» и слег снова. Во вторник страстной понасиловал себя, отпевал боярыню Плещееву, соблазнился на богатую плату. В великую среду должен был совершать обряд прощения с царем и народом, но свалился окончательно и от высокой температуры впал в бред и забытье. Когда царь пришел к патриарху в Крестную Палату, то пришлось целый час ждать выхода патриарха. Он был в бессознательном состоянии. Когда его вывели, он, не узнавая царя стал благословлять дворецкого. Зазвонили к вечерне. Патриарха так била лихорадка, что царь ускорил обряд прощения. Царь поклонился в землю, а патриарх уже не мог. Царь поцеловал у патриарха туфлю; на туфлях были изображены херувимы. Позднее Никон изображал на туфлях уже благовещение. Такими увлечениями русские теряли право упрекать пап за кресты на туфлях. Во время утрени в Великий четверг патриарха соборовали, а во время обедни он скончался. Раздался похоронный звон. «Страх и ужас объяли всех», — описывает царь в письме к Никону на Соловки, — «скорбели, что патриарх оставил их в такие великие торжественные праздники». При погребении царь «надселся плачучи». Лично он относился к Иосифу с благоговением. Но другие не любили Иосифа за корыстолюбие. Сосредоточенный на мечте приобретения поместья — монастыря на помин души, Иосиф собирал большие деньги. По смерти его, кроме 15 000 рублей домовой патриаршей казны, найдено и его личной, так наз. «келейной» казны 13 400 рублей. Это на деньги конца ХIХ в. равнялось сумме около 230 000 в золотых рублях, т. е. около 460 тысяч долларов нынешних. Сверх этого найдено много золотой и серебряной посуды, тщательно запакованной в бумагу. Большею частью это были вещи бояр, занимавших у патриарха деньги под залог. Таков был обычай, при отсутствии узаконенных ломбардов и банков, вверять ценности епископам и архимандритам богатых монастырей. Царь самолично составлял опись имущества. Очевидно, опасался, что закладные ценности могли быть расхищены. Духовенство было озлоблено на патриарха за то, что он всех ставленников из чужих епархий требовал являться в Москву. Здесь они посвящались, получали «перехожие грамоты» (переводы с места на место) и здесь оставляли от 6 до 15 рублей в Патриаршем Приказе. Царю пришлось понуждать духовенство, чтобы попеременно читать над гробом. Даже слуг патриарших нужно было задабривать — всем немедленно раздать не менее, чем по 10-ти рублей. Жаловались, что патриарх у них сильно сократил жалованье, сделал их «в конец бедными». Нелюбовь к Иосифу расчищала дорогу к лучшим ожиданиям от его будущего заместителя. Его лицо не оставляло сомнений. Это был любимец царя, архимандрит Никон.

      Кратковременное шестилетнее правление Никона оказалось чреватым катастрофическими последствиями.
