Первые три Евангелиста не совсем ясно говорят нам о пребывании Господа в Иерусалиме, подробно повествуют они только о той Пасхе, перед которой Он пострадал. Лишь св. Иоанн рассказывает нам с достаточными подробностями о каждом посещении Господом Иерусалима на Пасху в течении всех трех лет Его общественного служения, а также о посещениях Им Иерусалима на некоторые другие праздники. Вполне естественно для Господа было появляться в Иерусалиме на все большие праздники, так как там была сосредоточена духовная жизнь всего иудейского народа, в эти дни там собирались люди со всей Палестины, а также и из других стран, и именно там было важно Господу явить Себя как Мессию.
      Описываемое в начале Евангелия от Иоанна изгнание торгующих из храма отличается от подобного же события, о котором повествуют три первые Евангелиста. Первое изгнание произошло в начале общественного служения Господа, а последнее (поскольку, на самом деле, их могло быть и несколько) в самом конце Его общественного служения, перед четвертой Пасхой.
      Из Капернаума, как видно дальше, Господь в сопровождении Своих учеников пошел в Иерусалим, но уже не просто по обязанности перед законом, а чтобы творить волю Пославшего Его, чтобы продолжать начатое в Галилее дело Мессианского служения. На празднике Пасхи в Иерусалиме собиралось до двух миллионов евреев, которые были обязаны заклать пасхальных агнцев и принести в храм жертвы Богу. По свидетельству Иосифа Флавия, в 63-м году по Р. Х. в день еврейской Пасхи было отдано на заклание священниками 256 500 пасхальных агнцев, не считая мелкого скота и птиц. С целью наибольшего удобства продажи всего этого множества животных, евреи превратили так называемый «двор язычников» в базарную площадь: согнали туда жертвенный скот, поставили клетки с птицами, устроили лавки для продажи всего необходимого при жертвоприношениях и открыли разменные кассы. В обращении в то время были римские монеты, а закон требовал, чтобы подати в храм уплачивались еврейскими циклями. Приходившим на Пасху евреям приходилось менять свои деньги, и размен этот приносил большой доход меновщикам. Стремясь к наживе, евреи торговали в храмовом дворе и другими предметами, не имевшими никакого отношения к жертвоприношению, например, волами. Сами первосвященники занимались разведением голубей для продажи их по высоким ценам.
      Господь, сделав бич из веревок, которыми, вероятно, привязывали животных, выгнал из храма овец и волов, рассыпал деньги меновщиков, столы их опрокинул, и, подойдя к продавцам голубей, сказал: «Возьмите это отсюда, и дома Отца Моего не делайте домом торговли». Таким образом, называя Бога Своим Отцом, Иисус впервые всенародно объявил Себя Сыном Божиим. Никто не осмелился сопротивляться Божественной власти, с которой Он творил это, так как, очевидно, свидетельство Иоанна о Нем, как о Мессии, уже дошло до Иерусалима, да, видно, и совесть у продавцов заговорила. Только когда дошел Он до голубей, затронув тем самым интересы самих первосвященников, Ему заметили: «Каким знамением докажешь Ты нам, что имеешь власть так поступать?»На это Господь ответил: «Разрушьте храм сей, и Я в три дня воздвигну его». Причем, как поясняет далее Евангелист, Христос имел в виду «храм Тела Своего»,  то есть этим Он хотел сказать иудеям: Вы просите знамения, — оно будет дано вам, но не теперь: когда вы разрушите храм Тела Моего, Я в три дня воздвигну его, и это послужит вам знамением той власти, которой Я творю это.
      Первосвященники не поняли, что этими словами Иисус предсказал Свою смерть, разрушение тела Своего и Свое воскресение из мертвых на третий день. Они поняли Его слова буквально, отнеся их к Иерусалимскому храму, и старались восстановить против Него народ.
