Новый король занял престол в возрасте тридцати лет. Он любил развлечения, был фриволен и беспринципен, но хорошо сознавал силу парламента и решил не вступать с ним в конфликты.

В годы его правления нация была втянута в бесславную войну с Голландией. Моряки дрались храбро, сумели одержать несколько побед, особенно в начале войны, но в 1667 году голландский флот уничтожил несколько английских кораблей и некоторое время блокировал устье Темзы. Вскоре после этого пришлось заключить мир с Голландией.

В 1670 году Карл II заключил тайный Дуврский договор с Людовиком XIV, королем Франции. По этому соглашению Карл обещал объявить себя католиком, когда появятся благоприятные к тому возможности, взамен на что Людовик обещал ему денежное вознаграждение и вооруженную помощь.

Результатом Дуврского договора была новая война против Голландии, которая не принесла Англии славы. Герцог Йорк публично принял католичество. Поскольку у Карла не было детей, а герцог Йорк был ближайшим наследником трона, этот его шаг вызвал подозрение в отношении католиков.

Парламентом был выдвинут на рассмотрение «Билль об отлучении», в соответствии с которым предполагалось законодательно запретить герцогу Йорку наследование из-за того, что он являлся католиком. Но принятию этого Билля противодействовали король и его партия, и в конце концов он был отвергнут.

Примерно в этот период вошли в оборот прозвища виги и тори, обозначавшие английские политические партии. Виги — было прозвищем ковенантов из юго-западной Шотландии. Теперь этот термин употреблялся расширительно — по отношению к тем, кто хотел отлучить герцога Йорка от трона. Другое прозвание — тори — первоначально относилось к грабителям, действовавшим в районах болот в Ирландии, а теперь оно стало обозначать тех, кто поддерживал короля.

Карл был готов пойти навстречу всем требованиям парламента, кроме одного — отлучения герцога Йорка. Раскрытие заговора, организованного некоторыми экстремистами-виги с целью убийства короля, очень помогло ему. Ведущие оппоненты Карла, не имевшие никакого отношения к заговору, предстали перед судом. Некоторые из них были казнены, включая знаменитых лорда Уильяма Рассела и Алджернона Сидни. Остальным удалось бежать на континент.

В течение последних четырех лет своей жизни перед смертью, случившейся в 1685 году, Карл не созывал парламент, получая от короля Франции деньги, позволявшие обходиться без законодателей.