      Никон родился 24.V. 1605 г. в крестьянской семье села Вельдеманова, Княгининского уезда Нижегородской области. Отец носил имя Мины, будущий Никон крещен Никитой. Стало быть, прозывался в миру Никитой Миничем. Его старшим современником был его известный земляк Кузьма Минич Сухорукий. Никита был высокого роста, крепкого богатырского сложения, с колоритным лицом и выразительными глазами. В просторечии был мужчина «ражий». Впоследствии его патриаршие одежды были тоже богатырские. Саккос Никона весил четыре пуда, омофор около полутора пудов. Никон служил в них и ходил в далекие крестные ходы. Все в нем было богатырское. Этот силач сам мог много вынести, многого требовал и от других. Отсюда его жесткая административная рука. Сама жизнь его ожесточила с детства. Он вырастал под рукой лихой мачехи. Она ненавидела его, била и чуть не уморила. Никита еще мальчиком убежал из дома в Макарьевский Желтоводский монастырь (Костромской губернии). Здесь он подвизался в добровольном подвиге монастырских служб и чтения книг. Отец умолял Никиту вернуться домой. В предвидении близкой смерти отца, Никита вернулся уже взрослым на 20-м году. Схоронив отца, он по уговору родных женился и сделался сначала дьячком, а затем и священником. В селе Лыскове, ныне городе Нижегородского края, близ Волги, Никита славился как священник. Против Лыскова на другом левом берегу Волги стоял монастырь строения того же Макария и возле него выросло селение Макарьево, впоследствии город, ставший центром раскидывавшейся здесь Макарьевской ярмарки, передвинувшейся затем в Нижний. Съезжавшиеся сюда московские купцы не могли не разузнать здесь о ставшим знаменитостью местном священнике Никите. Они зазвали Никиту переехать в Москву. Никита переселяется в столицу и здесь протекают мирно 10 лет его семейной приходской жизни. Вдруг все его три сына умирают; Никита потрясен и видит в этом знамение Божие, призыв «уйти из мира». Он сговаривается с женой, что она пострижется тут же в Московском Алексеевском Кремлевском монастыре, а сам он уезжает на Соловки в строгий Анзерский скит под начало старца Елеазара. Здесь на 31-м году своей жизни он постригается с именем Никона. Бремя подвига берет на себя богатырское. Кроме общего келейного правила, Никон ежедневно прочитывал всю Псалтырь и клал по 1.000 земных поклонов. Тут он прочитал много святоотеческих творений и другой церковной письменности. Жизнь была строго одинокая. Иноки сходились только по субботам и воскресеньям. Никон приобрел способность видений. Видения продолжались у него и в последующей жизни. По словам его жизнеописателя и келейника Шушерина, в это Соловецкое время «диавол велию брань нача воздымати на Никона: бесы давляху его и другие пакости деяху». Никон еще более прибавил себе молитвенных подвигов. Но избыток сил, очевидно, требовал какого-то подвига не затворнического, а деятельного, практического. Мудрый Елеазар взял Никона с собой в деловую поездку в Москву, как умного советника.
      В Москве Никон представлялся вместе с Елеазаром царю Михаилу Федоровичу. Вернулись они оба к себе с деньгами для построения каменного храма. Никон торопил с постройкой, а Елеазар оттягивал, считал это излишней роскошью. Никон не вынес ссоры и убежал. В небольшой лодке с мужиком-помором он пустился в путь на берег материка. Но в буре они едва не погибли. Спаслись, пристав к острову Кию, около устья Онеги. В 15-ти верстах от города Онеги впоследствии Никон в память этого спасения выстроил тут свой личный монастырь — Крестный. Из устья Онеги Никон прошел пешком 120 верст в Кожеезерскую обитель на острове Коже, Каргопольского уезда. Здесь по благословению настоятеля Никон опять начал подвиги уединения. Через три года по смерти настоятеля монахи избрали Никона игуменом и послали его на поставление в Новгород (1643 г.). В 1648 году Никон по делам монастыря прибыл в Москву. Молодой царь Алексей при первой же встрече возжелал иметь Никона на Москве. Никон его очаровал. Царь чтил Елеазара, ибо, по словам отца своего Михаила Федоровича, и самым рождением своим царь Алексей обязан был молитвам этого старца. Царь Алексей Михайлович не отпустил Никона из Москвы. Сделал его архимандритом Ново-Спасского монастыря, который был родовым монастырем-усыпальницей