      Между тем греческий глагол «эгэр о», переведенный славянским «воздвигну», означает собственно «разбужу», и этот глагол никак нельзя отнести к разрушению здания, он гораздо больше подходит к понятию тела, погруженного в сон. Естественно, Господь говорил о Своем Теле как о храме, ибо в нем вместилось Его Божество; и находясь в храме-здании, Господу Иисусу Христу особенно естественно было говорить о Своем Теле, как о храме. И каждый раз, когда фарисеи требовали от Господа какого-нибудь знамения, Он отвечал, что не будет им никакого другого знамения кроме того, которое Он называл знамением Ионы-пророка — восстания после трехдневного погребения. В виду этого, слова Господа, обращенные к иудеям, можно понимать так: не довольно ли с вас осквернять рукотворный дом Отца Моего, делая его домом торговли? Ваша злоба ведет вас к тому, чтобы распять и умертвить тело Мое; совершите же это, и тогда вы увидите такое знамение, которое поразит ужасом всех врагов моих, — умерщвленное и погребенное тело Мое воздвигну Я в три дня.
      Иудеи, однако, ухватились за внешний смысл слов Христа и попытались сделать их нелепыми и неисполнимыми. Они указывали на то, что храм этот, гордость иудеев, строился 46 лет, и как же можно восстановить его в три дня? Речь здесь идет о возобновлении строительства храма Иродом. Строительство храма, было начато в 734-м году от основания Рима, то есть за 15 лет до Рождества Христова, а 46-й год приходится на 780-й год от о. Р., то есть на год первой евангельской Пасхи. Даже сами ученики Господа поняли смысл слов Его лишь тогда, когда Господь воскрес из мертвых и «отверз им ум к разумению писания».
      Далее Евангелист говорит, что в продолжении праздника Пасхи Господь творил чудеса, видя которые, многие уверовали в Него, но «Сам Иисус не вверял Себя им», то есть не полагался на них, на их веру, поскольку вера, основанная на одних чудесах, не согретая любовью к Христу, не может считаться прочной. Господь «знал всех» как всемогущий Бог, «знал, что в человеке» — что сокрыто в глубине души каждого, а потому не доверял словам тех, кто, видя Его чудо, исповедовал Ему свою веру.

      Изгнание торгующих из храма и чудеса, совершенные Господом в Иерусалиме, так сильно подействовали на иудеев, что даже один из «князей» или начальников иудейских, член синедриона (см. Иоан. 7:50) Никодим пришел к Иисусу. Пришел он ночью, очевидно, он очень хотел услышать Его учение, но опасался навлечь на себя злобу своих товарищей, враждебно настроенных по отношению к Господу. Никодим называет Господа «Равви», то есть учителем, тем самым признавая за Ним право учительства, которое, по воззрению книжников и фарисеев, не мог иметь Иисус, не окончив раввинской школы. И это уже показывает расположение Никодима к Господу. Далее он называет Иисуса «учителем, пришедшим от Бога», признавая, что Он творит чудеса с присущей Ему Божественной силой. Никодим говорит не только от своего имени, но и от имени всех иудеев, уверовавших в Господа, а может быть, даже от имени и некоторых членов синедриона, хотя, конечно, в основной массе эти люди были враждебно настроены к Господу.
      Вся дальнейшая беседа замечательна тем, что она направлена на поражение ложных фантастических воззрений фарисейства на Царство Божие и условий вступления человека в это Царство. Беседа эта разделяется на три части: Духовное возрождение как основное требование для входа в Царство Божие; Искупление человечества крестными страданиями Сына Божия, без чего невозможно было бы наследование людьми Царства Божия; Сущность суда над людьми, не уверовавшими в Сына Божия.
      Тип фарисея в то время был олицетворением самого узкого и фанатического национального партикуляризма: они считали себя совершенно отличными от всех остальных людей. Фарисей считал, будто уже только по одному тому, что он иудей и, тем более фарисей, он есть непременный и достойнейший член славного Царства Мессии. Сам же Мессия, по воззрению фарисеев, должен быть подобным им иудеем, который освободит всех иудеев от чужеземного ига и создаст всемирное царство, в котором они, иудеи, займут господствующее положение. Никодим, разделявший, очевидно, эти общие для фарисеев воззрения, в глубине души, возможно, чувствовал ложность их, и потому пришел к Иисусу, о замечательной личности Которого распространилось так много слухов, узнать, не Он ли тот ожидаемый Мессия? И потому он сам решил пойти к Господу, чтобы удостовериться в этом. Господь же с первых слов начинает свою беседу с того, что рушит эти ложные фарисейские притязания на избранность: «Истинно, истинно говорю тебе: если кто не родится свыше, не может увидеть Царствия Божия». Или, другими словами, недостаточно быть иудеем по рождению, нужно полное нравственное перерождение, которое дается человеку свыше, от Бога, и надо как бы заново родиться, стать новою тварью (в чем и состоит сущность христианства). Так как фарисеи представляли себе Царство Мессии царством физическим, земным, то нет ничего удивительного в том, что Никодим понял эти слова Господа тоже в физическом смысле, то есть что для входа в Царство Мессии необходимо вторичное плотское рождение, и высказал свое недоумение, подчеркивая нелепость этого требования: «Как может человек родиться, будучи стар? Неужели может он в другой раз войти в утробу матери своей и родиться?»Тогда Иисус объясняет, что речь идет не о плотском рождении, а об особом духовном рождении, которое отличается от плотского как причинами, так и плодами.
      Это — рождение «от воды и Духа». Вода — средство или орудие, а Дух Святой — Сила, производящая новое рождение, и Виновник нового бытия: «Если кто не родится от воды и Духа, не может войти в Царствие Божие». «Рожденное от плоти есть плоть», — когда человек рождается от земных родителей, то наследует от них первородный грех Адама, гнездящийся во плоти, мыслит сам по плотски и угождает своим плотским страстям и похотям. Эти недостатки плотского рождения можно исправить рождением духовным: «Рожденное от Духа есть дух». Тот, кто принял возрождение от Духа, тот сам вступает в жизнь духовную, возвышающуюся над всем плотским и чувственным. Видя, что Никодим все же не понимает, Господь начинает объяснять ему, в чем именно состоит это рождение от Духа, сравнивая способ этого рождения с ветром: «Дух[в данном случае Господь подразумевает под духомветер] дышит, где хочет, и голос его слышишь, а не знаешь, откуда приходит и куда уходит: так бывает со всяким, рожденным от Духа». Иными словами, в духовном возрождении человеку доступна наблюдению только перемена, которая происходит в нем самом, но возрождающая сила и способ, которым она действует, а также пути, по которым она приходит, — все это для человека таинственно и неуловимо. Также мы чувствуем на себе действие ветра: слышим «голос его», но не видим и не знаем, откуда приходит он и куда несется, столь свободный в своем стремлении и ничуть на зависящий от нашей воли. Подобно этому и действие Духа Божия, нас возрождающего: очевидно и ощущаемо, но таинственно и необъяснимо.
      Однако, Никодим продолжает оставаться в непонимании, и в следующем его вопросе «Как это может быть?»выражены и недоверие к словам Иисуса и фарисейская гордыня с претензией все понять и все объяснить. Это-то фарисейское высокомудрствование и поражает в Своем ответе Господь с такой силой, что Никодим не смеет потом уже ничего возражать и в своем нравственном самоуничижении мало-помалу начинает подготавливать в своем сердце почву, на которой Господь сеет потом семена Своего спасительного учения: «Ты — учитель Израилев, и этого ли не знаешь?»Этими словами Господь обличает не столько самого Никодима, сколько все высокомерное фарисейское учительство, которое, взяв ключ от понимания тайн Царства Божия, ни само не входило в него, ни других не допускало войти. Как же было фарисеям не знать учения о необходимости духовного возрождения, когда в Ветхом Завете так часто встречалась мысль о необходимости обновления человека, о даровании ему Богом сердца плотного вместо каменного (Иезек. 36:26). Ведь и царь Давид молился: «Сердце чистое сотвори во мне, Боже, и дух правый обнови внутри меня»(Псал. 50:12).