Романовых. Таким образом, Никон стал как бы домовым царским священником. Новый архимандрит обстроил, украсил монастырь и завел в нем строгие порядки. Царь зачастил в монастырь, а Никон — к царю. Тотчас к новому любимицу царя потекли челобитные. Он оказывал протекцию и тем приобретал популярность. Царь велел Никону являться к нему каждую пятницу к заутрени во дворцовую церковь. Тут докладывались царю челобитные и шли беседы с царем о всяких делах. К Никону не только «валил народ», но потянулись и бояре. Почуяли его силу и «князья церкви», протопопы Стефан Вонифатьев и Иван Неронов. Никону явно открывалась дорога на самый высокий пост. Через три года, в 1649 г., царь продвинул его на митрополию Великого Новгорода. Царь дал новому митрополиту особые полномочия как, может быть, в целях умиротворения Новгорода, так, вероятно, и по внушению самого Никона, который имел чрезвычайно высокие представления о превосходстве власти церковной над государственной. 1649 г. был годом составления нового гражданского «Уложения». В нем проведена была тенденция к секуляризации церковных имуществ и ограничению автономных привилегий судебного ведомства церкви. Это усиление государственного веса над бытовыми церковными привилегиями ощущалось, как обида, всем епископатом. Но один Никон готов был противопоставить этому факту не только обиду, но и целое богословие. С этого момента пред Никоном обрисовывается главнейшая цель его церковного служения: — это победа над светским, боярским, государственным мировоззрением, казавшимся Никону нечестивым и не церковным, во имя православного церковного и канонического (как казалось Никону) преобладания Церкви над государством. Он хотел это выявить в своем Новгородском правлении. Ему царь дал сразу привилегию, или изъятие из только что созданного «Уложением» нового статута. По «Уложению» весь гражданский суд над людьми церковного ведомства и все наблюдение за церковной экономикой подлежало ведению ново созданного государственного «Монастырского Приказа». Никону дано было право судить все население церковных земель своей митрополии по-прежнему своим церковным судом. Мало того, ему было дано исключительное право высшего надзора в новгородской области даже и над самым судом государственным. Он ходил по тюрьмам и контролировал светское судопроизводство. В то время как новгородским дьякам было строго запрещено вмешиваться в дела митрополичьи. В народе это Никону прибавляло популярности. Денежные средства кафедры Никон широко тратил на благотворительность. Он устроил четыре богадельни. Во время голода кормил триста человек ежедневно и учредил для неимущих погребальную палату. Во время народного бунта 1650 г. он вел себя мужественно. Дал сбежавшему воеводе Хилкову укрыться в его палатах и грудью выступил против бунтовщиков, ворвавшихся к нему.. Потерпел от них избиение и имел силы пойти на другую сторону Волхова служить там литургию, а после нее увещевать бунтовщиков и упорных — анафематствовать. Когда для усмирения бунта подошли московские войска князя Хованского и смяли новгородцев, тогда бунтовщики вместе с женами повалились в ноги к тому же Никону. И он ходатайствовал о прощении их. Этот великодушный акт покорил Никону сердца новгородцев и, разумеется, возбудил признательность и царя и правительства. Никон не раз приглашался в Москву царем и не переставал его радовать своими достижениями в сфере церковного благоустройства. Никон не задумываясь упразднил в Новгороде безобразие многоголосия и ввел единогласие. Уничтожил старое «храмовое» пение («согрешихомо, беззаконовахомо, неправдовахомо…») и завел пение гармоническое, трехголосное по киевскому образцу. Привлекал этим пением новгородцев и удивлял самую Москву, привозя певчих с собой. Царь любовался своим любимцем и с гордостью показывал его и иностранным гостям, как, напр. Иерусалимскому патриарху Паисию, который восхищался Никоном, и после своих бесед в свою очередь хвалил Никона, как мудрого советника царю Алексею. Царь в переписке с Никоном наделял его самыми восторженными комплиментами: «Избранный и крепкостоятельный пастырь, наставник душ и телес, возлюбленный любимец и содружебник, солнце, светящее во всей вселенной, особенный («собинный») друг душевный и телесный».
      Никон развивал любовь к себе царя не только по личным мотивам, но и в целях своей церковной идеологии, в целях достижения действительной покорности светской власти церковной, в целях достижения восточной теократии, как ее понимал Никон по своему начетничеству. При открытии мощей Саввы Сторожевского, Звенигородского чудотворца, Никон внушил царю перенести в Московский Успенский собор мощи трех святителей московских — мучеников за христианскую правду и за свое отечество, но неправедно гонимых государственной властью, а именно: митрополита Филиппа II и патриархов Иова и Ермогена. Проект был принят и осуществлен еще при патр. Иосифе. В частности, за более далекими мощами митр. Филиппа, в Соловки, в начале 1652 г. царь отправил самого новгородского митрополита Никона. И вот характерно содержание той покаянной грамоты, которую повез Никон от лица царя Алексея для прочтения в Соловках перед гробом священномученика Филиппа. Текст грамоты явно продиктован был Никоном и смирял царскую власть пред церковной. Царь обращается к митр. Филиппу, как к живому: «Ничто столько не печалит души моей, пресвятой владыко, как то, что ты не находишься в нашем богохранимом царствующем граде Москве, во святой соборной церкви Успения Пресв. Богородицы, вместе с бывшими до тебя и по тебе святителями, чтобы ради ваших совокупных молитв, всегда неподвижной пребывала св. соборная и апостольская церковь и вера Христова, которою спасаемся. Молю тебя, приди сюда и разреши согрешение прадеда нашего, царя и великого князя Иоанна, совершенное против тебя нерассудно, завистию и несдержанною яростию. Хотя я и неповинен в досаждении тебе, но гроб прадеда приводит меня в жалость, что ты со времени изгнания твоего и доселе пребываешь вдали от твоей святительской паствы. Преклоняю пред тобою сан мой царскийза согрешившего против тебя, да отпустишь ему согрешение его своим к нам пришествием, и да упразднится поношение, которое лежит на нем за изгнание тебя. Молю тебя о сем, о священная глава, и преклоняю честь моего царствапред твоими честными мощами, повергаю на умоление тебя всю мою власть…»
      За время поездки Никона в Соловки в Москве схоронили патр. Иосифа. Формальными кандидатами на патриаршество были митр. Ростовский Варлаам, Антоний, епископ Углицкий и, конечно, Никон. Члены передового московского кружка, к которому принадлежал и Никон, называли кандидатом и Стефана Вонифатьева, но тот благоразумно и решительно отказался, указывая на Никона, как на единственно угодного царю. Старые друзья даже мечтали, что Никон будет выдвигать их. Но Никон слишком полон был большими принципиальными замыслами возвышения церковной власти, что не мог удержаться на неподвижной позиции этих как-никак московских «провинциалов». Он решительно примыкал к большой государственной мысли царя Алексея о превращении русского царства во вселенское, нео-«цареградское», и решительно был занят своей программой максимум о возвышении церкви над царством. Поэтому неизбежно он высоко вознесся над своими бывшими друзьями, и как бы обидно забыл их в своих диктаторских планах. Никон, после соборного обычного избрания его, долго не соглашался принять патриаршество, не ради пустой церемонии. По его убеждению, он должен был совершить исключительной важности подвиг освобождения церкви от государства и возвышения ее над государством, а для этого он должен был получить и исключительные полномочия. Царь с духовенством и боярами, в Успенском соборе, на коленях и со слезами умоляли Никона. И тот, в свою очередь тоже со слезами и волнением, требовал от них исключительных обещаний и клятв. «Если вам угодно, говорил Никон, чтобы я был патриархом, произнесите обет в этой соборной церкви…, что вы будете содержать евангельские догматы и соблюдать правила св. Апостолов и св. отец и законы благочестивых царей. Если обещаетесь слушать и меня, как вашего главного архипастыря и отца во всем, что буду возвещать вам о догматах Божиих и о правилах, если дадите мне устроить церковь, то я по вашему желанию и прошению не стану более отрекаться от великого архиерейства». И такое обещание царь и собор Никону дали. Это было 22 июля 1653 г. Никон был еще в расцвете своих сил. Ему было только 47 лет. Вероятно, давшие обещание догадывались, о каком устроении церкви Никон главным образом будет радеть: что он будет бороться с тенденциями Уложения 1649 года. Никон, став патриархом, признавался, что, как архимандрит, он в свое время вынужден был подписать Уложение неохотно и в душе затаил протест. Позднее писал он: «я постоянно просил царя об этой проклятой книге, чтобы миряне духовных не судили. Но кроме уничижения ничего не получал».