      Переходя к откровению высших тайн о Себе и о Царстве Своем, Господь в виде вступления замечает Никодиму, что в противоположность фарисейскому учительству, Он Сам и ученики Его возвещают новое учение, которое основывается непосредственно на знании и созерцании истины: «Мы говорим о том, что знаем, и свидетельствуем о том, что видели, а вы свидетельства Нашего не принимаете», — то есть вы, фарисеи — мнимые учителя Израилевы.
      Далее, в словах: «Если Я сказал вам о земном, и вы не верите, — как поверите, если буду говорить вам о небесном?» — под земнымГосподь подразумевает учение о необходимости возрождения, так как и потребность возрождения, и его последствия происходят в человеке и познаются его внутренним опытом. А говоря о небесном, Иисус имел в виду возвышенные тайны Божества, которые выше всякого человеческого наблюдения и познания: О предвечном совете Троичного Бога, о принятии на Себя Сыном Божиим искупительного подвига для спасения людей, о сочетании в этом подвиге Божественной любви с Божественным правосудием. Что совершается в человеке и с человеком, об этом, может быть, знает отчасти сам человек. Но кто из людей может взойти на небо и проникнуть в таинственную область Божественной жизни? Никто, кроме Сына Человеческого, Который и сойдя на землю, не покинул небес: «Никто не восходил на небо, как только сошедший с небес Сын Человеческий, сущий на небесах». Этими словами Господь открывает тайну Своего воплощения, убеждает его в том, что Он — больше, чем обыкновенный посланник Божий, подобный ветхозаветным пророкам, каким считает Его Никодим, что Его явление на земле в образе Сына Человеческого есть схождение от высшего состояния в низшее, уничиженное, потому что Его истинное, вечное бытие не на земле, а на небе.
      Затем Господь открывает Никодиму тайну Своего искупительного подвига: «И как Моисей вознес змию в пустыне, так должно вознесену быть Сыну Человеческому». Почему Сын Человеческий для спасения человечества должен быть вознесен на крест? Это и есть именно то небесное, чего нельзя постигнуть земной мыслью. Как на прообраз Своего крестного подвига Господь указывает на медного змия, вознесенного Моисеем в пустыне. Моисей воздвиг перед израильтянами медного змия, чтобы они, поражаемые змеями, получали исцеление, взирая на этого змия. Так и весь род человеческий, пораженный язвой греха, живущего во плоти, получает исцеление, с верою взирая на Христа, пришедшего в подобии плоти греха (Рим. 8:3). В основе крестного подвига Сына Божия лежит любовь Божия к людям: «Ибо так возлюбил Бог мир, что отдал Сына Своего единородного, дабы всякий, верующий в Него, не погиб, но имел жизнь вечную». Вечная жизнь устраивается в человеке благодатью Святого Духа, а доступ к престолу благодати (Евр. 4:16) люди получают через искупительную смерть Иисуса Христа.
      Фарисеи думали, что дело Христа будет состоять в суде над иноверными народами. Господь же поясняет, что Он послан теперь не для суда, но для спасения мира. Неверующие сами себя осудят, ибо с этим неверием обнаружится их любовь к тьме и ненависть к свету, происходящая от их любви к темным делам. Творящие же истину, души честные, нравственные, сами идут к свету, не боясь обличения своих дел.

      После беседы с Никодимом, происходившей в Иерусалиме во дни праздника Пасхи, Господь оставил Иерусалим и пришел «с учениками Своими в землю Иудейскую и там жил с ними и крестил». Здесь мы имеем важное указание св. Евангелиста Иоанна на то, что Господь Иисус Христос довольно долго пробыл в самой южной части Палестины, в области, носившей название Иудеи.