      В чем же состояла суть реформы Уложения 1649 года? Уложение — предтеча будущей земельной секуляризации 1764 г. Но оно еще не коснулось самой земледельческой базы церкви. Самые земли, как источник кормления, еще остались в руках архиереев и монастырей нетронутыми. Взята генерально в руки светской власти только чисто государственная по своей природе судебная функция над народонаселением церковных поместий и частично функция административная. Было что-то противоестественное, в духе азиатских теократий, в том, что не государство, а сами церковные власти «судили и рядили» свое население по всем гражданским тяжбам и преступлениям. Иерархия еще не могла постигнуть всей уродливости этого архаического права. Правда, категория дел специфически уголовных, насильнических (кража, разбой, убийство) была искони в руках тиунов и бояр государственных. Но по всем остальным цивильным делам архиереи и монастыри судили и рядили своихлюдей сами. Т. е.,кроме духовенства и монашества, что само собой разумеется, церковные власти судили и все мирское населениеих поместий. Штрафовали и сажали виновных в свои тюрьмы и организовали для арестантов принудительные трудовые повинности.
      Это право на чисто государственную функцию суда и администрации было явным пережитком старой удельной эпохи, когда княжества и земли «согосударствовали» с центральным правительством. Создавая единодержавие, Москва ревниво забирала в свои руки и власть, и администрацию, и финансы. Новые мелкопоместные служилые категории за свое земельное «испомещение» несли общее государственное тягло натурой и денежным обложением, не претендуя на независимость от центральной власти. Разумеется, наряду со всеми служилыми людьми и церковные землевладельцы несли государственное тягло, платя и денежное обложение в царскую казну, и натуральные повинности, и военно-мобилизационные («конен, люден и оружен»). Но все-таки государство имело нужду для расплаты со все возраставшим служилым классом в еще большем запасе земель. И потому манило церковное население разными льготами, чтобы оно само тянуло к землям государственным. Нужно было чем-то вырвать население у церковных властей даже частично, не снимая с земли. Это был метод так называемых «тарханных» и «несудимых» грамот. Тюрко-татарский термин «тархан» значит свободный привилегированный человек. По таким грамотам церкви, монастыри с их духовенством, братией, слугами и крестьянами уходили из ведомства церкви в ведение суда и управления государственного. К ХVII веку для этих дел создался даже особый государственный «Приказ Большого Дворца». Вопреки жалобам еще Стоглавого Собора 1551 г., процесс бегства из ведомства церкви продолжал расти. Но чисто духовные дела (брачные, семейные, по духовным завещаниям), конечно, по-прежнему оставались в ведомстве суда чисто духовного на тех же территориях. В начале ХVII столетия судебные дела церковных людей составили в Приказе Большого Дворца даже особый отдел под названием «Монастырский Приказ».
      Дальнейшее и окончательное завершение процесса огосударствления всего суда и администрации проведено было Уложением 1649 г. То, что прежде достигалось частичными урывками через тарханные и несудимые грамоты, теперь полностью передано было государству. И этот блок дел во всем его разросшемся объеме, став делом государственным, сосредоточился в том же светском судебном учреждении, но сохранившем свое устаревшее название «Монастырского Приказа». Кончились привилегии духовенства и церковного населения по делам гражданским. Вся эта «монастырская» (по старой терминологии) масса дел стала светской, государственной. Кончилась и пестрая путаница разных «несудимых» грамот. Все они отменены и перекрыты общей системой равного государственного права.